AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237061
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0040	187	chemotaxis protein methyltransferase (cheR-1)
#1	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#2	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#3	BB0414	248	chemotaxis protein methyltransferase (cheR-2)
#4	BB0415	32	protein-glutamate methylesterase (cheB-1)
#5	BB0420	300	sensory transduction histidine kinase, putative
#6	BB0551	220	chemotaxis response regulator (cheY-1)
#7	BB0565	207	purine-binding chemotaxis protein (cheW-2)
#8	BB0568	64	protein-glutamate methylesterase (cheB-2)
#9	BB0570	40	chemotaxis response regulator (cheY-2)
#10	BB0578	252	methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1)
#11	BB0596_BB0597	268	BB0596: methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-2), BB0597: methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-3)
#12	BB0605	70	serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase (dacA)
#13	BB0665	42	B. burgdorferi predicted coding region BB0665
#14	BB0668	70	flagellar filament outer layer protein (flaA)
#15	BB0669	67	chemotaxis histidine kinase (cheA-2)
#16	BB0672	39	chemotaxis response regulator (cheY-3)
#17	BB0680	157	methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-4)
#18	BB0681	21	methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-5)
#19	BB0767	148	UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG)

Motif 1
TTAAATTAAATTTAATATAAAAAAGTTAAC	7	11	0
         ATTTAATTTAAAATTAGTTTT	10	1	1
TTTAATTTAATTTAATTTAAAACTAATTTT	10	19	0
CCTCATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAA	10	29	0
AATATATAATTTTAATATTACAAC      	12	56	1
TTATATTAAATTTAATTTAACCTACAACTT	7	21	1
ATTGTGTATATTTATTTTTACACAGTGGTA	5	244	1
AAGGTTTTTGTTTATTTTAATTTATTTGCA	3	88	0
TATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGGTT	3	124	0
ACCTAAGAGATTTATTATAAATAGGCAATA	3	190	1
TTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTG	19	80	0
TAATATCAAGATTAATATTACCTCATATAT	7	146	0
  TATTATATTTTAATATTTTTAACCTTTA	8	46	0
AAAGAATATGTTAAATTTTACCCT      	6	4	0
AAATTGTAAAATTAATATAAGTAATTTTAT	3	139	0
      TAAATTAAATTTTACTAATAAAAA	14	4	1
AGCTTTACATATTAATTTAAAC        	15	2	0
TTTTGGTAAATTAAATTTTATTAACTTCTA	7	102	1
        AATTTATTTTTTGTAAAAGAG 	18	2	1
TAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAA	6	21	1
TTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATA	6	121	0
TTCAAAGTAATTAATTTTTACCATTTAAAT	10	115	1
AAATAATTATTTTATTATTTAGCTACATGC	11	160	1
TTCTACATGTTTTATTATATAATTATATAT	11	190	0
       ATGATTATTATAATTTAATTATA	13	3	1
TTATTATAATTTAATTATAAGGATTTTAAA	13	14	1
ATTATAAACTATTATTATTAACTG      	17	4	0
TCGTTTTTTAATTATTTTTATTAGTAAAAT	14	18	0
ACTATTTCCTATTATTTTAATATGTAAAGC	15	45	0
TGAAAATTCTTTTATTTTTTTGAGAGTTTT	17	49	1
AGATGAAAGCTTAAATTTATTTCAAAGTAA	10	95	1
CTCTCCAAACATAAATATTAGTATGATTAA	11	15	1
TTTTAAAACATTAAATTTTTAGTATTCTAC	11	214	0
AATTCTATCTTATAATTTAAGGTAGAAAGT	7	47	0
AATAAAAAACATAATTTTAACAGAATTCTA	7	70	0
AAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAA	6	180	1
TTACTTTGTAATAAATTTTTTCACATTTTA	19	96	0
TAAGCATACTAATAATTTAACTACTAAATT	0	28	1
AAATAATAAAATAATTATTTGCAAATATTT	11	150	0
TCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAAT	6	160	1
ATAAACAAAAAATATTTTTACATTTAAATG	10	136	0
ATTAAAATTATATATTATTTATTGATTGTT	12	42	0
ATAGAACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGT	0	118	1
TTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGAT	0	58	0
TTAATGTTTTAAAAATTTTATGAAAAAACA	11	230	1
          **********
MAP Score: 51.2493