AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236846
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0116	173	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)
#1	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#2	BB0644	154	conserved hypothetical protein
#3	BB0645	45	PTS system, glucose-specific IIBC component (ptsG)
#4	BBB29	300	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)

Motif 1
AAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATAAACTAAAAACA	2	53	0
TTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCA	4	36	1
ATAATAAAGATAGTAATTAAACTTATTCTAACAA       	1	3	0
AGTAAAGTTTTTTTTTGCAAAAAAAGCTTTATAATAAAATA	0	138	1
GTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT  	2	125	1
AAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATT	2	81	1
TTTTACATTATAATACATAAAAATAAATTATATATTCCCTT	1	61	0
AATTTTCCCCTTTTTATTAAGTGCAAATTAATTAATTAAAA	4	269	0
TAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTTG	0	63	1
ATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGC	4	139	1
ATATTCCCTTTACATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAGT	1	30	0
TTAAAATAATTTCAATGAAAACGAAGATTATAAGCAATGCT	4	63	1
TTATGTATTATAATGTAAAAAGTTAATCAAAAAAAACAATA	1	82	1
ATATTAAGCGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTA	4	241	1
CCTCCTAAAATAAAAAATAAATTAACCCTTAAGTTTAAAA 	3	9	0
GCCATGAAATTAAAGGGAAAAACAATCTTTAATGTTTTTTA	4	115	1
CAAAAACAATTTATCATTCAATACACATTAAGCTATAATTT	2	14	0
GTATTATATATTTTTTATAAATAAGTGATAAAACGGAGGCA	0	15	0
TATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTACAAGATTAAA	4	187	1
AAACTTTACTTACTACACAAGCCAAATAATAAGGTTAGATA	0	107	0
          ** *    ***   *   ***
MAP Score: 28.1416

Motif 2
   ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTG	0	155	0
AAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATA	2	80	1
ATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTT	4	139	1
GTATTATATATTTTTTATAAATAAGTGATAA	0	25	0
TAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGG	3	19	1
TATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTA	4	187	1
ATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTA	4	35	1
CTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAA	2	128	0
TTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTT	0	141	0
AAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAA	2	92	0
TATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCAA	4	47	1
ATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTT	2	45	1
TAAGCAATGCTTTATAACAAATGCCATGAAA	4	93	1
GTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTA	1	58	1
TTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGA	1	36	1
 AATTTTCCCCTTTTTATTAAGTGCAAATTA	4	280	0
         TTTTAAACTTAAGGGTTAATTT	3	1	1
TTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTT	2	62	1
TTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTTAATCA	1	80	1
CAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGCA	4	258	1
ATAAATACAAAATTTTATAAACAGCAATTCA	4	155	1
ATATTAAGCGTATTATTCAAATTAATTATTT	4	241	1
AATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACAT	1	94	0
          ****** ****
MAP Score: 21.3323

Motif 3
TTTGCCTCCGTTTTATCACTTATTTATAAAAAATATATA	0	13	1
TTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTTACTACACAAGCCAA	0	123	0
     TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTATTAT	1	5	1
ATGTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAA	1	56	1
CCCCTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTT	1	98	0
TATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTA	2	32	1
GTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTT	2	54	1
GTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAAT	2	71	1
AAAAACTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAA	2	92	0
AATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAA	2	112	1
TTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGG	3	11	1
CTAATCCAAATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTT	4	26	1
ATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTAAATTAAATTTAG	4	52	0
TCCCTTTAATTTCATGGCATTTGTTATAAAGCATTGCTT	4	94	0
GGAAAAACAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATT	4	130	1
ATTAAGCGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTA	4	243	1
          *   *    *** **** *
MAP Score: 12.3095

Motif 4
TCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCTTACTTT	0	28	1
TCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTTGATTTATCTA	0	77	1
TTTCTTATGTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTAT	1	50	1
GTTAATCAAAAAAAACAATATTCATAATGAGGGGTT	1	103	1
AACTAAAAACAAAAACAATTTATCATTCAATACACA	2	28	0
GTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTAA	2	89	1
ATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCAATG	4	44	1
AATTAAAGGGAAAAACAATCTTTAATGTTTTTTATA	4	122	1
TGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGCAAT	4	147	1
TTATAAACAGCAATTCAATATACTATCATTTATTCT	4	169	1
          ***   *** **  **
MAP Score: 10.7141

Motif 5
TTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCTTACTTTAATTG	0	25	1
TAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTTGATTTATCTA	0	69	1
ATATTTCTTATGTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATT	1	47	1
TAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGT	2	25	1
TGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTAAGTTTTTA	2	88	1
  TTTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGT	3	8	1
CCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCAATGAAAAC	4	41	1
ATTTTGTATTTATAAAAAACATTAAAGATTGTTTTTCCCTTTAA	4	124	0
          *  * *   ***  *   *   **
MAP Score: 10.3101

Motif 6
AAGATCAAATTAAATCTTGCTTGATTTATCTAACCTTATTATT	0	81	1
  ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTT	0	142	0
AAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAG	1	61	1
CCCCTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACAT	1	94	0
GTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGT	2	48	1
GTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAA	2	71	1
AATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTT	2	112	1
AACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT   	3	15	1
ATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCAATGAAAACGAAGAT	4	48	1
AAAGGGAAAAACAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATT	4	126	1
AAACAGCAATTCAATATACTATCATTTATTCTATACTGATATT	4	173	1
          * * * **   *  ***     *
MAP Score: 9.49154

Motif 7
AAAAAGCTACAATTAAAGTAAGGTATTATATATTTT	0	42	0
TTTTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTTGATTTA	0	73	1
AATCTTGCTTGATTTATCTAACCTTATTATTTGGCT	0	93	1
GGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTA	1	63	1
TGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATACAT	1	84	0
TTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTT	2	34	1
TTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGA	2	50	1
CTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAA	2	90	0
CCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAA	2	127	0
TAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAG	3	13	1
AAATAAATCGGATCAATTTGGATTAGGGTGTTTGCA	4	16	0
AAATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAA	4	33	1
AATTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATCGGATC	4	38	0
TTTTCATTGAAATTATTTTAAATTAAATTTAGAAAT	4	48	0
AAACATTAAAGATTGTTTTTCCCTTTAATTTCATGG	4	116	0
TAATTAAAATAATTAATTTGAATAATACGCTTAATA	4	242	0
TATTTTAATTAATTAATTTGCACTTAATAAAAAGGG	4	267	1
          **** ****     **
MAP Score: 7.14983

Motif 8
TTTGCCTCCGTTTTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCT	0	13	1
CACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTT	0	137	0
          TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTATTATG	1	0	1
ATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGAATATA	1	27	1
AATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTTAATCA	1	66	1
AAACCCCTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACA	1	95	0
GATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAG	2	40	1
TATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAA	2	64	1
TAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTA	2	111	1
        TTTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGG	3	2	1
CTAATCCAAATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATA	4	26	1
AAAGCATTGCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTAAAT	4	61	0
TCCCTTTAATTTCATGGCATTTGTTATAAAGCATTGCTTATAATC	4	88	0
AAAAACAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAAC	4	132	1
TTTTTTAATCTTGTAAATATCAGTATAGAATAAATGATAGTATAT	4	186	0
ATTAAGCGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGC	4	243	1
          ** *     *   **   *   ***
MAP Score: 6.29105

Motif 9
CTCCGTTTTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATAC	0	18	1
AGCTACAATTAAAGTAAGGTATTATATATTTTTTATAA	0	36	0
CCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTA	0	55	1
GCTTGTGTAGTAAGTAAAGTTTTTTTTTGCAAAAAAAG	0	126	1
GTTTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGT	1	22	1
GTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAAT	1	58	1
TATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTT	2	32	1
GTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTT	2	54	1
TTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATA	2	73	1
TAAAAAATATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTT	2	102	1
ACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTT	3	16	1
ATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCA	4	39	1
GGAAAAACAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAAT	4	130	1
AATTCAATATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTA	4	180	1
TAAGTGCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATTTGAAT	4	255	0
          * * *   ****  * **
MAP Score: 0.727855