AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236954
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0039	187	B. burgdorferi predicted coding region BB0039
#1	BB0436	172	DNA gyrase, subunit B (gyrB)

Motif 1
GTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACT	0	51	1
AAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGCTTAAGTT	0	70	1
AGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTT	0	110	1
TTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTA	0	135	1
GTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAAT	1	26	1
TTAGATAGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAA	1	41	0
AAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTA	1	83	1
TTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATG	1	107	1
ATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTAGATTTTA	1	133	1
          *     * *** * ** *     *
MAP Score: 12.256

Motif 2
TAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTA	0	61	1
TTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAG	0	120	1
TTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAA	0	151	1
TTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAAT	1	27	1
ATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTA	1	48	1
GATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTT	1	73	1
TGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAAT	1	93	1
TATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAAT	1	121	1
          *** * ***   ** *
MAP Score: 4.87711

Motif 3
GCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTAT	0	44	1
TAGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGA	0	103	1
TTTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATAT	1	10	1
TCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCC	1	76	1
AAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAA	1	104	1
TAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTA	1	125	1
          *  **  *         * * ****
MAP Score: 2.86516

Motif 4
     ATACTTTTGATCTCATTCTCCTTTTTTATCCATAGCGA	0	5	1
TCCATAGCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTT	0	38	1
CTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTA	0	60	1
TAGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGT	0	103	1
CAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAG	0	128	1
ATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTG	0	150	1
TTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATA	1	13	1
CATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATTGT	1	47	1
TAGGATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTG	1	70	1
TGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAG	1	111	1
TTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTAGATTTTA	1	134	1
          *  *** *   * *    *  **
MAP Score: 2.45107

Motif 5
TAGCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAG	0	42	1
AAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATA	0	64	1
ATTGAAAAATTATTGCAATTGAAATATCTAACTTAAGCTAT	0	102	0
ATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAAT	0	124	1
         TTTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACT	1	1	1
TACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAAACCAACAAGG	1	18	0
TACCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAACAATTTAGATAGAA	1	75	0
TTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATT	1	98	1
GATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTAG	1	130	1
          ****  ** *       ** *
MAP Score: 2.39912