AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236906
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BBJ02	259	B. burgdorferi predicted coding region BBJ02
#1	BBI14	300	B. burgdorferi predicted coding region BBI14
#2	BBI15	300	B. burgdorferi predicted coding region BBI15

Motif 1
      AAAAATATGAAAAAAATTAGAAGAAGAACCTTCAAAC	0	4	1
AAACCAATATGGAATATCAATTTTCAAAGAAATTTTTTGGGTA	0	43	1
GGGTAGCATCATATGAAACGGTAGCAGATAATACCGAGCGATC	0	81	1
AAGATTCGCTAATTTATTGGTATTAATAGAATTTAAAGTAGCA	0	148	0
TCTTTCGAAGATTTTAATTCGATCAAAACAAAAAACCCTCCTA	0	187	1
CAGATATAAAAGGAAATCCCCTTCTAAAGAAAAATTATTTTAT	1	34	1
GATCAAATAAGAATAAAAATTAAAAAAATAATAGGTGGGCATC	1	85	1
TCTAAAATTTGATTAATGTTTATAAGTATAAAAAACAAAATAA	1	126	1
AAATAATGTAAATTTAATCCTATCAACACAAGATGAGGATATT	1	163	1
ACACAAGATGAGGATATTATTTTTTATACAAATTATACTTGTT	1	188	1
CTATTATTATATTAGAAATCATACAACATAATAATGTATTTTA	1	236	0
AATAGGCTTAATCTAAGCCAATTAAGGAGAATATTT       	1	274	1
        ATAGATAAAGAAAGTATAGACAAAAACGAACTACT	2	2	1
CTAAACCGGAAAATCAAAAGCCTGCAAACAACAAAAATGAAGA	2	50	1
ACAGATGATGAATTCAACGAATTTGAAAAAATATTTCACAAAC	2	145	1
GCAATTTTAGAGCTTAACCTAGAGAAAACAATTAATCACTTAG	2	226	1
          *  * **     *  * * ** *
MAP Score: 18.3678

Motif 2
     AAAAATATGAAAAAAATTAGAAGAAGA	0	5	1
TACCGAGCGATCTAAAAACTATAGAAAATTCA	0	112	1
TTTAATTCGATCAAAACAAAAAACCCTCCTAT	0	199	1
AATTATTTTATCTAAAAAAGATCAAATAAGAA	1	66	1
AGAATAAAAATTAAAAAAATAATAGGTGGGCA	1	94	1
TGTTTATAAGTATAAAAAACAAAATAATGTAA	1	142	1
GTATAATTTGTATAAAAAATAATATCCTCATC	1	194	0
AAATTATACTTGTTAACAATAAAATACATTAT	1	217	1
ATAAAGAAAGTATAGACAAAAACGAACTACTG	2	14	1
ATCAAAAGCCTGCAAACAACAAAAATGAAGAG	2	62	1
TCATCATCTGTTAAAAAACTATTTATAAAGTT	2	124	0
TTCAACGAATTTGAAAAAATATTTCACAAACC	2	157	1
GAGCTTAACCTAGAGAAAACAATTAATCACTT	2	235	1
TCACTTAGACTTAAAAAAAGATGCCTTAAATA	2	261	1
          * ******* **
MAP Score: 15.7749

Motif 3
AAGATGAGGATATTATTTTTTATACAAATTATAC	1	192	1
AGGTTCTTCTTCTAATTTTTTTCATATTTTT   	0	7	0
CAATATGGAATATCAATTTTCAAAGAAATTTTTT	0	47	1
GATGCCCACCTATTATTTTTTTAATTTTTATTCT	1	94	0
TATTATGTTGTATGATTTCTAATATAATAATAGG	1	246	1
ATAAAAGAAGATTGATTTCTGACAGATATAAAAG	1	12	1
TTTATTCTTATTTGATCTTTTTTAGATAAAATAA	1	68	0
CTTATGCTACTTTAAATTCTATTAATACCAATAA	0	144	1
ATTTACATTATTTTGTTTTTTATACTTATAAACA	1	142	0
TAATAATGTATTTTATTGTTAACAAGTATAATTT	1	217	0
ATAGCAGAGCTTTCAACTTTATAAATAGTTTTTT	2	110	1
TTTTAGATAAAATAATTTTTCTTTAGAAGGGGAT	1	49	0
AAGTAGCATAAGTGAATTTTCTATAGTTTTTAGA	0	122	0
TGGTTTGTGAAATATTTTTTCAAATTCGTTGAAT	2	156	0
TATAAACATTAATCAAATTTTAGATGCCCACCTA	1	116	0
AGTCTAAGTGATTAATTGTTTTCTCTAGGTTAAG	2	238	0
          * * ****** * *
MAP Score: 8.8148

Motif 4
CAATATGGAATATCAATTTTCAAAGAAATTTTTTGGGTAG	0	47	1
TACCGAGCGATCTAAAAACTATAGAAAATTCACTTATGCT	0	112	1
TTCGCTAATTTATTGGTATTAATAGAATTTAAAGTAGCAT	0	147	0
ATAGGAGGGTTTTTTGTTTTGATCGAATTAAAATCTTCGA	0	191	0
CTTTTATATCTGTCAGAAATCAATCTTCTTTTATCT    	1	6	0
ATTTGATCTTTTTTAGATAAAATAATTTTTCTTTAGAAGG	1	53	0
CCTATTATTTTTTTAATTTTTATTCTTATTTGATCTTTTT	1	80	0
TTTTTATACTTATAAACATTAATCAAATTTTAGATGCCCA	1	120	0
TAGGATTAAATTTACATTATTTTGTTTTTTATACTTATAA	1	145	0
AAGATGAGGATATTATTTTTTATACAAATTATACTTGTTA	1	192	1
AAATTATACTTGTTAACAATAAAATACATTATTATGTTGT	1	217	1
TTGAAAGCCTTCTCTTCATTTTTGTTGTTTGCAGGCTTTT	2	65	0
ATAGCAGAGCTTTCAACTTTATAAATAGTTTTTTAACAGA	2	110	1
CGATTGTAGCTTTGGTTTGTGAAATATTTTTTCAAATTCG	2	162	0
TAAGGCATCTTTTTTTAAGTCTAAGTGATTAATTGTTTTC	2	249	0
         ATCTAGGGTATTTGCCTTATTTAAGGCATCT	2	279	0
          * *  * * * **  *  **
MAP Score: 3.60485

Motif 5
         AAAAATATGAAAAAAATTAGAAGAAGAA	0	1	1
CGATCTAAAAACTATAGAAAATTCACTTATGCTACTT	0	119	1
TTTAATTCGATCAAAACAAAAAACCCTCCTATTTGGC	0	199	1
        AGATAAAAGAAGATTGATTTCTGACAGAT	1	2	1
TGATTTCTGACAGATATAAAAGGAAATCCCCTTCTAA	1	24	1
GAAATCCCCTTCTAAAGAAAAATTATTTTATCTAAAA	1	46	1
AATTATTTTATCTAAAAAAGATCAAATAAGAATAAAA	1	66	1
AATAAGAATAAAAATTAAAAAAATAATAGGTGGGCAT	1	90	1
AATGTTTATAAGTATAAAAAACAAAATAATGTAAATT	1	140	1
ACAAGTATAATTTGTATAAAAAATAATATCCTCATCT	1	193	0
TTATACTTGTTAACAATAAAATACATTATTATGTTGT	1	220	1
ATAAAGAAAGTATAGACAAAAACGAACTACTGCGGGC	2	14	1
ATCAAAAGCCTGCAAACAACAAAAATGAAGAGAAGGC	2	62	1
GAGCTTAACCTAGAGAAAACAATTAATCACTTAGACT	2	235	1
TCACTTAGACTTAAAAAAAGATGCCTTAAATAAGGCA	2	261	1
          *  * * ****   ***
MAP Score: 1.49517

Motif 6
TGAAGGTTCTTCTTCTAATTTTTTTCATATTTTT     	0	5	0
CCAAAAAATTTCTTTGAAAATTGATATTCCATATTGGTT	0	44	0
CATAAGTGAATTTTCTATAGTTTTTAGATCGCTCGGTAT	0	111	0
CACTTATGCTACTTTAAATTCTATTAATACCAATAAATT	0	142	1
AATTAGCGAATCTTTCGAAGATTTTAATTCGATCAAAAC	0	177	1
AAAACCCTCCTATTTGGCACCTTTTGCAACTTCGGAAGC	0	218	1
TTATTTGATCTTTTTTAGATAAAATAATTTTTCTTTAGA	1	56	0
TATTTTTTTAATTTTTATTCTTATTTGATCTTTTTTAGA	1	76	0
GGGCATCTAAAATTTGATTAATGTTTATAAGTATAAAAA	1	121	1
AAATTTACATTATTTTGTTTTTTATACTTATAAACATTA	1	139	0
GGATATTATTTTTTATACAAATTATACTTGTTAACAATA	1	199	1
TCATTTTTGTTGTTTGCAGGCTTTTGATTTTCCGGTTTA	2	51	0
ATTCATCATCTGTTAAAAAACTATTTATAAAGTTGAAAG	2	119	0
TGTGAAATATTTTTTCAAATTCGTTGAATTCATCATCTG	2	146	0
GTATTTGCCTTATTTAAGGCATCTTTTTTTAAGTCTAAG	2	264	0
          * *** *    * **  **
MAP Score: 0.538973