AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237050 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0093 21 V-type ATPase, subunit B (atpB) #1 BB0094 85 V-type ATPase, subunit A (atpA) #2 BB0096 183 V-type ATPase, subunit E, putative #3 BB0100 156 glutamate racemase (murI) #4 BB0224 68 B. burgdorferi predicted coding region BB0224 #5 BB0230 79 transcription termination factor Rho (rho) #6 BB0235 32 conserved hypothetical protein #7 BB0236 148 B. burgdorferi predicted coding region BB0236 #8 BB0277 45 flagellar motor switch protein (fliN) #9 BB0278 37 flagellar motor switch protein (fliM) #10 BB0279 48 flagellar protein (fliL) #11 BB0282 22 flagellar protein (flbD) #12 BB0293 23 flagellar basal-body rod protein (flgC) #13 BB0294 33 flagellar basal-body rod protein (flgB) #14 BB0301 35 cell division protein (divIB) #15 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #16 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #17 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #18 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #19 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #20 BB0360 64 B. burgdorferi predicted coding region BB0360 #21 BB0775 178 flagellar hook-basal body complex protein (flhO) #22 BB0828 74 DNA topoisomerase I (topA) Motif 1 ATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATG 3 79 0 TTCCTCCTAAAAAAGAATAAATAATTGTTAAAT 4 38 0 TACTTATTATTAATTAATAAAAAACACTGACC 5 9 0 AAAATAATACAAAAAAATTAATACTATCATATA 7 78 0 AATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTA 20 33 0 GTTACTAATAATAGTAAAAAAGAGGAAAA 7 6 0 TTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 10 5 0 AAATTTTACAATATTAAAAAACATATCAAGTTG 2 70 0 TATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATAT 17 43 0 CTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAAT 21 26 0 CCTTATCATATAAGATAAAAATAATAACCTAAC 2 156 0 AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 17 7 0 CTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAA 3 56 1 AAGCATAACTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAA 7 95 0 CCCTAAAAAGTAAAGTATAAATATTAACAAAGT 3 116 0 TATTGTATTATAATATATAAATATAATTTAAGA 22 33 0 AAACTTTAAAAAAGCATAAAATAAATTTTTAAT 2 108 0 TTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAA 21 91 0 AATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 8 6 0 ATTCTCAACTATTAGAAATAATACAACCA 2 6 0 AAATATAATTTAAGAATTAAAAAAAGTGAGAGT 22 15 0 CCTAAATACTTAACTTATTAATATTGTTAAATC 3 10 1 TATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT 8 23 1 AACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAA 21 130 1 TAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA 21 55 1 ATTCATTCCTAATGCAAAAATTAAAACTTGATT 20 12 1 TACAAAATAATAATCACCCCTAAAAA 3 140 0 ATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGC 17 30 1 ATAATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAA 7 39 1 GCTATAATAAAATTGATTTAACAATATTAATAA 3 24 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATT 9 0 1 AATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGG 18 12 1 AATACTATCATATAAAATTATTAATGATAATGT 7 59 0 ATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAA 19 17 1 AAAAAAGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTA 3 37 0 AGAATAAGTATATTCTTTAAAGAAGTATTATTG 2 34 1 AAATATTAACAAAGTTAATATCAAGAATTAAAA 3 98 0 TTGTAAAATTTTTGATATTAAAAATTTATTTTA 2 92 1 CTCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTA 5 50 0 TTGGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAA 7 111 1 TTCCATAATATAATATTTTAAAACT 20 49 1 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTA 19 1 1 TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAA 9 14 0 TTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGAT 17 56 1 *** ****** * MAP Score: 40.0622 Motif 2 TAAAAATTTATTTTATGCTTTTTTAAAGTTTTGTTTG 2 110 1 TTATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTT 3 47 1 TTTTTTAATATTGTAAAATTTTTGATATTAAAAATTT 2 82 1 TGGTTGTATTATTTCTAATAGTTGAGAATA 2 3 1 TCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA 9 3 0 TATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAA 17 16 0 TAAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCAT 21 17 1 ACAAACATCATTATACAACTTATTTTATAATTTTAAT 21 81 1 TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTA 8 3 1 AATACTTAACTTATTAATATTGTTAAATCAATTTTAT 3 14 1 ATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTAT 22 13 1 AAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCT 3 71 1 AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAA 20 44 0 ATTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGA 10 15 0 TATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACCTAGA 21 101 1 CCTTTACTCTTTAAATACCTATTATAAGCATAACTTT 7 116 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGATTT 5 10 1 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTA 18 4 1 AACGAGCTGATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGG 4 29 1 TTGTGCCAACTTGATATGTTTTTTAATATTGTAAAAT 2 64 1 AAGTGTTAGGTTATTATTTTTATCTTATATGATAAGG 2 152 1 AATTCAACCTCTTAATAATTTAAGTTTTA 8 26 0 ACTTTTCCTTTTGTATTCATTTAAATTCCTTTT 1 6 0 ATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTA 3 88 1 TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGTTAG 14 5 1 ATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 19 10 0 TATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAA 7 80 1 AATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAATAT 22 30 1 ATAATACTTCTTTAAAGAATATACTTATTCTCAACTA 2 28 0 GTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT 21 130 0 TTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTAGGGGTGATT 3 118 1 ** ** ** * *** MAP Score: 31.6399 Motif 3 AAAAGGAATTTAAATGAATACAAAA 1 1 1 TTCTCAACTATTAGAAATAATACAACCA 2 4 0 ATTTTTAATATCAAAAATTTTACAATATTAAAAA 2 83 0 AAAGCATAAAATAAATTTTTAATATCAAAAATTT 2 97 0 AACAAAACTTTAAAAAAGCATAAAATAAATTTTT 2 111 0 TAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTAAGTA 3 16 0 AAAAAAGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTAA 3 36 0 TTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTT 3 50 1 TTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTA 3 64 1 ATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATGT 3 78 0 GTATAAATATTAACAAAGTTAATATCAAGAATTA 3 101 0 TCACCCCTAAAAAGTAAAGTATAAATATTAACAA 3 119 0 TCGTTTATTCTAACATATTATATA 4 0 0 AAAAAAGAATAAATAATTGTTAAATCAGCTCGTT 4 29 0 TACTTATTATTAATTAATAAAAAACACTGACC 5 8 0 GGATTTTATAAAAATCTACTTATTATTAATTAAT 5 24 0 ATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTATAAAAATCT 5 41 0 AATGATAATGTTAAATATATTACACCATTATGTT 7 36 0 ACTATCATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAA 7 55 0 CTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAAATTAATACT 7 86 0 TTTGGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAA 7 110 1 AATCCCCTTTACTCTTTAAATACCTATTATAA 7 126 0 ATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 8 4 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAA 9 7 1 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATG 10 10 1 ATACTAAAAAAACAATCTTAGA 11 0 0 TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGGT 13 3 1 AACCTAACTCAATTTACACTACTAGAAA 14 17 0 AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 17 6 0 AAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 17 26 0 TTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGAT 17 55 1 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACA 18 1 1 TACTTTTTCATTATAATTCTTATT 19 0 0 AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAA 20 44 0 TCCTCCTTAAAACCAAATTATAGCTCTTTTTT 21 8 1 CTGCCTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTAT 21 29 0 CTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAA 21 91 0 AAACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAA 21 129 1 AAATATAATTTAAGAATTAAAAAAAGTGAGAGTA 22 14 0 GTATTATAATATATAAATATAATTTAAGAATTAA 22 28 0 *** *** *** * MAP Score: 2.8701