AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236921
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0217	300	phosphate ABC transporter, permease protein (pstA)
#1	BB0332	123	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB-1)
#2	BB0642	78	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)
#3	BB0643	154	conserved hypothetical protein
#4	BBJ23	300	B. burgdorferi predicted coding region BBJ23
#5	BBJ24	58	B. burgdorferi predicted coding region BBJ24
#6	BBJ25	31	B. burgdorferi predicted coding region BBJ25
#7	BBJ26	58	ABC transporter, ATP-binding protein

Motif 1
CTATAGCTTGAAAAACAATAAAGACTATATGA	1	50	1
TTATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATA	3	24	1
AAAAAATAATAAAAAAAATAAATTCAATACTG	4	241	0
ATTGAATTTTAAAAATTAAAAACATTTGCTTA	4	82	1
GAAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAAT	3	97	1
AATTTTTCTTATAAAGAAGAAACTAAAAAATC	4	26	0
ATTTTTTCAAAAAAATTAGAATTTATTAAGTA	4	266	1
TTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTAA	3	49	0
TTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAG	3	66	1
ATTAAGGCTTTAAAAATAAAAACT        	0	286	1
AACCATACTTTTAAAAAACAAACGGTCTATCA	4	167	0
AGGCATTTACATAAATAATAATATTAAGTATA	2	13	1
TAAAGTTTAAATAAAGTTTAAATGTTGAATTA	4	127	1
AAATTCAACCATAAAATTTAAAAAGCTTTACC	7	19	0
TTACTGATTAATAAATATTAATTTTTCTTATA	4	45	0
TAAACTTTATTTAAACTTTAAAGAGAATATTT	4	115	0
AAGCTATTCTAAAAACACTAATCAAAAACAAT	0	119	1
TCACAACATATATAATAATAAAATTTCACACT	0	18	1
AAGAAGAAACTAAAAAATCAATTATTTATTCA	4	13	0
TTCATTGAAATTAAATTCTAAATAATTTT   	6	7	0
AAATAATAATATTAAGTATAATCTTGATTTGT	2	25	1
CTGTAGGCTATTTAACAAAAAAAGAATTTGAA	0	227	1
AATATTGGGATATAATTTAAAATCTAGGGATT	0	257	0
          TATAATACAAAAAACCTCCTAT	1	0	1
TTATGGCTGTATTAATACAAATCAAGATTATA	2	41	0
CTAATTTTTTTGAAAAAATAATAAAAAAAATA	4	253	0
          ***** ** ***
MAP Score: 34.4053

Motif 2
TTCCCCAGTGTGAAATTTTATTATTATATATGTTG	0	21	0
TGTTTTTGATTAGTGTTTTTAGAATAGCTTTGTTA	0	114	0
GGTAGATGGTTCGATTTTTATGTATCTTTTATTAA	0	155	0
TTTGAATCCCTAGATTTTAAATTATATCCCAATAT	0	253	1
     AGTTTTTATTTTTAAAGCCTTAATATTGGG	0	280	0
TTATATCATATAGTCTTTATTGTTTTTCAAGCTAT	1	52	0
AAGATTATACTTAATATTATTATTTATGTAAATGC	2	15	0
  ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATAT	3	8	1
TAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAA	3	28	0
TAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAAC	3	50	1
TAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTC	3	97	0
GAATAAATAATTGATTTTTTAGTTTCTTCTTTATA	4	14	1
TACTGATTAATAAATATTAATTTTTCTTATAAAGA	4	41	0
TAAAATTCAATAAAAGTTACTGATTAATAAATATT	4	58	0
GTAACTTTTATTGAATTTTAAAAATTAAAAACATT	4	73	1
AAACTTTATTTAAACTTTAAAGAGAATATTTATAA	4	111	0
AAAGTTTAAATAAAGTTTAAATGTTGAATTATTTA	4	128	1
AAACGGTCTATCATATTTAAATAATTCAACATTTA	4	145	0
GATAGACCGTTTGTTTTTTAAAAGTATGGTTGTTT	4	168	1
TTTAAAAGTATGGTTGTTTTTGTATTGGGTTAAGA	4	184	1
ACACTCATTTTTGAAATTTGATCTTAACCCAATAC	4	205	0
GTGTACAGTATTGAATTTATTTTTTTTATTATTTT	4	236	1
TCAAAAAAATTAGAATTTATTAAGTACTGAACTAA	4	272	1
TATAACTCATTTAAGATTTATGAGTTATGAGATAA	5	26	1
 AAAATTATTTAGAATTTAATTTCAATGAAGA   	6	9	1
GTAAAGCTTTTTAAATTTTATGGTTGAATTTGAAA	7	20	1
          * ** **** **  *
MAP Score: 30.392

Motif 3
   GAAGACATTCACAACATATATAATAATAAAATTTCACACT	0	7	1
ATTGACAGCATATCTAACAAAGCTATTCTAAAAACACTAATCA	0	100	1
TAAAAACACTAATCAAAAACAATGTATTTAATAAAAGATACAT	0	128	1
TCGAACCATCTACCAAAAAAATACTTCAAACCATAAACAGCAC	0	176	1
CTTCAAACCATAAACAGCACAATAGGCTCTGTAGGCTATTTAA	0	199	1
CTCTGTAGGCTATTTAACAAAAAAAGAATTTGAATCCCTAGAT	0	225	1
TTTAAATTATATCCCAATATTAAGGCTTTAAAAATAAAAACT 	0	268	1
       TATAATACAAAAAACCTCCTATTCTATCAAAAATTA	1	3	1
TATAGCTTGAAAAACAATAAAGACTATATGATATAATTGACTA	1	51	1
TAAATAGATATTGATAACTTACGTATTAGTCAATTATATCATA	1	77	0
ATCAAGATTATACTTAATATTATTATTTATGTAAATGCCTTTT	2	10	0
TTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT       	3	3	0
TTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTAAGTTTTTATAT	3	39	0
ATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTA	3	62	1
CTTTTAAAGAAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTA	3	89	1
TATAAAGAAGAAACTAAAAAATCAATTATTTATTCAAAT    	4	6	0
TAGTTTCTTCTTTATAAGAAAAATTAATATTTATTAATCAGTA	4	33	1
TAATTTTTAAAATTCAATAAAAGTTACTGATTAATAAATATTA	4	57	0
GAATTTTAAAAATTAAAAACATTTGCTTATAAATATTCTCTTT	4	85	1
CGGTCTATCATATTTAAATAATTCAACATTTAAACTTTATTTA	4	134	0
CAACCATACTTTTAAAAAACAAACGGTCTATCATATTTAAATA	4	157	0
AAAAATAATAAAAAAAATAAATTCAATACTGTACACTCATTTT	4	229	0
TTTATTATTTTTTCAAAAAAATTAGAATTTATTAAGTACTGAA	4	260	1
 TTGAATAAGAAGTTAATATAACTCATTTAAGATTTATGAGTT	5	9	1
          **   ** * *     ** *  *
MAP Score: 6.23427

Motif 4
   GAAGACATTCACAACATATATAATAATAAAATTTCACACT	0	7	1
TTTAAATTATATCCCAATATTAAGGCTTTAAAAATAAAAACT 	0	268	1
CTCCTATTCTATCAAAAATTATCAACTATAGCTTGAAAAACAA	1	25	1
ACTAATACGTAAGTTATCAATATCTATTTACAAAGGAGCAAAA	1	90	1
ATCAAGATTATACTTAATATTATTATTTATGTAAATGCCTTTT	2	10	0
TTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT       	3	3	0
ATATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAA	3	23	0
AAAACTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAA	3	44	1
TTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATA	3	67	1
     ATTTGAATAAATAATTGATTTTTTAGTTTCTTCTTTAT	4	5	1
TGATTAATAAATATTAATTTTTCTTATAAAGAAGAAACTAAAA	4	30	0
TTTATAAGAAAAATTAATATTTATTAATCAGTAACTTTTATTG	4	43	1
TAAGCAAATGTTTTTAATTTTTAAAATTCAATAAAAGTTACTG	4	71	0
AAACATTTGCTTATAAATATTCTCTTTAAAGTTTAAATAAAGT	4	101	1
ATATTTAAATAATTCAACATTTAAACTTTATTTAAACTTTAAA	4	125	0
TTAAGATCAAATTTCAAAAATGAGTGTACAGTATTGAATTTAT	4	213	1
GAGTGTACAGTATTGAATTTATTTTTTTTATTATTTTTTCAAA	4	234	1
TTATTATTTTTTCAAAAAAATTAGAATTTATTAAGTACTGAAC	4	261	1
 TTGAATAAGAAGTTAATATAACTCATTTAAGATTTATGAGTT	5	9	1
TTGGTAAAGCTTTTTAAATTTTATGGTTGAATTTGAAATATAG	7	17	1
          *    ** ***     ** *  *
MAP Score: 1.18011

Motif 5
ATTCACAACATATATAATAATAAAATTTCACACTGGGGAAGCAT	0	16	1
TTTATGTATCTTTTATTAAATACATTGTTTTTGATTAGTGTTTT	0	130	0
CTCTGTAGGCTATTTAACAAAAAAAGAATTTGAATCCCTAGATT	0	225	1
AATCCCTAGATTTTAAATTATATCCCAATATTAAGGCTTTAAAA	0	257	1
AAAACCTCCTATTCTATCAAAAATTATCAACTATAGCTTGAAAA	1	20	1
ATAAAGACTATATGATATAATTGACTAATACGTAAGTTATCAAT	1	67	1
  AAAAGGCATTTACATAAATAATAATATTAAGTATAATCTTGA	2	8	1
ATAATCTTGATTTGTATTAATACAGCCATAAGGAGGTTGGAATT	2	42	1
GTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATACAGAT	3	17	1
AGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAA	3	57	1
AAAAACAATTTATCATTCAATACACATTAAGCTATAATTTAGGC	3	120	1
         ATTTGAATAAATAATTGATTTTTTAGTTTCTTCTT	4	1	1
TAGTTTCTTCTTTATAAGAAAAATTAATATTTATTAATCAGTAA	4	33	1
AATCAGTAACTTTTATTGAATTTTAAAAATTAAAAACATTTGCT	4	68	1
ATTAAAAACATTTGCTTATAAATATTCTCTTTAAAGTTTAAATA	4	96	1
TTTTTGAAAAAATAATAAAAAAAATAAATTCAATACTGTACACT	4	235	0
TTTTATTATTTTTTCAAAAAAATTAGAATTTATTAAGTACTGAA	4	259	1
      AAAATTATTTAGAATTTAATTTCAATGAAGA       	6	4	1
       TATTTTTTTGGTAAAGCTTTTTAAATTTTATGGTTGA	7	3	1
TTTTAAATTTTATGGTTGAATTTGAAATATAGGAGGTTTT    	7	28	1
          ***  *  ****       *   *
MAP Score: 0.0612993