AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236889
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BBJ02	259	B. burgdorferi predicted coding region BBJ02
#1	BBI14	300	B. burgdorferi predicted coding region BBI14
#2	BBI15	300	B. burgdorferi predicted coding region BBI15

Motif 1
     AAAAATATGAAAAAAATTAGAAGAAGA	0	5	1
TACCGAGCGATCTAAAAACTATAGAAAATTCA	0	112	1
TTTAATTCGATCAAAACAAAAAACCCTCCTAT	0	199	1
GAAATCCCCTTCTAAAGAAAAATTATTTTATC	1	46	1
AATTATTTTATCTAAAAAAGATCAAATAAGAA	1	66	1
AGAATAAAAATTAAAAAAATAATAGGTGGGCA	1	94	1
TTTTTATACTTATAAACATTAATCAAATTTTA	1	128	0
TGTTTATAAGTATAAAAAACAAAATAATGTAA	1	142	1
GTATAATTTGTATAAAAAATAATATCCTCATC	1	194	0
AAATTATACTTGTTAACAATAAAATACATTAT	1	217	1
ATAAAGAAAGTATAGACAAAAACGAACTACTG	2	14	1
ATCAAAAGCCTGCAAACAACAAAAATGAAGAG	2	62	1
TCATCATCTGTTAAAAAACTATTTATAAAGTT	2	124	0
TTCAACGAATTTGAAAAAATATTTCACAAACC	2	157	1
GAGCTTAACCTAGAGAAAACAATTAATCACTT	2	235	1
TCACTTAGACTTAAAAAAAGATGCCTTAAATA	2	261	1
          * ******* **
MAP Score: 18.0648

Motif 2
      AAAAATATGAAAAAAATTAGAAGAAGAACCTTCAAAC	0	4	1
AAACCAATATGGAATATCAATTTTCAAAGAAATTTTTTGGGTA	0	43	1
GGGTAGCATCATATGAAACGGTAGCAGATAATACCGAGCGATC	0	81	1
AAGATTCGCTAATTTATTGGTATTAATAGAATTTAAAGTAGCA	0	148	0
TCTTTCGAAGATTTTAATTCGATCAAAACAAAAAACCCTCCTA	0	187	1
CAGATATAAAAGGAAATCCCCTTCTAAAGAAAAATTATTTTAT	1	34	1
AAAAGATCAAATAAGAATAAAAATTAAAAAAATAATAGGTGGG	1	81	1
TCTAAAATTTGATTAATGTTTATAAGTATAAAAAACAAAATAA	1	126	1
AAATAATGTAAATTTAATCCTATCAACACAAGATGAGGATATT	1	163	1
ACACAAGATGAGGATATTATTTTTTATACAAATTATACTTGTT	1	188	1
CTATTATTATATTAGAAATCATACAACATAATAATGTATTTTA	1	236	0
AATAGGCTTAATCTAAGCCAATTAAGGAGAATATTT       	1	274	1
        ATAGATAAAGAAAGTATAGACAAAAACGAACTACT	2	2	1
CTAAACCGGAAAATCAAAAGCCTGCAAACAACAAAAATGAAGA	2	50	1
AACAAAAATGAAGAGAAGGCTTTCAAGATAGATAGCAGAGCTT	2	79	1
TTCATCATCTGTTAAAAAACTATTTATAAAGTTGAAAGCTCTG	2	114	0
ACAGATGATGAATTCAACGAATTTGAAAAAATATTTCACAAAC	2	145	1
GCAATTTTAGAGCTTAACCTAGAGAAAACAATTAATCACTTAG	2	226	1
          *  * **     *  * * ** *
MAP Score: 17.9548

Motif 3
TATCTGTCAGAAATCAATCTTCTTTTATCT          	1	0	0
TCAACACAAGATGAGGATATTATTTTTTATACAAATTATA	1	185	1
ATCCCCTTCTAAAGAAAAATTATTTTATCTAAAAAAGATC	1	49	1
GGATTAAATTTACATTATTTTGTTTTTTATACTTATAAAC	1	143	0
TGAAGGTTCTTCTTCTAATTTTTTTCATATTTTT      	0	4	0
TTTAAGTCTAAGTGATTAATTGTTTTCTCTAGGTTAAGCT	2	236	0
TTAGATGCCCACCTATTATTTTTTTAATTTTTATTCTTAT	1	91	0
AATAAAATACATTATTATGTTGTATGATTTCTAATATAAT	1	234	1
AAAGTAGCATAAGTGAATTTTCTATAGTTTTTAGATCGCT	0	117	0
ATAGGTGGGCATCTAAAATTTGATTAATGTTTATAAGTAT	1	115	1
AAGCTCTAAAATTGCTATGCTGTTTAATATCTTGCCGTGC	2	201	0
TTTTCTTTAGAAGGGGATTTCCTTTTATATCTGTCAGAAA	1	27	0
AGCTTTGGTTTGTGAAATATTTTTTCAAATTCGTTGAATT	2	155	0
TTGCCTTATTTAAGGCATCTTTTTTTAAGTCTAAGTGATT	2	259	0
TCTTCGAAAGATTCGCTAATTTATTGGTATTAATAGAATT	0	158	0
AGTTCGTTTTTGTCTATACTTTCTTTATCTAT        	2	2	0
          *     ** ** ***  * *
MAP Score: 14.5578

Motif 4
 AAAAATATGAAAAAAATTAGAAGAAGAAC	0	9	1
AAGAACCTTCAAACCAATATGGAATATCAA	0	33	1
CCAATATGGAATATCAATTTTCAAAGAAAT	0	46	1
ATCAATTTTCAAAGAAATTTTTTGGGTAGC	0	58	1
TCTAAAAACTATAGAAAATTCACTTATGCT	0	122	1
ATTGGTATTAATAGAATTTAAAGTAGCATA	0	146	0
TAATTCGATCAAAACAAAAAACCCTCCTAT	0	201	1
ATCCCCTTCTAAAGAAAAATTATTTTATCT	1	49	1
TCAAATAAGAATAAAAATTAAAAAAATAAT	1	87	1
TAAGTATAAAAAACAAAATAATGTAAATTT	1	148	1
ATTTGTATAAAAAATAATATCCTCATCTTG	1	191	0
ATTATTTTTTATACAAATTATACTTGTTAA	1	203	1
GGCTTAATCTAAGCCAATTAAGGAGAATAT	1	278	1
    ATAGATAAAGAAAGTATAGACAAAAA	2	6	1
CATCTGTTAAAAAACTATTTATAAAGTTGA	2	122	0
ACGAATTTGAAAAAATATTTCACAAACCAA	2	161	1
ATTAAACAGCATAGCAATTTTAGAGCTTAA	2	213	1
TAACCTAGAGAAAACAATTAATCACTTAGA	2	240	1
          **********
MAP Score: 4.46696

Motif 5
AAAAATTAGAAGAAGAACCTTCAAACCAATA	0	21	1
GGTGCCAAATAGGAGGGTTTTTTGTTTTGAT	0	208	0
ATTTTTCTTTAGAAGGGGATTTCCTTTTATA	1	38	0
AAAAAATAATAGGTGGGCATCTAAAATTTGA	1	107	1
TCAACACAAGATGAGGATATTATTTTTTATA	1	185	1
AAGCCAATTAAGGAGAATATTT         	1	288	1
TTTTGTTGTTTGCAGGCTTTTGATTTTCCGG	2	55	0
AAAAATGAAGAGAAGGCTTTCAAGATAGATA	2	82	1
CAAGATAGATAGCAGAGCTTTCAACTTTATA	2	102	1
          ******** **
MAP Score: 0.226897