AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions006_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236962
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0039	187	B. burgdorferi predicted coding region BB0039
#1	BB0436	172	DNA gyrase, subunit B (gyrB)

Motif 1
TTGATCTCATTCTCCTTTTTTATCCATAGCGATTCGTTTTCATA	0	16	1
AGCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCT	0	43	1
AGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAG	0	62	1
ATAGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGT	0	102	1
GCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAG	0	127	1
GTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTGTTTT     	0	158	1
TAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATT	1	44	1
TTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTT	1	75	1
TTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTT	1	99	1
TAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCT	1	125	1
          *    *  *   *   *** * **
MAP Score: 9.17354

Motif 2
 ATACTTTTGATCTCATTCTCCTTTTTTATCCATAGCGA	0	9	1
AGAACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAACGAA	0	48	0
TAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGC	0	61	1
AGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAAT	0	104	1
TCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGT	0	121	1
ATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTG	1	74	1
GAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGAT	1	94	1
CCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATT	1	119	1
TGTAGAATTTATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA      	1	149	1
          *  * ****   * *  **
MAP Score: 2.158

Motif 3
          ATACTTTTGATCTCATTCTCCTTTTT	0	0	1
TAGAACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAA	0	52	0
TAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATA	0	69	1
TTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAG	0	120	1
TTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTT	0	142	1
TTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAAT	1	27	1
TCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTT	1	76	1
TATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAAT	1	121	1
          *** ****    ** *
MAP Score: 1.76528

Motif 4
          ATACTTTTGATCTCATTCTCCTT	0	0	1
TTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTT	0	52	1
AGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTT	0	104	1
TTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATT	0	120	1
TTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTA	0	137	1
TTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTAT	1	27	1
ATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTAT	1	48	1
TTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAAT	1	117	1
TTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTAGATTT	1	142	1
TTATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA        	1	157	1
          *** **** ** *
MAP Score: 0.581164