AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237087 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0040 187 chemotaxis protein methyltransferase (cheR-1) #1 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #2 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #3 BB0414 248 chemotaxis protein methyltransferase (cheR-2) #4 BB0415 32 protein-glutamate methylesterase (cheB-1) #5 BB0420 300 sensory transduction histidine kinase, putative #6 BB0551 220 chemotaxis response regulator (cheY-1) #7 BB0565 207 purine-binding chemotaxis protein (cheW-2) #8 BB0568 64 protein-glutamate methylesterase (cheB-2) #9 BB0570 40 chemotaxis response regulator (cheY-2) #10 BB0577 115 B. burgdorferi predicted coding region BB0577 #11 BB0578 252 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1) #12 BB0596_BB0597 268 BB0596: methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-2), BB0597: methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-3) #13 BB0605 70 serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase (dacA) #14 BB0665 42 B. burgdorferi predicted coding region BB0665 #15 BB0668 70 flagellar filament outer layer protein (flaA) #16 BB0669 67 chemotaxis histidine kinase (cheA-2) #17 BB0672 39 chemotaxis response regulator (cheY-3) #18 BB0677 242 ribose/galactose ABC transporter, ATP-binding protein (mglA) #19 BB0680 157 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-4) #20 BB0681 21 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-5) #21 BB0767 148 UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG) #22 BB0770 50 conserved hypothetical protein #23 BB0771 300 RNA polymerase sigma factor (rpoS) Motif 1 ATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATAT 21 82 0 TTTGCTGTAAATTTTTTTTTGATACCCTTT 19 85 1 TATTGTGTATATTTATTTTTACACAGTGGT 5 243 1 AATTTATTTTTTGTAAAAGAG 20 1 1 AATATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGG 3 126 0 AAATCAAAATATTTTATTATATACTAATTA 10 21 0 TAAAATTTGTATTTTATTATATTTATATAA 10 57 1 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1 TGCTAATATCAAGATTAATATTACCTCATATATTGATA 7 141 0 TAAGCATACTAATAATTTAACTACTAAATTATCACAAT 0 28 1 TTTAAAGGTTAAAAATATTAAAATATAATA 8 44 1 ATCACAATTGAAAAATTATTGCAATTGAAATATCTAAC 0 58 1 AATAGCATTTTAAATTTTAATAAACAAAATAAATTATC 18 123 0 GATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAA 21 73 1 GATGAAAGCTTAAATTTATTTCAAAGTAATTAATTTTT 11 96 1 TTAATATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGGTTTATA 3 120 0 GCTATTATATAAATATAATAAAATACAAATTTTATTAA 10 53 0 AATTTAAAATTAGTTTTAAATTAAATTAAATTAAATTA 11 14 1 TCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAATTATATTTT 6 160 1 ATGATTATTATAATTTAATTATAAGGAT 14 0 1 AGAAGTTAATAAAATTTAATTTACCAAAAACAATAAAA 7 93 0 AAATTTTATAAAAGATTTATATATATAAGGAG 15 48 1 TTTATTAGCAATTAATTTTTATAGATAATTTATTTTGT 18 100 1 AGAAATCAAAATATTTTATTATATACTAATTATAATTA 10 15 0 ACTTTCTACCTTAAATTATAAGATAGAATTCTGTTAAA 7 47 1 AATTTATTTTTTGTAAAAGAG 20 2 1 TTTGAATTATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAATTA 23 132 0 AGAGCAAATTAATGTTAAAATAAAAGAATAAATAAATT 18 28 0 TATGTTTGATATTTATATTAGGATTAAAGCTTG 18 219 1 AAAAGAATAAATAAATTATTACAAAAGAGAGTATT 18 7 0 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