AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions002_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236822
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0360	64	B. burgdorferi predicted coding region BB0360
#1	BB0420	300	sensory transduction histidine kinase, putative
#2	BB0551	220	chemotaxis response regulator (cheY-1)
#3	BB0767	148	UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG)
#4	BB0770	50	conserved hypothetical protein
#5	BB0771	300	RNA polymerase sigma factor (rpoS)

Motif 1
GGCCTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTAC	5	119	1
TTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATATAAT	0	32	1
AACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTT	5	211	0
ATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATT	3	81	0
         ATTTTTATTTACTCATGAAAAC	3	136	0
TTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAAATAA	2	116	0
AATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTA	2	103	1
TAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTAGGAA	0	17	0
ACAATAAAGCATTTACTTTGTAATAAATTTT	3	107	0
TTTTTGAATTATTTACTTTTTTGTAATTGAT	5	141	0
TTGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTT	2	133	0
ATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTT	5	192	1
AATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATTTAA	3	12	0
          ATTTAAATTCCATTAAATTCA	3	0	1
      AGTTATTATATTTTCTCCCCTTTCT	5	285	0
AAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTA	2	178	1
GGTGTTTCCTCTTTTCTTTAACCACCAGGGT	1	100	0
ATTGCCAGGGTTTTTGTTTTTATACTTTAAA	1	203	1
TTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTGATATT	2	152	0
TACTTTAAACCTTGAATTTATTGTGTATATT	1	225	1
GAATATTGTGATTAAGTTTTTACTACTTAAT	5	253	0
          ********* *
MAP Score: 22.3365

Motif 2
TAAAACTTGATTTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAA	0	33	1
TTGGCCATATTTTTGTCTTCCTTGTAAAAACCCTGGTGG	1	71	1
TGATAACAGGTGTTTCCTCTTTTCTTTAACCACCAGGGT	1	100	0
TTGCCAGGGTTTTTGTTTTTATACTTTAAACCTTGAATT	1	204	1
TGTATATTTATTTTTACACAGTGGTAAAACTGTTGTTTT	1	248	1
TTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTAAC	2	19	1
TTGGTGGTATTTTACAGTTTGTATAGTAAAGTCGGTTTT	2	63	0
AAATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAAT	2	102	1
TTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATA	2	121	0
ATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAA	2	182	1
ATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATTTAA	3	12	0
GTAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTG	3	80	0
         ATTTTTATTTACTCATGAAAACAATAAAGC	3	128	0
ATTATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGG	5	126	0
AACTCAAAATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTT	5	184	1
TTCTCCCCTTTCTTGAATATTGTGATTAAGTTTTTACTA	5	259	0
          * **   * * *  * ***
MAP Score: 18.2348

Motif 3
TATTCATTCCTAATGCAAAAATTAAAACTTGATTTT	0	11	1
TTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT      	0	44	1
CCCTGGTGGTTAAAGAAAAGAGGAAACACCTGTTAT	1	101	1
ATATACACAATAAATTCAAGGTTTAAAGTATAAAAA	1	219	0
TTGTTTTTAATAAGGGAATTTTAAAATAAC      	1	280	1
GATAAAATAATAAAGAATATGTTAAATTTTACCCT 	2	9	0
ATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAATATC	2	122	1
ATATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAA	2	153	1
TAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCA	3	13	1
AATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATT	3	81	1
TAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGGCCAAAGCT	5	113	0
CAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCC	5	143	1
ATACTCCCCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAG	5	172	1
CTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGC	5	200	1
AGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGGGGAG	5	260	1
          ***   ***  ** **
MAP Score: 17.7291

Motif 4
TATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATG	2	154	1
GTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGG	5	261	1
TTTAAAGTATAAAAACAAAAACCCTGGCAAT	1	203	0
ATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAAT	5	134	1
TACTCCCCCTAAACTCAAAATTATATCCTAT	5	173	1
GAAGTGTAAGTATAGCAATATATTAAGCTGA	1	18	1
TTTAATAATATATTGCAATATCAGTATTTCC	3	64	0
CTTTAACGACAATTAAAATATAATTCACATT	2	181	0
   TCTAGCATATTAAAATATCTTTAACGAC	2	202	0
TATTCATTCCTAATGCAAAAATTAAAACTTG	0	11	1
TTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGA	2	119	1
AAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCCC	5	151	1
TGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAA	3	78	1
ATTTACTCATGAAAACAATAAAGCATTTACT	3	121	0
CCACTGTGTAAAAATAAATATACACAATAAA	1	241	0
TTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 	0	44	1
TTTTTACAAGGAAGACAAAAATATGGCCAAA	1	70	0
AAAGGGGAGAAAATATAATAACT        	5	287	1
AATTGTTTGATAAAATAATAAAGAATATGTT	2	22	0
AAATAATCTTTAAAGAAAAATATCAATCAAA	2	134	1
TTTTCATGAGTAAATAAAAAT          	3	137	1
GTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAAC	5	207	0
TTAATAAGGGAATTTTAAAATAAC       	1	286	1
AAATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAA	3	22	0
          *** *******
MAP Score: 17.7225

Motif 5
AATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTA	2	103	1
    ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCA	3	6	1
TAAATGCTTTATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT        	3	123	1
GGCCTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAAT	5	119	1
ATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGG	5	192	1
AATATTGTCTTTTTGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTT	2	133	0
ATTGTGTATATTTATTTTTACACAGTGGTAAAACTGTTGTTTT	1	244	1
TTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGCAATATCAGTATT	3	67	0
AAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTAAC	2	15	1
ACTTGATTTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT      	0	37	1
AATTTTTAAGATTGAATCAATTTCTTGGTACAAAGGAAATACT	3	30	1
AAAACTGTTGTTTTTAATAAGGGAATTTTAAAATAAC      	1	273	1
AGCATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATTCAC	2	184	0
ATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGGGGAG	5	253	1
          ***   ** *     *  *  **
MAP Score: 17.5853

Motif 6
TGCAAAAATTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATAT	0	24	1
AAATACCACCAAAAATACATGCTATTTTATTTATGT	2	90	1
CCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGTTTAAAA	5	179	1
AATATTATAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCG	2	170	1
TTTATACTTTAAACCTTGAATTTATTGTGTATATTT	1	221	1
       ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAA	3	3	1
ATTCAATTTTTAAGATTGAATCAATTTCTTGGTACA	3	26	1
CTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGT	5	122	1
AATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATAC	5	140	1
TTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACAAAG	3	87	1
      AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATT	2	4	1
ATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAAA	2	119	0
TTTACTCATGAAAACAATAAAGCATTTACTTTGTAA	3	115	0
TTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAA	5	254	1
CTTTGCGAACAAAGAGCAAAACAAATGGCACAAGCT	5	74	1
ATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCAC	5	202	1
    AACTCTTAACAAAGATCAAAATTTGCTAAACG	5	6	1
AATAATCTTTAAAGAAAAATATCAATCAAAAAGACA	2	135	1
          ***  *  **  ****
MAP Score: 14.1395

Motif 7
CAGTTTTTGCATGGAAATTAAGTAGTAAAAACT	5	237	1
TTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGGCC	5	119	0
ATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAA	0	32	0
TATTATAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTC	2	172	1
AAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAA	3	66	1
GCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAAT	3	79	1
TTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTT	5	209	1
CCAAAAATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAA	2	98	1
AAGCATTTACTTTGTAATAAATTTTTTCACATT	3	99	0
ATTGAATTTAATGGAATTTAAAT          	3	0	0
       AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAA	0	48	0
TTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAA	2	120	1
GGGGAGTATTTTTTGAATTATTTACTTTTTTGT	5	148	0
AATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATT	2	158	0
GTCTTTTTGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTA	2	137	0
          ATTTTTATTTACTCATGAAAACA	3	135	0
TAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGGATA	5	196	0
GCCAGGGTTTTTGTTTTTATACTTTAAACCTTG	1	206	1
TAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTC	2	21	1
ACTTTAAACCTTGAATTTATTGTGTATATTTAT	1	226	1
          ***  ****** *
MAP Score: 14.1136

Motif 8
TATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTA	0	21	0
          AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAA	0	44	0
TATACTTTAAACCTTGAATTTATTGTGTATATTTATTTTT	1	223	1
AACTGTTGTTTTTAATAAGGGAATTTTAAAATAAC     	1	275	1
    AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCA	2	6	1
AATTCTAACAAGCAAAAACCGACTTTACTATACAAACTGT	2	49	1
AAAAATATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAA	2	149	1
CTTTAACGACAATTAAAATATAATTCACATTTTTATAATA	2	172	0
ATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA   	2	193	1
GAAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTG	3	65	1
GTTCTGGTCTACTTGTAAGTCAGTGGTCATGA        	4	28	1
AACGGAGGCCAAGTAGAAGAAATTTTTGAAGATATGCTTT	5	38	1
TTATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGCA	5	124	0
TATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGC	5	196	1
          *  *  **   * * ** **
MAP Score: 4.22592

Motif 9
ATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATT	0	22	0
CTGTGTAAAAATAAATATACACAATAAATTCAAGGTTTAAAGT	1	226	0
ATTGTTTGATAAAATAATAAAGAATATGTTAAATTTTACCCT 	2	9	0
AATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTA	2	103	1
AAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAA	2	178	1
CAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATTTAAAT         	3	1	0
TCCTTTGTACCAAGAAATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATTT	3	24	0
TGAATTATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGC	5	125	0
CTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTA	5	181	1
TTCCATGCAAAAACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTA	5	210	0
          *      *  * *  *  *****
MAP Score: 0.857599