AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236969 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0008 96 conserved hypothetical protein #1 BB0067 114 peptidase, putative #2 BB0088 159 GTP-binding membrane protein (lepA) #3 BB0100_BB0101 156 BB0100: glutamate racemase (murI), BB0101: asparaginyl-tRNA synthetase (asnS) #4 BB0107 28 N-utilization substance protein B (nusB) #5 BB0108 79 basic membrane protein #6 BB0109 136 acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA) #7 BB0135 129 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #8 BB0169 114 translation initiation factor 1 (infA) #9 BB0373 124 B. burgdorferi predicted coding region BB0373 #10 BB0386 24 ribosomal protein S7 (rpsG) #11 BB0387 67 ribosomal protein S12 (rpsL) #12 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #13 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #14 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #15 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #16 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #17 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #18 BB0414 248 chemotaxis protein methyltransferase (cheR-2) #19 BB0415 32 protein-glutamate methylesterase (cheB-1) #20 BB0416 24 pheromone shutdown protein (traB) #21 BB0417 36 adenylate kinase (adk) #22 BB0446 243 aspartyl-tRNA synthetase (aspS) #23 BB0476 300 translation elongation factor TU (tuf) #24 BB0477 50 ribosomal protein S10 (rpsJ) #25 BB0478 35 ribosomal protein L3 (rplC) #26 BB0481 21 ribosomal protein L2 (rplB) #27 BB0488 21 ribosomal protein L14 (rplN) #28 BB0503 21 ribosomal protein L17 (rplQ) #29 BB0540 283 translation elongation factor G (fus-1) #30 BB0615 165 ribosomal protein S4 (rpsD) #31 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #32 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #33 BB0797 163 DNA mismatch repair protein (mutS) #34 BB0799 49 conserved hypothetical protein #35 BB0834 22 ATP-dependent Clp protease, subunit C (clpC) #36 BB0835 114 phosphomannomutase (cpsG) Motif 1 GTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTAACA 3 34 0 CCTATGTCTTATAATAAAATTACTTATATT 18 126 1 ATAATAACATATAATAATATAGATGCAAAA 7 69 0 TAATCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAAT 36 93 1 CTTGAAACTATTAATAAAATGGTAGCAAAT 11 28 0 GTTAAACCTTTTAATAAAATTG 32 2 0 TTCCAAATATTTAATAATATAAAACGATAT 29 178 1 AATCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTTTA 23 196 0 AATTATATAAATAAAAATATGTT 4 3 0 AGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTTAAT 33 32 1 TATTCCTTGTTTAAAAAAAT 20 0 0 TATTAAAACCATAATTATATCTCATT 31 35 1 AAAATTAAAAATATATCAAAGTTG 12 4 1 AGTTAATTAAATTTAAAACATT 33 2 1 TAAACAAAGATTAATTAAATTATATTGATT 36 76 0 TCAAAAAGCTAAAATAATATCTGATCGTGA 2 126 1 AGACAATTAATAAATAATATGATATACATG 9 39 0 ATGCTTCCTAAATAATATTGAATTACAA 33 145 0 AAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATG 3 79 0 AGAATATAAAATAATAAAAAGACCATAAAA 33 77 0 TCTTAGGAGTATAATAATAAAGTAAGAGTT 29 17 1 TCAATTTAAAAAAAAAAAATTATTTGATAT 1 45 0 ATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTAAAAT 29 211 1 ATATAGATGCAAAAAAAAATGAATAATTTT 7 53 0 CTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTT 6 55 0 TTTTTTTTCAAAAAAAATATTCTTACCTAA 18 166 1 AAAGACCATAAAAAAAATATTTTACGCAAT 33 60 0 TTAAATTAATAATAAACAAATAATT 30 5 1 GAAAATTAAATTTAGTACTTG 17 1 1 AATGCTTGGGTAAAAAAAATTAGACACCAC 22 76 1 AATAAAATTATATAAATAAAAAT 4 15 0 TTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAA 0 13 0 AATTTCAAGCTAAATTATATCAAATAATTT 1 29 1 CACATTCTTATAAATTATATGATAATAAAT 36 19 1 AAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAA 3 59 1 TCCTCACATATTAAAAATAAAGCATAGCAG 30 144 0 GGTTTTGGAGAAAAATAAAT 26 11 1 TACAAAATAATAATCACCCCTAA 3 143 0 GTTAATTCACTAAATAAAAAGTTTTAATCA 29 44 1 AATACCATAATAAATAAAAAGGATATTTA 31 9 0 ATTGATATTATAAAATAAATATAATTCAAT 33 116 0 TAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCAC 0 46 0 TTTAAAATTATAACATTTTAGCT 6 3 1 CACAAAATATTAAAAAATAAAGCT 23 4 0 TTGCTGCAAATAAATTAAAATAAACAAAAA 18 84 1 AGATCGCAGAAAAAATAAAACTTGAATATT 22 182 1 ********** MAP Score: 57.2201 Motif 2 AGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTAAAATTACTAAGATAGT 29 213 1 AATTTAAAAAAAAAAAATTATTTGATATAATTTAGCTTGA 1 33 0 GTAAACAAAAAATAATGCTTTTATTCTTAAAAAGAATAAT 8 75 1 TAATTCCCTATAAAACTCTTTATTATCTTAGTTGATTGTT 17 41 0 AATCTCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAA 23 247 0 TATTTTATTAAACAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTA 36 74 0 AAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACCCGCACTAC 23 178 0 GTTTTATATTATTAAATATTTGGAAGTTTAAACTATTTTA 29 163 0 GCAAAAAAAAATGAATAATTTTTTATTTCATATAGTCATA 7 35 0 GATATTATAAAATAAATATAATTCAATTAAAAAGAAAGAA 33 103 0 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 4 8 0 AAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAACCTGAATTAT 6 43 0 CTAAAGTCTTAATAAACTTATTGAATTATACAATACAATA 6 98 0 TTTTATTGATTAAAACTTTTTATTTAGTGAATTAACTCTT 29 40 0 CAACCTTACTAATATTAGTATACCAAATAATTATCAATTT 1 68 0 ATATTGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTAAAACTTTTTT 3 30 1 ATATTAATTTTACAATTTTTTTTCAAAAAAAATATTCTTA 18 151 1 AAATTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACT 0 6 1 TTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACACGTAGTGCGG 23 147 1 AAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATAT 3 74 1 AAAAGTAAAGTATAAATATTAACAAAGTTAATATCAAGAA 3 104 0 CCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAAT 5 19 0 TATACTCCTGTTTAAATATTTGTTATTTTAAGGGT 21 5 0 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAA 31 2 1 GACCATAAAAAAAATATTTTACGCAATTAAACGCTATTTA 33 47 0 CAATTTTTGAATTAAGCTTTTTTGAAGAGATTTTT 9 99 1 AAAACCTTTTTATAAACCTATGTCTTATAATAAAATTACT 18 110 1 GTTATGTTTAAAGTTATCAAATGTAATGAATTGAAT 22 6 1 TTTAAAATTATAACATTTTAGCTTGTTTAT 6 0 1 TAAATTCTATATCAAGTATATAATTCATTATAAATCAATA 36 44 1 TAAAAATTAATATAAACTTTACATTAATTAAAGAAAAGCA 23 32 0 ACACATTCTTATAAATTATATGATAATAAATTCTATATCA 36 18 1 TTGGACCTCTTAAATTATTTTATGACTATATGAAATAAAA 7 15 1 ATATTATACTAATATAGGTTAATAAGTACAGTGTTTTCAC 0 65 1 GAATTGAGTTTAAAAGTTTAAGCGTATTGACTATATTTTG 23 91 1 TATAATAACATATAATAATATAGATGCAAAAAAAAATGAA 7 60 0 ATGATATTTTAAGTATATGAATTTGAGGTA 25 0 1 TTTAATTATTAAAAAGCCTAATGTTTTAAATTTAATTAAC 33 11 0 TAATATGATATACATGGTTAATAGAGCTTAATTTCAAGGG 9 15 0 AGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGTTTGTAATT 0 35 0 ** ** *** * * * MAP Score: 24.0168 Motif 3 ACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTT 0 16 0 CTTATTAACCTATATTAGTATAATATAAAATA 0 59 0 CAAGCTAAATTATATCAAATAATTTTTTTTTT 1 34 1 TAATTATCAATTTAAAAAAAAAAAATTATTTG 1 49 0 ATTTTTAAATTTTGACTTGTAGT 2 1 1 TTATTTTAGCTTTTTGAATAAATCGATCAGCT 2 111 0 TGATCGTGATTTTAAAAGTCAA 2 147 1 TTTAACAATATTAATAAGTTAAGTATTTAGG 3 9 0 TTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTAAGCT 3 54 0 AAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTA 3 71 1 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 4 8 0 TTAAATCTAGTTAATAAAACATTT 5 2 0 TACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAA 5 30 0 TTTAAAATTATAACATTTTAGC 6 0 1 ACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAATGT 6 22 0 CTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAA 6 53 0 CTTAAATTATTTTATGACTATATGAAATAAAA 7 23 1 TAATTTACTTTTTCAGAATATAATAACATATA 7 86 0 CACGAAGTTTTTTAAAAATGTAATTTATAGGG 8 17 0 AATTATTCTTTTTAAGAATAAAAGCATTATTT 8 84 0 AGATAGACAATTAATAAATAATATGATATACA 9 41 0 TATATCTCAATTTTTGAATTAAGCTTTTTTGA 9 92 1 AAAATTAAAAATATATCAAAGTTGT 12 3 1 AGACTCCTTTTTTAAGACATAACAAGCCGCAC 12 56 0 TTAATATGCATTTTAAAAAGATCAA 18 3 0 CAAAAACCTTTTTATAAACCTATGTCTTATAA 18 108 1 ACCTATGTCTTATAATAAAATTACTTATATTA 18 125 1 TTTACAATTTTTTTTCAAAAAAAATATTCTTA 18 159 1 ATTTTTTTAAACAAGGAATATTTT 20 2 1 AAAATTTATCTTTCTAAATATAAGAGACAGAT 22 108 1 GCACAAAATATTAAAAAATAAAGCT 23 3 0 GTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATAT 23 31 1 ATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATT 23 48 1 GTGAATTGAGTTTAAAAGTTTAAGCGTATTGA 23 89 1 ATTCTACACATTTTACAAAATATAGTCAATAC 23 114 0 TTTTAATAGCTTTAAAATTCTACACATTTTAC 23 130 0 ATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAAC 23 144 1 ATAGCTACAAATAATCAAAAAAATAAAAAAAT 23 206 0 TTTAATCTCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTT 23 258 0 ATCTTAGGAGTATAATAATAAAGTAAGAGTTA 29 16 1 TAAACTATTTTATATGAAATTTGACAGTTTGC 29 143 0 CTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGATATA 29 177 1 AAAATTTTTTTTTAAAAATCTATCTTATATCG 29 202 0 TTATTTGTTTATTATTAATTTAA 30 1 0 TGTGTTAACATTTTAAATTGTAAGACGCAGGG 30 52 1 TTCCTCACATATTAAAAATAAAGCATAGCAGG 30 143 0 GGTTAAACCTTTTAATAAAATTG 32 1 0 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAG 33 2 1 CATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTTA 33 28 1 TACAATTGATATTATAAAATAAATATAATTCA 33 118 0 ATTTATTAAATTTTCTGTTATG 35 9 0 AATTATATTGATTTATAATGAATTATATACTT 36 57 0 TAAACAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTA 36 74 0 TTAATCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA 36 92 1 ***** *** ** MAP Score: 3.07201