AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236866
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0116	173	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)
#1	BB0554	261	B. burgdorferi predicted coding region BB0554
#2	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#3	BB0644	154	conserved hypothetical protein
#4	BB0645	45	PTS system, glucose-specific IIBC component (ptsG)
#5	BBB29	300	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)

Motif 1
TTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTTGC	1	138	1
ATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTA	3	41	1
TTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTTTTTACT	1	215	1
TTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGCAA	5	142	1
CAATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT      	1	237	1
TAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTT	0	63	1
AATTTTCCCCTTTTTATTAAGTGCAAATTAATTAATTAAA	5	270	0
TTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAAT	3	63	1
AGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT	3	124	1
   ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAA	0	146	0
GAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTA	3	84	1
GGTCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAATTTATAAT	1	12	1
TTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCTTACTTTA	0	25	1
TATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTACAAGATTAA	5	187	1
ATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTT	5	35	1
GAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGT	2	65	1
TGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATA	2	87	0
GGGTCGGATGTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTT	1	190	1
ACATCTATAATTTATAATGTTAGCATAATTTGTCCATTTA	1	34	1
AACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT	4	15	1
AAATTATAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTT	3	14	1
TGCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAATACG	5	249	0
AAAACTTTACTTACTACACAAGCCAAATAATAAGGTTAGA	0	109	0
ATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGA	2	27	1
AATTTGTCCATTTATCAAAAGAGATAAAAATAGCCGGGGG	1	60	1
ATACGCTTAATATCTTAACAAGATTTTTTAATCTTGTAAA	5	214	0
          *** *    *    ** ***
MAP Score: 35.4447

Motif 2
TTTTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCTTA	0	23	1
          TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCT	2	0	1
ATATATTCCCTTTACATAAGAAATATAGCATAATAAA	2	36	0
ATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTT	3	86	1
AAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTTACTACAC	0	130	0
ATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAA	3	65	1
ACATGCAACAATCTTAAAATAAATTAATAAAAAATTC	1	145	0
TTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT 	3	128	1
ATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATACAGATTA	3	111	0
ACCCTCCTAAAATAAAAAATAAATTAACCCTTAAGTT	4	15	0
GCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAATA	5	251	0
ACATTATAATACATAAAAATAAATTATATATTCCCTT	2	61	0
TCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAATTTATAA	1	14	1
TGTAAATATCAGTATAGAATAAATGATAGTATATTGA	5	183	0
AATTTTGTATTTATAAAAAACATTAAAGATTGTTTTT	5	132	0
ACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTATCATTCAATA	3	32	0
CATTGAAATTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATC	5	43	0
ATTTGTCCATTTATCAAAAGAGATAAAAATAGCCGGG	1	61	1
AAAAAGTTAATCAAAAAAAACAATATTCATAATGAGG	2	98	1
AAAAAGGATTAAAAAATAAAACCTCAAAAACATCCGA	1	193	0
CTTTTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTTGATTTA	0	72	1
TACAAAATTTTATAAACAGCAATTCAATATACTATCA	5	160	1
AATAGTGCTGTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAATTTT	1	115	1
          *  * * ** ** * **
MAP Score: 25.4799

Motif 3
ATATAATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATC	0	47	1
TTGGCTTGTGTAGTAAGTAAAGTTTTTTTTTGCAAAAAAA	0	123	1
   ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAA	0	146	0
TATGCTAACATTATAAATTATAGATGTTTTCTGAATAAAA	1	21	0
TGTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTA	1	123	1
GTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATTTATGCA	1	199	1
ATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTTTTTACTAATTTA	1	221	1
ATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAAT	2	88	0
TTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTT	3	24	1
ATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAG	3	45	1
TTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAA	3	68	1
TATAAAAACTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAA	3	94	0
AGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT	3	124	1
        TTTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATT	4	2	1
GTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT         	4	24	1
TTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTC	5	36	1
TTATAAAGCATTGCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATT	5	70	0
TCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGC	5	140	1
ATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTACAAGATTAAA	5	188	1
ATAATACGCTTAATATCTTAACAAGATTTTTTAATCTTGT	5	217	0
ATTAAGCGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAA	5	243	1
          **  *  * *   *  ****
MAP Score: 19.7551

Motif 4
ATATATTTTTTATAAATAAGTGATAAAACGGAGGCAAA	0	13	0
AAAAGCTACAATTAAAGTAAGGTATTATATATTTTTTA	0	39	0
GTTTTTTTTTGCAAAAAAAGCTTTATAATAAAATAGTG	0	144	1
AAATGGACAAATTATGCTAACATTATAAATTATAGATG	1	35	0
AATTTGTCCATTTATCAAAAGAGATAAAAATAGCCGGG	1	60	1
AAAAATTCACTTAAAACTAATTTGAAAACAGCACTATT	1	115	0
GCAACAATCTTAAAATAAATTAATAAAAAATTCACTTA	1	140	0
AAAAGGATTAAAAAATAAAACCTCAAAAACATCCGACC	1	191	0
CTAACATTGCATAAATAAAAAGGATTAAAAAATAAAAC	1	208	0
     ACAAAAAAATTAAATTAGTAAAAACCTAACATT	1	238	0
AAGATAGTAATTAAACTTATTCTAACAA          	2	0	0
CCTTTACATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAGTAAT	2	27	0
TTATAATACATAAAAATAAATTATATATTCCCTTTACA	2	57	0
TTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTTAATCAAAAAAAA	2	80	1
AGTTAATCAAAAAAAACAATATTCATAATGAGGGGTTT	2	102	1
GAAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTATCA	3	39	0
TTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAAC	3	67	0
ATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTA	3	86	1
ATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATACAGATTAT	3	110	0
  ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAA	3	128	0
AAACCCTCCTAAAATAAAAAATAAATTAACCCTTAAGT	4	16	0
TTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATCGGATCAATT	5	34	0
AAACGAAGATTATAAGCAATGCTTTATAACAAATGCCA	5	81	1
AACAAATGCCATGAAATTAAAGGGAAAAACAATCTTTA	5	108	1
ATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGCAATT	5	146	1
TATTTACAAGATTAAAAAATCTTGTTAAGATATTAAGC	5	212	1
AATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAATACGCTTAAT	5	243	0
TTTATTAAGTGCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATT	5	260	0
          * ***  **     ****
MAP Score: 10.7336

Motif 5
TAAGGTATTATATATTTTTTATAAATAAGTGA	0	28	0
GTAAGTAAAGTTTTTTTTTGCAAAAAAAGCTT	0	135	1
      ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTT	0	157	0
  AAGGTCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCT	1	8	1
AGCCCCCGGCTATTTTTATCTCTTTTGATAAA	1	70	0
AGCCGGGGGCTATTTTTATTGACAAATAGTGC	1	91	1
TTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAA	1	137	1
TTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTAT	1	200	1
TTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTT	1	217	1
TTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTT	2	24	1
TTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTT	2	98	0
AATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGT	3	37	1
TTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAAT	3	78	1
AAATATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTT	3	106	1
TTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAAT	3	120	1
TAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGG	4	19	1
TCATTGAAATTATTTTAAATTAAATTTAGAAA	5	49	0
CAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATT	5	137	1
TTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATT	5	253	1
  AATTTTCCCCTTTTTATTAAGTGCAAATTA	5	280	0
          * ******** *
MAP Score: 8.26375

Motif 6
      AGCTTTGCCTCCGTTTTATCACTTATTTATAAAAAAT	0	4	1
ATATAATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAA	0	47	1
AAATTAAATCTTGCTTGATTTATCTAACCTTATTATTTGGCTT	0	87	1
   AAGGTCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAATTTATA	1	7	1
GTTAGCATAATTTGTCCATTTATCAAAAGAGATAAAAATAGCC	1	52	1
GTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTT	1	124	1
GTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATG	1	199	1
      TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTATTATGCT	2	4	1
AAATAAATTATATATTCCCTTTACATAAGAAATATAGCATAAT	2	39	0
TGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATACAT	2	84	0
GCCTAAATTATAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTT	3	10	1
GAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTT	3	36	1
TTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTA	3	77	1
ATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAG	3	119	1
AGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT         	4	21	1
CTAATCCAAATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAA	5	26	1
GCATTGCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTAAATT	5	60	0
AACAAGATTTTTTAATCTTGTAAATATCAGTATAGAATAAATG	5	195	0
ATTAAGCGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTT	5	243	1
          *** **   ** *      *  *
MAP Score: 0.401327