AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237158 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0431 108 conserved hypothetical protein #1 BB0434 118 stage 0 sporulation protein J (spo0J) #2 BB0724 87 K+ transport protein (ntpJ) #3 BB0836 114 excinuclease ABC, subunit B (uvrB) #4 BBH26 300 B. burgdorferi predicted coding region BBH26 #5 BBE21 300 conserved hypothetical protein #6 BBG06 300 conserved hypothetical protein #7 BBJ19 300 conserved hypothetical protein #8 BBK23 300 B. burgdorferi predicted coding region BBK23 #9 BBI19 101 conserved hypothetical protein #10 BBA18 296 conserved hypothetical protein #11 BBA19 47 conserved hypothetical protein #12 BBB10 121 conserved hypothetical protein #13 BBD21 300 conserved hypothetical protein #14 BBF14 300 conserved hypothetical protein #15 BBF25 21 conserved hypothetical protein #16 BBF26 300 conserved hypothetical protein Motif 1 AAATTATAGTATATAAAATAATAAATTTCAA 8 239 0 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 126 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 147 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 168 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 189 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 210 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 231 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTG 13 252 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAAAAGGAA 13 273 1 TATTATAATTATAAAAAATAATGAGTGCTAA 6 148 0 CAATTTAAGAATAAAAAAAAAGAATGTTCCA 1 44 0 GTATTTTTATATAAAAAATAAAAAAAAGTAT 10 203 0 TATATCATCTATAAATAATAAAAAATATTAA 7 207 1 GAATAGAATAATAAATAACAACCAGGGTGTA 8 74 0 ATAAAATATAATAAATAATAAACTTATATTA 10 124 0 CCCTATTTAAATATAATAAAAGAATGATAAA 5 68 1 GTGGTTTAAAATAAAATAAAAAGACTATAGG 4 141 0 TCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA 3 7 0 TTGCTTCTCAATAAATTAAAAAAATAGAGAA 7 100 1 AAGGATAAATAAATAAAATAATCTAAATTCT 10 20 1 ATACTTTTATAAAAAAATCATAAAAAT 9 84 0 ACCAATTCTGATATAAATCAAAACAATATTT 14 100 1 GAAAAAATTCATAAAAATTAAATATTGAGAG 6 222 1 ATTAAAAATTATAAAAATAAATTCTTAATTT 4 22 1 TAAAAAAATCATAAAAATTAATAATTTATTG 9 71 0 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