AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237134 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0136 129 penicillin-binding protein (pbp-1) #1 BB0154 61 preprotein translocase subunit (secA) #2 BB0201 271 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase (murE) #3 BB0301 35 cell division protein (divIB) #4 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #5 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #6 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #7 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #8 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #9 BB0583 118 conserved hypothetical integral membrane protein #10 BB0584 153 conserved hypothetical integral membrane protein #11 BB0585 29 UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (murD) #12 BB0598 51 UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase (murB) #13 BB0714 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0714 #14 BB0767 148 UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG) #15 BB0770 50 conserved hypothetical protein #16 BB0771 300 RNA polymerase sigma factor (rpoS) #17 BB0813 74 B. burgdorferi predicted coding region BB0813 #18 BB0814 77 pantothenate permease (panF) Motif 1 ACATTAAAATTTTACATAAAACTAATAA 2 253 0 CTTAACAAAGATCAAAATTTGCTAAACGGAGGCCAA 16 14 1 TTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGGCA 13 213 1 ATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACA 14 84 1 AAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA 8 13 1 AATAAAATTATATCAAACCTGCCAACT 11 12 0 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAA 7 7 1 GTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGACTTGATCTTA 2 56 1 CACCAAGATTATTAAAATCTTTATTAACACTAAATA 10 28 0 TAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGGGGAGAA 16 262 1 GGCCAAGTAGAAGAAATTTTTGAAGATATGCTTTGC 16 44 1 TCATATAGTCATAAAATAATTTAAGAGGTCCAAAAT 0 101 1 CAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 6 26 0 TTAAAGATAAATTAAAATAATACATAT 2 1 0 GAACCGGCGAATCAAAGTTTTGCAGACTTCTCCCTT 2 111 1 ATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATCAAGT 18 21 0 ACAAAAGGACATCAAAATTTATAAATTCAAATATAA 17 34 0 ATTATATGTTATTATATTCTGAAAAAGTAAATTACT 0 29 0 ATTATTTAATTATAATATATTTTAGTATAATTAA 9 8 1 TGCTTAGTTTATTAAAAAAATAGAAAATTGTAAATA 2 176 1 TCTAGATTGGATTAAATTTAGTTAAAAGTAATAAAT 9 69 1 TTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGAAAATTACCGC 13 31 1 ATATAGATGCAAAAAAAAATGAATAATTTTTTATTT 0 66 1 TTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATAT 18 37 0 TTTTATTTTAATAATATATTGCAATATCAGTATTTC 14 65 0 TATAAATTCAAATATAATGTATATTATATAATATAT 17 15 0 GTCATTTTAAATAATAATATAAAAAT 1 0 0 AAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTATTATTAAG 12 20 1 AGAATATAATAACATATAATAATATAGATGCAAAAA 0 45 1 ** ***** * * * MAP Score: 31.5907 Motif 2 TTTTTATTTCATATAGTCATAAAATAATTTAAGAG 0 93 1 TGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAA 14 72 1 ACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCCCT 16 148 1 TTAAAAAAATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTAT 2 187 1 TTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 6 7 0 TCATTTTAAATAATAATATAAAAAT 1 0 0 TCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATAT 18 37 0 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGT 8 8 1 AAATTTTACATAAAACTAATAAAAATAGCTAAGAA 2 240 0 TAAATTTAGTTAAAAGTAATAAATAAAGGAGACTG 9 81 1 ACATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCT 12 7 1 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGG 7 10 1 AAAAAAATTAAGATTTTTGTAAAGACAAATACCGG 10 126 0 ATATAATAACATATAATAATATAGATGCAAAAAAA 0 48 1 ATCAAGTCAAAAATATTTTTATACTTAAGGACATA 2 53 0 TATAATTAATAGTTAATTCTAAATATATGTATATT 9 35 1 TCTTGCCTGTATTTATTGCTAAATAAGCGGTGAGC 13 100 0 ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTA 12 32 0 ATATGTTATTATATTCTGAAAAAGTAAATTACTAT 0 27 0 GGTAGGTATTAATTCTCCTAAATAATTGACTTAA 1 37 0 ATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAG 6 34 0 AATTAACTATTAATTATACTAAAATATATTATAAT 9 18 0 AACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAAC 16 207 0 TTGCATGGAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACA 16 243 1 ATCAAAATTTATAAATTCAAATATAATGTATATTA 17 25 0 TTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACAAA 14 87 1 CTAAAATATATTATAATTAAATAAT 9 0 0 TTTATTAAAGATAAATTAAAATAATACATAT 2 6 0 GGAATTGCTTTCAAATTAGTATAATCAGAATGAAT 10 72 0 AGAAATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATG 14 20 0 AATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 17 6 0 AACATTGCTTAGTTTATTAAAAAAATAGAAAATTG 2 171 1 * *** * **** * MAP Score: 29.3516 Motif 3 TACAATTTTCTATTTTTTTAATAAACTAAG 2 178 0 ACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATT 18 28 1 TCATCTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAA 13 214 0 AAAAAATGAATAATTTTTTATTTCATATAG 0 79 1 AAGTCAAAAATATTTTTATACTTAAGGACA 2 55 0 TTAGGGGGAGTATTTTTTGAATTATTTACT 16 155 0 TTAGATTTTTTATTTTTTCAATTTTGAGAA 12 14 0 GATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATG 14 73 1 TTTTTGCATCTATATTATTATATGTTATTA 0 51 0 ATTTTTATATTATTATTTAAAATGA 1 5 1 AAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCA 6 41 1 TACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTA 18 52 0 ACAAAAATCTTAATTTTTTTAT 10 141 1 ATAAAAAATCTAATTTATTATTAAGTACGT 12 31 1 TACTTTGTAATAAATTTTTTCACATTTTAT 14 95 0 TAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCC 6 11 0 TTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTTTG 17 39 1 ATATTGTGATTAAGTTTTTACTACTTAATT 16 252 0 ATTTCTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGT 2 238 1 CCTCTTAAATTATTTTATGACTATATGAAA 0 99 0 TCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATC 14 18 1 CAATAGAAAATATATTTACAATTTTCTATT 2 194 0 AGAATATACATATATTTAGAATTAACTATT 9 42 0 AGTTATTATATTTTCTCCCCTTTCTT 16 284 0 TATATTATTATATGTTATTATATTCTGAAA 0 41 0 AGGTTTGATATAATTTTATT 11 19 1 ATATGTATTATTTTAATTTATCTTT 2 5 1 AAAAAATTATTCATTTTTTTTTGCATCTAT 0 68 0 ATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 6 26 0 GATAGCGTGATATATTTAGTGTTAATAAAG 10 16 1 TAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT 2 257 1 TACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGAT 7 17 0 TAGATTGGATTAAATTTAGTTAAAAGTAAT 9 71 1 ********** MAP Score: 28.1605 Motif 4 AAAAATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTATTGAA 2 191 1 GGAAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAA 14 64 1 CAAAATTTATAAATTCAAATATAATGTATATTATA 17 23 0 CTATATTATTATATGTTATTATATTCTGAAAAAGT 0 37 0 TAAAGCATTTACTTTGTAATAAATTTTTTCACATT 14 99 0 ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTA 12 32 0 TTATGTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGACTTGA 2 52 1 TAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTT 6 23 1 ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAA 14 4 1 TGTATATTCTAGATTGGATTAAATTTAGTTAAAAG 9 62 1 AAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGC 14 79 0 TATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT 2 254 1 ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAA 2 2 1 TATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTA 6 39 0 AAGTCATTTTAAATAATAATATAAAAAT 1 3 0 GTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTT 16 207 1 ATACTAAAATATATTATAATTAAATAAT 9 3 0 TGACTATATGAAATAAAAAATTATTCATTTTTTTT 0 77 0 GAATTTTGGACCTCTTAAATTATTTTATGACTAT 0 105 0 CTCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGAT 13 101 1 TTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATA 18 32 0 ATTTTAATTTATCTTTAATAAAAATGCTTTAAGTT 2 19 1 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTAT 8 0 1 CATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATT 12 11 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTT 17 7 1 GTTTTAAACTAAATAGGATATAATTTTGAGTTTAG 16 181 0 ACAGTTGGCAGGTTTGATATAATTTTATT 11 9 1 ATTTAGTGTTAATAAAGATTTTAATAATCTTGGTG 10 29 1 ATAATAATATAGATGCAAAAAAAAATGAATAATTT 0 60 1 TATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT 14 132 1 AATTTTACATAAAACTAATAAAAATAGCTAAGAAA 2 239 0 ATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATAC 16 141 1 * * ******** MAP Score: 27.1238 Motif 5 TTATTATATGTTATTATATTCTGAAAAAGTAAATTACTAT 0 27 0 TGAAGCATAATTTTGAATTTCTTAGCTATTTTTATTAGTT 2 222 1 GTAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGC 14 79 0 ATTTTTTGAATTATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAAT 16 134 0 ATTATTTAATTATAATATATTTTAGTATAAT 9 1 1 ATTTACAATTTTCTATTTTTTTAATAAACTAAGCAATGTT 2 171 0 ATTTTTATATTATTATTTAAAATGACTTTAA 1 1 1 TATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGA 18 38 1 TTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 6 4 0 AAATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTATTGAAGCATAAT 2 193 1 TTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 7 2 0 ATCATCTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCG 13 205 0 TTATTCATTTTTTTTTGCATCTATATTATTATATGTTATT 0 52 0 AGATTTTTTATTTTTTCAATTTTGAGAAATGT 12 2 0 TTAAATTATTTTATGACTATATGAAATAAAAAATTATTCA 0 85 0 AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTA 6 25 1 TTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT 2 243 1 TCTCCTTTATTTATTACTTTTAACTAAATTTAATCCAATC 9 73 0 TTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 8 0 0 ATGCTTTAAGTTATGTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGA 2 42 1 TACCAAGAAATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATG 14 20 0 TCCACCAAGATTATTAAAATCTTTATTAACACTAAATATA 10 26 0 TATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAATGCTTTAA 2 11 1 GACATCAAAATTTATAAATTCAAATATAATGTATATTATA 17 23 0 ** * * ** * ** * MAP Score: 23.628 Motif 6 TTACTTTTTCAGAATATAATAACATATAATAATATAGATGCAA 0 35 1 TTTTATGACTATATGAAATAAAAAATTATTCATTTTTTTTTGC 0 74 0 ACTTAAAGTCATTTTAAATAATAATATAAAAAT 1 0 0 CTTTAAGTCAATTATTTAGGAGAATTAATACCTACC 1 35 1 CATTTTTATTAAAGATAAATTAAAATAATACATAT 2 2 0 TAGTTTATTAAAAAAATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTATT 2 180 1 ACTAATAAAAATAGCTAAGAAATTCAAAATTATGCTTCAATAG 2 218 0 ACATTAAAATTTTACATAAAACTAATAAAAATA 2 248 0 AACCTAACTCAATTTACACTACTAGAAAAATCTAA 3 2 0 AATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACA 6 14 0 CAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATA 6 44 0 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGT 8 0 1 TAATTATACTAAAATATATTATAATTAAATAAT 9 0 0 TAGTATAATTAATAGTTAATTCTAAATATATGTATATTCTAGA 9 32 1 AGTCTCCTTTATTTATTACTTTTAACTAAATTTAATCCAATCT 9 72 0 TGAATTCTAGATCCACCAAGATTATTAAAATCTTTATTAACAC 10 34 0 ACCGGAACCTACAATAAAGCAAAAGGAATTGCTTTCAAATTAG 10 88 0 ACATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTATTAT 12 9 1 ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAAT 14 4 1 TATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAA 14 83 1 AACTCTTAACAAAGATCAAAATTTGCTAAACGGA 16 1 1 CTTTGTTCGCAAAGCATATCTTCAAAAATTTCTTCTACTTGGC 16 45 0 ATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCCCTA 16 141 1 AATATTCAAGAAAGGGGAGAAAATATAATAACT 16 277 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTTGAA 17 2 1 AACCTTAACAAAAGGACATCAAAATTTATAAATTCAAATATAA 17 34 0 TTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTA 18 27 0 * * * * * **** * MAP Score: 21.6864 Motif 7 TATATTATTATATGTTATTATATTCTGAAAAAGT 0 37 0 ATGCAAAAAAAAATGAATAATTTTTTATTTCATA 0 72 1 ATTTTTATATTATTATTTAAAATG 1 0 1 TATATTATTATTTAAAATGACTTTAAGTCAATTA 1 15 1 GGTAGGTATTAATTCTCCTAAATAATTGAC 1 41 0 ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATA 2 5 1 CAAGTCAAAAATATTTTTATACTTAAGGACATAA 2 52 0 ATTTTCTATTTTTTTAATAAACTAAGCAATGTTA 2 170 0 AGAAAATATATTTACAATTTTCTATTTTTTTAAT 2 186 0 CTATTGAAGCATAATTTTGAATTTCTTAGCTATT 2 218 1 TTTCTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTAAAAT 2 239 1 ACATTAAAATTTTACATAAAACTAATAA 2 253 0 AAGATTTTAGAATGAGGTTTGA 4 5 1 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTT 6 6 1 TGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATC 6 36 1 AAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 7 6 0 TACTTTTTCATTATAATTCTTATT 8 0 0 ACTAAAATATATTATAATTAAATAAT 9 2 0 TATACATATATTTAGAATTAACTATTAATTATAC 9 34 0 AATTCTAAATATATGTATATTCTAGATTGGATTA 9 49 1 TATATTCTAGATTGGATTAAATTTAGTTAAAAGT 9 64 1 ACAGTCTCCTTTATTTATTACTTTTAACTAAATT 9 83 0 GTTAATAAAGATTTTAATAATCTTGGTGGATCTA 10 36 1 AGCAAAAGGAATTGCTTTCAAATTAGTATAATCA 10 80 0 AGCAATTCCTTTTGCTTTATTGTAGGTTCCGGTA 10 98 1 ATAAAAAAATTAAGATTTTTGTAAAGACAAATA 10 130 0 AGTTGGCAGGTTTGATATAATTTTATT 11 12 1 TTAGATTTTTTATTTTTTCAATTTTGAGAAATGT 12 10 0 ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTAT 12 31 0 TGTCAGCTTAATTTCATTGACCTAAAAGAGAGTT 13 272 1 GATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATTT 14 14 0 AAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAA 14 66 1 CTTTGTAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAAT 14 89 0 CAATAAAGCATTTACTTTGTAATAAATTTTTTCA 14 103 0 GCATATCTTCAAAAATTTCTTCTACTTGGCCTCC 16 41 0 CGGCAAGGCCAAAGCTTTGAGCTTGTGCCATTTG 16 95 0 GCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGTA 16 125 1 GGGGAGTATTTTTTGAATTATTTACTTTTTTGTA 16 147 0 TAAATAGGATATAATTTTGAGTTTAGGGGGAGTA 16 173 0 TTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTTT 16 209 1 ATGTATATTATATAATATATATTAT 17 1 0 TATTATATAATATACATTATATTTGAATTTATAA 17 18 1 AAATAAAAAAATATCAATAATGTATCAAGTTTTA 18 17 0 TTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAA 18 40 1 **** *** * ** MAP Score: 1.79304 Motif 8 ATAATAACATATAATAATATAGATGCAAAA 0 50 1 ATATAGATGCAAAAAAAAATGAATAATTTT 0 66 1 AAAAAAATGAATAATTTTTTATTTCATATA 0 78 1 TCATATAGTCATAAAATAATTTAAGAGGTC 0 101 1 TTTAAATAATAATATAAAAAT 1 1 0 ATAAATTAAAATAATACATAT 2 1 0 TTTATTAAAGATAAATTAAAATAATACATA 2 11 0 GTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGACTTG 2 56 1 CTATTTTTTTAATAAACTAAGCAATGTTAC 2 169 0 TTCAATAGAAAATATATTTACAATTTTCTA 2 196 0 AAAATTTTACATAAAACTAATAAAAATAGC 2 246 0 AGTTTTATGTAAAATTTTAATGT 2 258 1 ACACTACTAGAAAAATCTAA 3 0 0 GGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA 6 12 1 ATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTT 6 30 1 GATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTT 6 40 0 CAAATTAATCAAATTGTTATAAA 7 3 1 CTTTTTCATTATAATTCTTATT 8 2 0 ATTATTTAATTATAATATAT 9 0 1 TTATTTAATTATAATATATTTTAGTATAAT 9 11 1 AGTTAAAAGTAATAAATAAAGGAGACTGTA 9 88 1 ATTCATTCTGATTATACTAATTTGAAAGCA 10 72 1 ATAAAAAAATTAAGATTTTTGTA 10 140 0 AATAAAATTATATCAAACCTGCC 11 16 0 CAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTA 12 18 1 ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTA 12 32 0 TTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGAT 13 215 1 CTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAA 14 71 1 ATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAAT 14 82 1 ATAAAATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTA 14 95 1 AAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCC 16 150 1 CCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGT 16 179 1 GAAAGGGGAGAAAATATAATAACT 16 286 1 ATAATATATATTATATAATA 17 0 1 TATATTATATAATATACATTATATTTGAAT 17 16 1 AAAGGACATCAAAATTTATAAATTCAAATA 17 37 0 ATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTA 18 27 0 ********** MAP Score: 0.210346