AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237108
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0136	129	penicillin-binding protein (pbp-1)
#1	BB0154	61	preprotein translocase subunit (secA)
#2	BB0201	271	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase (murE)
#3	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#4	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#5	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#6	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#7	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#8	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#9	BB0584	153	conserved hypothetical integral membrane protein
#10	BB0585	29	UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (murD)
#11	BB0598	51	UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase (murB)
#12	BB0714	300	B. burgdorferi predicted coding region BB0714
#13	BB0767	148	UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG)
#14	BB0813	74	B. burgdorferi predicted coding region BB0813
#15	BB0814	77	pantothenate permease (panF)

Motif 1
TTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT        	2	253	1
TGTAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATAT	13	84	0
TGCCATCATCTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAA	12	213	0
TTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG   	7	7	0
ATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAA	15	37	1
TAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTT	8	13	0
AGTTGGCAGGTTTGATATAATTTTATT         	10	12	1
  ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAAT	2	8	1
ACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGAT	15	21	1
AGTAATTTACTTTTTCAGAATATAATAACATATAAT	0	29	1
TTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTTTGT	14	34	1
AATATATTGCAATATCAGTATTTCCTTTGTACCAAG	13	53	0
ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTG	6	26	1
ATTTTGGACCTCTTAAATTATTTTATGACTATATGA	0	101	0
          ATTTTTATATTATTATTTAAAATGAC	1	0	1
AAATAAAAAATTATTCATTTTTTTTTGCATCTATAT	0	66	0
TTTTTGCATCTATATTATTATATGTTATTATATTCT	0	45	0
CTTAATAATAAATTAGATTTTTTATTTTTTCAATTT	11	20	0
ATATCAATAATGTATCAAGTTTTACTAATTA     	15	5	0
TAAGATCAAGTCAAAAATATTTTTATACTTAAGGAC	2	56	0
TATTTAGTGTTAATAAAGATTTTAATAATCTTGGTG	9	28	1
    ATAAAAAAATTAAGATTTTTGTAAAGACAAAT	9	131	0
ATTTATCAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAA	6	57	0
AAAATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTATTGAAGC	2	192	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA	6	6	1
ATATATTATATAATATACATTATATTTGAATTTATA	14	15	1
          * * * * *****  *
MAP Score: 29.4123

Motif 2
CTTAGTTTATTAAAAAAATAGAAAATTGTA	2	178	1
TTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGA	12	214	1
AATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGT	15	28	0
TTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAA	11	14	1
TGTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGACTT	2	55	1
CTATATGAAATAAAAAATTATTCATTTTTT	0	79	0
TAATAACATATAATAATATAGATGCAAAAA	0	51	1
TCATTTTAAATAATAATATAAAAAT     	1	5	0
CATTTTATTTTAATAATATATTGCAATATC	13	73	0
TTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGATCTA	12	200	0
AAAGATAAATTAAAATAATACATAT     	2	5	0
         ATAAAAAAATTAAGATTTTTG	9	142	0
ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTAT	11	31	0
TATTATATTCTGAAAAAGTAAATTACTATA	0	26	0
AGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTG	8	14	1
TAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGAGGTA	15	52	1
ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATAT	6	26	1
        AATAAAATTATATCAAACCTGC	10	17	0
AATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTATTG	2	194	1
AAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACAAAG	13	93	1
TTTCAGAATATAATAACATATAATAATATA	0	41	1
TTTCATATAGTCATAAAATAATTTAAGAGG	0	99	1
TTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACAC	6	13	0
CCACCAAGATTATTAAAATCTTTATTAACA	9	35	0
TAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT      	2	257	1
CAAAAGGACATCAAAATTTATAAATTCAAA	14	39	0
GATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGA	13	18	0
ATAAAACTAATAAAAATAGCTAAGAAATTC	2	236	0
          **********
MAP Score: 27.6116

Motif 3
AAGGAAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATA	13	62	1
AAATTATGCTTCAATAGAAAATATATTTACAATTTT	2	199	0
TATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATT	6	21	1
TATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTT	6	40	0
AAAATCTTTATTAACACTAAATATATCACGCTATCC	9	15	0
AGTTATGTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGACTTG	2	50	1
TAAAGTCATTTTAAATAATAATATAAAAAT      	1	4	0
AATAAAGCATTTACTTTGTAATAAATTTTTTCACAT	13	100	0
ATAATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGAT	14	24	1
AGCTCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGA	12	99	1
ATCTATATTATTATATGTTATTATATTCTGAAAAAG	0	38	0
AATATAATGTATATTATATAATATATATTAT     	14	5	0
AAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTA	15	27	0
TATGACTATATGAAATAAAAAATTATTCATTTTTTT	0	78	0
   ACATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTA	11	7	1
        ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTA	13	2	1
AAAATAGCTAAGAAATTCAAAATTATGCTTCAATAG	2	218	0
TTTCATATAGTCATAAAATAATTTAAGAGGTCCAAA	0	99	1
TTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTATTATTAAGTAC	11	23	1
TTTATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT        	13	130	1
TTTTTATTAAAGATAAATTAAAATAATACATAT   	2	7	0
AGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAA	8	14	1
ATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTG	13	80	0
TTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT       	2	252	1
ATATAATAATATAGATGCAAAAAAAAATGAATAATT	0	58	1
          * *  *   *******
MAP Score: 23.8062

Motif 4
ACCCTCTGCTATATAGTAATTTACTTTTTCAGA	0	15	1
CTTTTTCAGAATATAATAACATATAATAATATA	0	38	1
TGACTATATGAAATAAAAAATTATTCATTTTTT	0	79	0
TCATATAGTCATAAAATAATTTAAGAGGTCCAA	0	101	1
TCATTTTAAATAATAATATAAAAAT        	1	2	0
TAAAGATAAATTAAAATAATACATAT       	2	3	0
AAATTTTACATAAAACTAATAAAAATAGCTAAG	2	242	0
TTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT	6	28	1
TATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCT	6	53	1
AATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA	8	16	1
          ATAAAAAAATTAAGATTTTTGTA	9	140	0
        AATAAAATTATATCAAACCTGCCAA	10	14	0
CTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT	11	16	1
   ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTAT	11	31	0
TTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGG	12	214	1
TGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTG	13	72	1
     ATAATATATATTATATAATATACATTAT	14	5	1
AATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATC	15	25	0
TTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGAGGTAGG	15	51	1
          ***** *** * *
MAP Score: 10.3814