AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236990 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0008 96 conserved hypothetical protein #1 BB0067 114 peptidase, putative #2 BB0088 159 GTP-binding membrane protein (lepA) #3 BB0089 71 B. burgdorferi predicted coding region BB0089 #4 BB0093 21 V-type ATPase, subunit B (atpB) #5 BB0094 85 V-type ATPase, subunit A (atpA) #6 BB0096 183 V-type ATPase, subunit E, putative #7 BB0100_BB0101 156 BB0100: glutamate racemase (murI), BB0101: asparaginyl-tRNA synthetase (asnS) #8 BB0107 28 N-utilization substance protein B (nusB) #9 BB0108 79 basic membrane protein #10 BB0109 136 acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA) #11 BB0135 129 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #12 BB0169 114 translation initiation factor 1 (infA) #13 BB0373 124 B. burgdorferi predicted coding region BB0373 #14 BB0386 24 ribosomal protein S7 (rpsG) #15 BB0387 67 ribosomal protein S12 (rpsL) #16 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #17 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #18 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #19 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #20 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #21 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #22 BB0398 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0398 #23 BB0414 248 chemotaxis protein methyltransferase (cheR-2) #24 BB0415 32 protein-glutamate methylesterase (cheB-1) #25 BB0416 24 pheromone shutdown protein (traB) #26 BB0417 36 adenylate kinase (adk) #27 BB0446 243 aspartyl-tRNA synthetase (aspS) #28 BB0452 90 B. burgdorferi predicted coding region BB0452 #29 BB0476 300 translation elongation factor TU (tuf) #30 BB0477 50 ribosomal protein S10 (rpsJ) #31 BB0478 35 ribosomal protein L3 (rplC) #32 BB0481 21 ribosomal protein L2 (rplB) #33 BB0488 21 ribosomal protein L14 (rplN) #34 BB0503 21 ribosomal protein L17 (rplQ) #35 BB0540 283 translation elongation factor G (fus-1) #36 BB0615 165 ribosomal protein S4 (rpsD) #37 BB0616 121 conserved hypothetical integral membrane protein #38 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #39 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #40 BB0797 163 DNA mismatch repair protein (mutS) #41 BB0799 49 conserved hypothetical protein #42 BB0834 22 ATP-dependent Clp protease, subunit C (clpC) #43 BB0835 114 phosphomannomutase (cpsG) Motif 1 ATAATTATCAATTTAAAAAAAAAAAATTAT 1 52 0 AACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAA 10 25 0 AACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTAT 10 57 0 TTGAGCTTAAATTTAATAAATGATAAAATT 37 46 1 ATAGATAGACAATTAATAAATAATATGATA 13 45 0 ATAACAGAAAATTTAATAAAT 42 11 1 ATAATCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTT 29 198 0 TGACTATATGAAATAAAAAATTATTCATTT 11 37 1 TAAAACTCCAATATAAAAAAATAGTAAAAA 22 116 0 GCACACCTCAATTTAAAAAGTTGTCAAAAT 22 243 0 AATATAATTCAATTAAAAAGAAAGAATATA 40 99 0 TTTAATACCTATTTAAAAAGCAATCGTCTA 22 12 0 TCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAA 7 81 0 ATATTAAAAGAAATAATAAATCAAAA 3 6 0 AAAGAATATAAAATAATAAAAAGACCATAA 40 79 0 AAAAATTGAGATATAATAAATACATTATAC 13 77 0 TAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTAAGC 7 55 0 AAGCACAAAATATTAAAAAATAAAGCT 29 7 0 TAAGATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTA 35 207 1 AATTTTACAATATTAAAAAACATATCAAGT 6 72 0 TAAATTACATTTTTAAAAAACTTCGTGTAA 12 22 1 AGGTTAAACCTTTTAATAAAATTG 39 4 0 TTCTTGAAACTATTAATAAAATGGTAGCAA 15 30 0 GCTGCAAATAAATTAAAATAAACAAAAACC 23 86 1 AAAATTGTAAAATTAATATAAGTAATTTTA 23 140 0 TAGCATTAAAAATTAATATAAACTTTACAT 29 48 0 TTATGAGTTAATTTAATATATTTATTATT 3 52 1 ATACCATAATAAATAAAAAGGATATTTA 38 8 0 TTAATTCACTAAATAAAAAGTTTTAATCAA 35 45 1 ACAAGTCAAAATTTAAAAAT 2 0 0 AAAATTAAAAATATATCAAAGT 16 2 1 TTAATATGCATTTTAAAAAGATCAA 23 5 0 GCTATTTAATTATTAAAAAGCCTAATGTTT 40 25 0 AACCTATGTCTTATAATAAAATTACTTATA 23 124 1 TATTGCCTATTTATAATAAATCTCTTAGGT 23 190 0 CTTAGGAGTATAATAATAAAGTAAGAGTTA 35 18 1 TTAAATTAATAATAAACAAATAATTG 36 6 1 TTTACCCTTCTTATAATAAAA 19 1 0 ACTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGAT 35 176 1 AAACAATTTAATTTAATAATTACAAACTGT 0 18 1 TATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATTTG 29 235 1 GATTTAACAATATTAATAAGTTAAGTATTT 7 13 0 TATTAGTATAATATAAAATATATAAATAAG 0 49 0 GTCAAATTTCATATAAAATAGTTTAAACTT 35 150 1 GCGTCTTACAATTTAAAATGTTAACACAAC 36 50 0 TCAAATGTCGATTTAATATGCATTTTAAAA 23 17 0 CTTTAGAGAGTATTAATATATCCTTAAAGT 30 16 0 AAAATTATATAAATAAAAATATGTT 8 5 0 AGACATAGGTTTATAAAAAGGTTTTTGTTT 23 105 0 TACAAAATAATAATCACCCCTAAA 7 142 0 ATATAATAACATATAATAATATAGATGCAA 11 71 0 TTCCTCACATATTAAAAATAAAGCATAGC 36 146 0 AAATTTTTGATATTAAAAATTTATTTTATG 6 97 1 AATCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA 43 94 1 ACAATTGATATTATAAAATAAATATAATTC 40 119 0 TAAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAAAA 22 141 0 TTACGAGAAAATTTAATATTAAAAGAAATA 3 21 0 ATTTAATATTAACCCACCTT 14 14 0 AAGTTAGTATTTATAAAAATTTTGACAACT 22 225 1 AAACTACACATAATAAAATGCACACCTCAA 22 262 0 ATGCTTCCTAAATAATATTGAATTACAAT 40 144 0 ATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAA 29 144 1 AGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGG 22 170 1 TTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTAACAA 7 33 0 ********** MAP Score: 67.0999 Motif 2 TGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTAAAAC 7 34 1 TGAGGTGTGCATTTTATTATGTGTAGTTTA 22 263 1 AATATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGG 23 126 0 ATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTA 43 93 0 ATTTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAG 15 28 1 CAATTTTATTAAAAGGTTTAAC 39 2 1 AAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATT 29 199 1 TGATTAAAACTTTTTATTTAGTGAATTAAC 35 44 0 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATT 38 9 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTA 8 6 1 AAAATTATTCATTTTTTTTTGCATCTATAT 11 53 1 TCACGATCAGATATTATTTTAGCTTTTTGA 2 126 0 CAAGTACTAAATTTAATTTTC 21 1 0 ATATCAAATAATTTTTTTTTTTTAAATTGA 1 45 1 ATTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAATCTAT 35 211 0 CATGTATATCATATTATTTATTAATTGTCT 13 39 1 GTGGTGTCTAATTTTTTTTACCCAAGCATT 27 76 0 TTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAA 0 13 1 TGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTTT 40 62 1 TTGTAATTCAATATTATTTAGGAAGCAT 40 145 1 CATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTT 7 79 1 TTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCT 40 77 1 AAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAG 10 55 1 TTTTGCATCTATATTATTATATGTTATTAT 11 69 1 GATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTT 22 114 1 ATTAAACGCTATTTAATTATTAAAAAGCCT 40 32 0 AATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTA 43 76 1 ATTTTTTTAAACAAGGAATA 25 0 1 ATATCGTTTTATATTATTAAATATTTGGAA 35 178 0 AATGTTTTAAATTTAATTAACT 40 2 0 TTTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATA 40 111 1 TTTGATATATTTTTAATTTT 16 0 0 AAGTGTTAGGTTATTATTTTTATCTTATAT 6 152 1 TTAGGGGTGATTATTATTTTGTA 7 143 1 TTTTTGTTTATTTTAATTTATTTGCAGCAA 23 84 0 TTAGGTAAGAATATTTTTTTTGAAAAAAAA 23 166 0 ATTTATTTTTCTCCAAAACC 32 11 0 ATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTG 43 19 0 AAATTATTTGATATAATTTAGCTTGAAATT 1 29 0 GATATTAAAAATTTATTTTATGCTTTTTTA 6 105 1 AACTCTTACTTTATTATTATACTCCTAAGA 35 17 0 TTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTT 7 59 0 AATTATTTGTTTATTATTAATTTAA 36 5 0 AATGAGATATAATTATGGTTTTAATA 38 35 0 GAATAAAAGCATTATTTTTTGTTTACATTA 12 71 0 TTCTTTTAATATTAAATTTTCTCGTAATTT 3 24 1 ATTTATTAAATTTTCTGTTATG 42 8 0 TTTATCATTTATTAAATTTAAGCTCAATCT 37 43 0 ATTTATATATTTTATATTATACTAATATAG 0 52 1 TAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGC 29 46 1 GACCTCTTAAATTATTTTATGACTATATGA 11 18 1 TAATAAATATATTAAATTAACTCATAAATT 3 49 0 TTAAATAGGTATTAAATTAACATTTATTAT 22 26 1 AATATTCAAGTTTTATTTTTTCTGCGATCT 27 182 0 AGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 10 3 0 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTG 29 4 1 CTGCTATGCTTTATTTTTAATATGTGAGGA 36 144 1 TTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTG 22 172 1 ATTTTTAAATTTTGACTTGTAGT 2 3 1 ATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTT 7 112 1 TATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAGTT 22 144 1 AAAAAAATGAATAATTTTTTATTTCATATA 11 41 0 AATTACTTATATTAATTTTACAATTTTTTT 23 143 1 TTAATAAATGATAAAATTTAACATTACTGC 37 58 1 GAAAGGTGGGTTAATATTAAAT 14 12 1 TTTTATTTATATAATTTTATT 8 17 1 CTATAATTCAATTAATTTATGTAAAGCCCG 28 25 0 TTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAAC 29 146 1 ********** MAP Score: 55.5491 Motif 3 ATAAAAACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTT 10 55 0 CTGCAAATAAATTAAAATAAACAAAAACCTTTTTATA 23 87 1 TGGTTTTAATACCATAATAAATAAAAAGGATATTTA 38 9 0 CTCCCTATAAATTACATTTTTAAAAAACTTCGTGTAA 12 15 1 TTGAATGAAAAATTGATAGACAAAAAAGTTGAAATAA 27 40 1 AATAATTATCAATTTAAAAAAAAAAAATTATTTGATA 1 46 0 TTAGCATAAAACTCCAATATAAAAAAATAGTAAAAAT 22 115 0 GCTACAAATAATCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTT 29 198 0 TAATATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATG 7 79 0 AAAAGAAAGAATATAAAATAATAAAAAGACCATAAAA 40 77 0 ATTCTTACCTAAGAGATTTATTATAAATAGGCAATAC 23 184 1 TATATCAAGTATATAATTCATTATAAATCAATATAAT 43 51 1 CTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATTTGTTAAAA 29 234 1 ACTTATTAGCAAACAAAACTTTAAAAAAGCATAAAAT 6 119 0 CCTGAACTACAAGTCAAAATTTAAAAAT 2 1 0 TTGAGCTTAAATTTAATAAATGATAAAATTTAACATT 37 46 1 ATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAA 7 52 1 GATATAAGATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTAAAA 35 203 1 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 8 6 0 ACTAATAGATAGACAATTAATAAATAATATGATATAC 13 42 0 AGAAAAGCACAAAATATTAAAAAATAAAGCT 29 4 0 ATATTAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGT 0 43 0 CATAACAGAAAATTTAATAAAT 42 4 1 TTAATTTTACAATTTTTTTTCAAAAAAAATATTCTTA 23 154 1 TAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACACGTAGTGC 29 148 1 ACATTAGCTGATCGATTTATTCAAAAAGCTAAAATAA 2 106 1 CATAAAATAAATTTTTAATATCAAAAATTTTACAATA 6 90 0 ATTAGTGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTATGT 9 51 1 TATAAAATAAATATAATTCAATTAAAAAGAAAGAATA 40 101 0 TAATTATCTTAGGAGTATAATAATAAAGTAAGAGTTA 35 11 1 CATTCTTATAAATTATATGATAATAAATTCTATATCA 43 21 1 ATAAATTACGAGAAAATTTAATATTAAAAGAAATAAT 3 19 0 TACACATATAATAGCATTAAAAATTAATATAAACTTT 29 52 0 TCTCTTCAAAAAAGCTTAATTCAAAAATTGAGATATA 13 92 0 GATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTTTATTAAG 10 94 1 AAATACCTCAAATTCATATACTTAAAATATCAT 31 6 0 AAACTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGATATAAG 35 174 1 ACTTAACATCACCACATTTTACATTAACACCAATGTA 22 192 0 CTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTT 10 31 1 TTATATGTGTAGTGAATTGAGTTTAAAAGTTTAAGCG 29 78 1 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGGCT 40 0 1 CATATAATTTATAAGAATGTGTATTAAATT 43 3 0 CACTAAATAAAAAGTTTTAATCAATAAAATCAAAATC 35 51 1 CATTTCAATTATTCTTTTTAAGAATAAAAGCATTATT 12 85 0 ATTAACACCAATGTAAAAATATTAAAACAACAAAACT 22 170 0 CTTTTTTCCCATTTTATTCTTGTTAAA 24 0 0 AATAATAAATATATTAAATTAACTCATA 3 53 0 GTCAAATTTCATATAAAATAGTTTAAACTTCCAAATA 35 150 1 AAATTATTTTATGACTATATGAAATAAAAAATTATTC 11 26 1 ACTTTTTCAGAATATAATAACATATAATAATATAGAT 11 75 0 AAATTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACTG 0 10 1 AAATTAATATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGGTT 23 124 0 AACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 10 0 0 TTTAGAGAGTATTAATATATCCTTAAAGTCTTAAC 30 8 0 * *** * ***** MAP Score: 35.4293 Motif 4 TTTAAAAAAAAAAAATTATTTGATATAATTTAGCTTGAAA 1 31 0 TCGTAATTTATGAGTTAATTTAATATATTTATTATT 3 45 1 ACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAATTTTTGATATTA 6 72 1 CCTAAATACTTAACTTATTAATATTGTTAAATCAA 7 5 1 AAATAATAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTT 7 61 0 ACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTA 7 85 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 8 8 1 TACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTT 9 22 0 ATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATA 10 38 1 TGACTATATGAAATAAAAAATTATTCATTTTTTTTTGCAT 11 37 1 TGCATCTATATTATTATATGTTATTATATTCTGAAAAAGT 11 72 1 AATTACATTTTTAAAAAACTTCGTGTAATTATATACACAA 12 24 1 CTTATAATGTAAACAAAAAATAATGCTTTTATTCTTAAAA 12 67 1 CTTGAAAATAAGTGATATATTTGCTACCATTT 15 2 1 ATGAAATGATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTTAT 22 107 1 TATTGGAGTTTTATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAGT 22 133 1 CCTATGTCTTATAATAAAATTACTTATATTAATTTTACAA 23 126 1 ATATTTTTTTTGAAAAAAAATTGTAAAATTAATATAAGTA 23 146 0 CTTCCGGGCTTTACATAAATTAATTGAATTATAGCACAAA 28 21 1 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAA 29 9 1 AATGTGTAGAATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAA 29 134 1 CGGGTCAATTTCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGA 29 184 1 TTTGATTATTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATA 29 219 1 TAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAA 29 239 0 GGAATATATCATTTAGTAGATTTTGATTTTATTGATTAAA 35 66 0 TAAATTTGCATTAATGTATATCCTTATATTAGGGAATATA 35 98 0 TAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTAAAATTACTAAGATAG 35 212 1 TAATTCATTATAAATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTT 43 64 1 * * ** * * **** MAP Score: 23.3044 Motif 5 AACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATA 0 42 1 AATTATATCAAATAATTTTTTTTTTTTAAAT 1 41 1 ATTTTTAAATTTTGACTTGTAGT 2 2 1 TTTTGATTTATTATTTCTTTTA 3 1 1 TATGAGTTAATTTAATATATTTATTATT 3 53 1 GCCAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAA 6 68 1 AAAAGCATAAAATAAATTTTTAATATCAAAA 6 101 0 AATATTGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTA 7 29 1 AAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGT 7 62 0 TTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGAT 7 81 1 TATTTTTATTTATATAATTTTATT 8 14 1 TAATAAACTTATTGAATTATACAATACAATA 10 98 0 AAAAATGAATAATTTTTTATTTCATATAGTC 11 38 0 ATAAAAAATTATTCATTTTTTTTTGCATCTA 11 49 1 ATCATTTCAATTATTCTTTTTAAGA 12 99 0 ATGTATATCATATTATTTATTAATTGTCTAT 13 40 1 TAGTATAATGTATTTATTATATCTCAATTTT 13 75 1 CTTTGATATATTTTTAATTTT 16 0 0 ACAAGTACTAAATTTAATTTTC 21 1 0 TCAGTTATGAAATGATTTTTACTATTTTTTT 22 101 1 AAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAAAACT 22 139 0 GTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTG 22 171 1 TTTTGTTTATTTTAATTTATTTGCAGCAATA 23 82 0 AATATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGGT 23 125 0 AAATTACTTATATTAATTTTACAATTTTTTT 23 142 1 CTTAGGTAAGAATATTTTTTTTGAAAAAAAA 23 166 0 CTTTTTTGTCTATCAATTTTTCATTCAATTC 27 37 0 AATATTCAAGTTTTATTTTTTCTGCGATCTT 27 181 0 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCT 29 10 1 GTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTA 29 50 1 AAAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGA 29 188 0 AAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTG 29 200 1 AAATCTACTAAATGATATATTCCCTAATATA 35 83 1 CTTATATCGTTTTATATTATTAAATATTTGG 35 180 0 AATTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAATCTAT 35 211 0 TTTTATCATTTATTAAATTTAAGCTCAATCT 37 43 0 AAGCCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT 40 7 0 AATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTT 40 59 1 TTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTT 40 77 1 TTTCTTTTTAATTGAATTATATTTATTTTAT 40 106 1 TTGAATTATATTTATTTTATAATATCAATTG 40 117 1 ATTTATTAAATTTTCTGTTATG 42 8 0 TTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTGTA 43 17 0 ATTGATTTATAATGAATTATATACTTGATAT 43 52 0 ACAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTATA 43 72 0 TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGAT 43 95 0 *** ******* MAP Score: 14.5628