AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237178 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0430 113 proline dipeptidase (pepQ) #1 BB0431 108 conserved hypothetical protein #2 BB0434 118 stage 0 sporulation protein J (spo0J) #3 BB0436 172 DNA gyrase, subunit B (gyrB) #4 BB0724 87 K+ transport protein (ntpJ) #5 BB0836 114 excinuclease ABC, subunit B (uvrB) #6 BBH26 300 B. burgdorferi predicted coding region BBH26 #7 BBE21 300 conserved hypothetical protein #8 BBG06 300 conserved hypothetical protein #9 BBJ19 300 conserved hypothetical protein #10 BBK23 300 B. burgdorferi predicted coding region BBK23 #11 BBI19 101 conserved hypothetical protein #12 BBA18 296 conserved hypothetical protein #13 BBA19 47 conserved hypothetical protein #14 BBB09 159 B. burgdorferi predicted coding region BBB09 #15 BBB10 121 conserved hypothetical protein #16 BBD21 300 conserved hypothetical protein #17 BBF14 300 conserved hypothetical protein #18 BBF25 21 conserved hypothetical protein #19 BBF26 300 conserved hypothetical protein Motif 1 ATAAAAAATTTTTATTTTTTAGTGATAAACT 7 263 1 ATTTTTACGCTTTAATTTTTATTTAAAATAG 12 83 0 TATACTTTTTTTTATTTTTTATATAAAAATA 12 202 1 ACTCTCAATATTTAATTTTTATGAATTTTTT 8 223 0 ATAAAAATACTTTACTTTTTTAAGAAACTGT 12 224 1 CCAACAAAACTTTACTTTTTTAAATAAGTGT 15 44 1 GCAATAAATTATTAATTTTTATGATTTTTTT 11 70 1 AATATTTTAAATTAGTTTTTAAATATTTGAT 1 25 0 ATTAGCACTCATTATTTTTTATAATTATAAT 8 147 1 TGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAG 3 123 1 GGTTTTTGGCTTTAATTTTAACAGAAGATTG 10 211 1 TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGAT 5 8 1 CTATAGTCTTTTTATTTTATTTTAAACCACT 6 142 1 TCTCTATTTTTTTAATTTATTGAGAAGCAAT 9 99 0 AAATTAAGAATTTATTTTTATAATTTTTAAT 6 22 0 TAGCGATGGGTTTAATTTTATTAAGAATTTA 12 43 0 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 190 0 ATTGAAATTTATTATTTTATATACTATAATT 10 238 1 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 169 0 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 232 0 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 127 0 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 148 0 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 211 0 CTTCCTTTTAATTATTTTATATCACATATTA 16 274 0 TCACATATTAATTATTTTATATCACATATTA 16 253 0 TCATAATTACATTATTTTTAATAT 4 3 0 AAGAATTTAGATTATTTTATTTATTTATCCT 12 21 0 TTTTATATACTATAATTTTTAACTGTAAATT 10 252 1 AAGAATTTGTTATACTTTTTATGCAAGCTTT 14 55 0 TTAAAATATTATTATTTTTATCATTTATGTT 1 46 1 GATTTTGTCCATTATTTTTATAATAATCTTT 8 11 1 CTTTAATTATTTTACTTTAAACAAGCTACAT 17 217 1 CTAATATAAGTTTATTATTTATTATATTTTA 12 123 1 TTTAATATTTTTTATTATTTATAGATGATAT 9 208 0 AACTAAATATTTTATTATTTTTAGCTAATCA 6 200 0 TCTTATCCACAATACTTTTTTACAACTAGAA 17 186 1 ACTTTTGAAAAATATTTTTTTTGATTGGTGT 8 88 1 TATAAAAATCAATATTTTTTTTAAAAAATAG 19 208 1 TTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTGTA 5 86 1 TCACATATTAATTACTTTAATCTCTACCTAT 16 106 0 GTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAG 3 26 1 TATTATTTATTATATTTTATTACAAAAACTT 12 135 1 TTAGGCAAATTATAATTTTATCTAAAAATAA 8 253 1 CAAGCTTTTCTTTAATATTAATATATTTTAG 14 32 0 TAGAATAGCTTTTACTATTAAGCTTGCATAC 17 42 0 ACAGCTTGGCTTTACTATTAAGGAAAAAGGA 13 21 1 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172 0 TTAATTATTTTATATCACATATTAATTATTTTATATCACATA 16 214 0 TTAATTATTTTATATCACATATTAATTATTTTATATCACATA 16 256 0 ATTACATTAATCAAATAATTGTTTAATGTTTTATTACTTGTA 17 256 0 AAATTGTAGGTGGAGTATTCTTTGTTATTTTTAGATAAAATT 8 266 0 TTATACTTTTTATGCAAGCTTTTCTTTAATATTAATATATTT 14 35 0 GTTGTTTAAATTATTAAAAATTTATCTTATATAGCATAATAT 4 52 0 ATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCC 3 79 1 AGATGATATATTAGCTTTAAGTTTTCTTTTATGAATTCTTTT 9 175 0 TGTATTTTTATCAATAATTGCTTTAATTATATTCAAAATATT 6 249 0 TTTTTTATTCTTAAATTGTAATTCAATATTATAACCTGGTAA 2 57 1 TAATAGTGTTTGTTTTTATTATTGATTTTTATAAATATCCAG 0 23 0 CAAATATGTATTAAATATACTTTTTTTTATTTTTTATATAAA 12 187 1 AATAATAATATTTTAAATTAGTTTTTAAATATTTGATTATTT 1 20 0 TAATTTAAAATATTATTATTTTTATCATTTATGTTTTAAAAT 1 42 1 TCTCTTTTTATTTGGTTTTGTTTTTATATTTTAAAACATAAA 1 69 0 AGCTTTTTTATTTCTCTATTTTTTTAATTTATTGAGAAGCAA 9 100 0 TATAAGCTTTATTAGCACTCATTATTTTTTATAATTATAATA 8 137 1 TTAATGTGTGTTAATTTACAGTTAAAAATTATAGTATATAAA 10 253 0 GGAGTAAATTATTTTTACGCTTTAATTTTTATTTAAAATAGT 12 82 0 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