AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237026 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0093 21 V-type ATPase, subunit B (atpB) #1 BB0094 85 V-type ATPase, subunit A (atpA) #2 BB0096 183 V-type ATPase, subunit E, putative #3 BB0224 68 B. burgdorferi predicted coding region BB0224 #4 BB0230 79 transcription termination factor Rho (rho) #5 BB0235 32 conserved hypothetical protein #6 BB0236 148 B. burgdorferi predicted coding region BB0236 #7 BB0277 45 flagellar motor switch protein (fliN) #8 BB0278 37 flagellar motor switch protein (fliM) #9 BB0279 48 flagellar protein (fliL) #10 BB0282 22 flagellar protein (flbD) #11 BB0293 23 flagellar basal-body rod protein (flgC) #12 BB0294 33 flagellar basal-body rod protein (flgB) #13 BB0301 35 cell division protein (divIB) #14 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #15 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #16 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #17 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #18 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #19 BB0360 64 B. burgdorferi predicted coding region BB0360 #20 BB0775 178 flagellar hook-basal body complex protein (flhO) #21 BB0828 74 DNA topoisomerase I (topA) Motif 1 TTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGAT 20 91 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTA 5 2 1 CACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 18 8 0 GTTAGGTTATTATTTTTATCTTATATGATAAGGAGT 2 156 1 ATTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAG 9 16 0 TTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 19 44 1 TAAAAATTTATTTTATGCTTTTTTAAAGTTTTGTTT 2 110 1 TTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTAT 6 55 1 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAA 16 8 1 TCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAATATAT 21 33 1 ATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATT 19 22 0 AAAAAAGAGCTATAATTTGGTTTTAAGGAGGA 20 6 0 TTGTGCCAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAA 2 64 1 TTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATT 17 16 0 CTTTACTCTTTAAATACCTATTATAAGCATAACTTT 6 116 0 AGCTCGTTTATTCTAACATATTATATA 3 1 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA 8 4 1 GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 8 21 1 TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGG 12 0 1 AACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACA 7 14 0 ATAAAATCCTTTCTTAAAAATTTAATTCGTAGAGGA 4 49 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATA 6 6 1 ACTTTTCCTTTTGTATTCATTTAAATTCCTTTT 1 7 0 ACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATA 21 15 1 ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTG 16 26 1 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGATT 4 10 1 TAAAAAAGAATAAATAATTGTTAAATCAGCTCGTTT 3 28 0 TGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT 18 24 1 TGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT 20 130 0 ATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAG 6 84 1 AAGTATATTCTTTAAAGAAGTATTATTGTGCCAACT 2 39 1 ATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATATTA 16 43 1 * *** ****** MAP Score: 35.1769 Motif 2 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTT 16 6 1 TTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAAT 18 17 0 TTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG 20 91 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGT 5 1 1 TATTTTATGCTTTTTTAAAGTTTTGTTTGCTAAT 2 118 1 TAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTA 16 31 0 TATAAAATCCTTTCTTAAAAATTTAATTCGTAGA 4 48 1 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTA 4 8 1 TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAAT 7 4 1 ATTGGCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATT 20 144 0 TACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTT 21 14 1 GATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAA 3 37 1 AAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAA 20 24 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACA 6 6 1 CAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAATTTT 2 70 1 TTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTTT 20 129 0 AATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAATAA 6 41 1 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAAT 9 5 1 CGACTTTTCCTTTTGTATTCATTTAAATTCCTTT 1 11 0 GTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGT 6 87 1 ATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAAT 21 31 1 AAATTCCCTATGTTTATATATTGTATTATAAT 21 52 0 TTATTATTTTTATCTTATATGATAAGGAGTT 2 162 1 GTAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA 20 54 1 AAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTAGGAATGAAT 19 12 0 AAATTAATACTATCATATAAAATTATTAATGATA 6 63 0 ATCAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAA 16 55 0 TTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 19 44 1 TAAAAAAGCATAAAATAAATTTTTAATATCAAAA 2 101 0 CTAATAAGTGTTAGGTTATTATTTTTATCTTATA 2 147 1 TAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATT 8 12 0 TCGTTTATTCTAACATATTATATA 3 0 0 * * ***** *** MAP Score: 34.6364 Motif 3 TTGTGCCAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAATTTTTG 2 64 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATA 6 0 1 ATTCCCTATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAATATAA 21 40 0 ACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTTTTTT 6 59 1 ATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTA 6 81 1 TTATGCTTTTTTAAAGTTTTGTTTGCTAATAAGTGTTAGGTT 2 122 1 ATTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 9 10 0 CTAATAAGTGTTAGGTTATTATTTTTATCTTATATGATAAGG 2 147 1 AACGAGCTGATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAA 3 29 1 GTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATATTA 16 37 1 CAAACATCATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAA 20 82 1 ATTTTTGATATTAAAAATTTATTTTATGCTTTTTTAAAGTTT 2 99 1 TAGTTGAGAATAAGTATATTCTTTAAAGAAGTATTATTGTGC 2 28 1 TGGTTGTATTATTTCTAATAGTTGAGAATAAG 2 0 1 AAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAGG 20 18 1 CTCCAACGACTTTTCCTTTTGTATTCATTTAAATTCCTTTT 1 9 0 TGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTTT 20 129 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGA 4 2 1 TACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 18 4 0 TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTATT 7 0 1 AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAATCAAG 19 38 0 AAAATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTA 21 7 1 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAA 17 8 1 TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT 10 0 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGGCT 5 5 1 * * ** *** * * * MAP Score: 34.1571 Motif 4 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGGCT 5 2 1 TGGCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTC 20 136 0 AAATTCCCTATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAAT 21 44 0 TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTA 7 0 1 TGTATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCC 20 58 0 GCCACAAACATCATTATACAACTTATTTTATAATTTTAAT 20 78 1 GGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGG 6 113 1 CAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAATTTTTGATAT 2 70 1 TATTAAAAATTTATTTTATGCTTTTTTAAAGTTTTGTTTG 2 107 1 CAACGACTTTTCCTTTTGTATTCATTTAAATTCCTTTT 1 8 0 TGGTTGTATTATTTCTAATAGTTGAGAATA 2 0 1 ATCAGCTCGTTTATTCTAACATATTATATA 3 0 0 TTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAAT 20 102 0 AAAATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTAT 21 10 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATAATGG 6 6 1 GTTAGGTTATTATTTTTATCTTATATGATAAGGAGTT 2 156 1 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTA 9 1 1 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAA 16 4 1 ATATTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATT 6 52 1 AGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTATGC 6 86 1 GCTGATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAATTG 3 34 1 ATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 17 13 1 TCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTT 16 41 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGATT 4 6 1 CCTTAAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCAT 20 14 1 AAAACTTGATTTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 19 34 1 * ** * * * *** * MAP Score: 31.8074 Motif 5 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTT 5 1 1 AAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG 20 24 1 GCCAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAATTT 2 68 1 AAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATA 16 41 1 ATTGGCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTT 20 143 0 AAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTAGGAATGAATA 19 11 0 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAA 9 3 1 TATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGG 6 80 1 TTTTTTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAA 20 111 0 ATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAATA 21 31 1 GTGTTAGGTTATTATTTTTATCTTATATGATAAGG 2 154 1 ATATTAAAAATTTATTTTATGCTTTTTTAAAGTTT 2 106 1 TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT 10 7 1 ATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG 20 90 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACAT 6 6 1 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAA 4 4 1 AAAATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTAT 21 9 1 TGATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAA 3 36 1 ACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 18 10 0 TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAAT 7 3 1 ATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTAC 20 54 0 CTCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTATA 4 48 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGT 16 4 1 TAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA 8 0 0 TACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATT 17 12 0 TTAATATTGTAAAATTTTTGATATTAAAAATTTAT 2 86 1 TAATAATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTCTTA 4 30 1 AATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAATAAT 6 41 1 TTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTT 6 62 1 * * ***** *** MAP Score: 28.9808 Motif 6 AAGTATATTCTTTAAAGAAGTATTATTGTGCCAACT 2 39 1 TTTTACAATATTAAAAAACATATCAAGTTGGCACAA 2 64 0 AATTTTTAATATCAAAAATTTTACAATATTAAAAAA 2 82 0 TAAAAAAGCATAAAATAAATTTTTAATATCAAAAAT 2 99 0 CTTATTAGCAAACAAAACTTTAAAAAAGCATAAAAT 2 119 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGATT 4 10 1 TCCTCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTAT 4 49 0 TAACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTA 6 57 1 CCCTTTACTCTTTAAATACCTATTATAAGCATAACT 6 118 0 CCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAAC 7 12 0 TCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA 8 4 0 GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 8 21 1 CATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 9 8 0 CCTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA 12 0 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAA 16 8 1 AAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATT 16 25 0 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAA 17 7 1 TATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 17 27 1 TGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT 18 24 1 TATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 19 46 1 AAAAAAGAGCTATAATTTGGTTTTAAGGAGGA 20 6 0 TATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATA 20 92 0 TATAAATATAATTTAAGAATTAAAAAAAGTGAGAGT 21 15 0 ATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAATAT 21 31 1 ** *** *** ** MAP Score: 14.1747 Motif 7 AAAAGGAATTTAAATGAATACAAA 1 1 1 AATACTTCTTTAAAGAATATACTTATTCTCAAC 2 30 0 AAATTTTACAATATTAAAAAACATATCAAGTTG 2 70 0 AAACTTTAAAAAAGCATAAAATAAATTTTTAAT 2 108 0 CCTTATCATATAAGATAAAAATAATAACCTAAC 2 156 0 TTCCTCCTAAAAAAGAATAAATAATTGTTAAAT 3 38 0 TTATTATTAATTAATAAAAAACACTGACC 4 6 0 AATTTTTAAGAAAGGATTTTATAAAAATCTACT 4 38 0 AAATCCTTTCTTAAAAATTTAATTCGTAGAGGA 4 52 1 GTTACTAATAATAGTAAAAAAGAGGAAAA 6 6 0 ATGATAATGTTAAATATATTACACCATTATGTT 6 36 0 ACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATT 6 59 1 AAAATAATACAAAAAAATTAATACTATCATATA 6 78 0 AAGCATAACTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAA 6 95 0 TATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGGG 6 121 1 TTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 7 4 0 TTCAACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAAAT 7 20 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAA 8 8 1 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAAT 9 10 1 TTTACATTCCTTAAGATATTAAT 11 0 0 AAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 16 4 0 ATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGC 16 30 1 TATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATAT 16 43 0 AAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 17 30 1 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTAT 18 2 1 TTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAA 18 18 1 AATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTA 19 33 0 AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAAT 19 47 0 TCCTCCTTAAAACCAAATTATAGCTCTTTTTT 20 9 1 TACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAATTT 20 24 0 TGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTA 20 55 0 ATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAATGA 20 88 0 GGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATA 20 101 0 AAACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAA 20 129 1 ATAACAATTAATTGGCCTGTTGT 20 165 0 ATAATTTAAGAATTAAAAAAAGTGAGAGTATTT 21 11 0 TATTATAATATATAAATATAATTTAAGAATTAA 21 28 0 TATATATTATAATACAATATATAAACATAGGGA 21 47 1 *** ****** * MAP Score: 12.1124