AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons006_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237207 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0039 187 B. burgdorferi predicted coding region BB0039 #1 BB0132 37 transcription elongation factor (greA) #2 BB0133 162 B. burgdorferi predicted coding region BB0133 #3 BB0143 40 alpha-hemolysin (hlyA) #4 BB0179 83 thiophene and furan oxidation protein (thdF) #5 BB0235 32 conserved hypothetical protein #6 BB0236 148 B. burgdorferi predicted coding region BB0236 #7 BB0436_BB0437 172 BB0436: DNA gyrase, subunit B (gyrB), BB0437: chromosomal replication initiator protein (dnaA) #8 BB0438 240 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #9 BB0439 90 conserved hypothetical protein #10 BB0440 91 ribosomal protein L34 (rpmH) #11 BB0508 77 GTP-binding protein Motif 1 AGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAAGT 7 39 0 CAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTATAAAAAATTGAT 9 63 1 CAATTTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAATACATTAAAGT 4 54 1 TTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAAT 0 125 1 CAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTTATA 2 32 0 GTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGCT 0 68 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATAATGGTG 6 8 1 GTGTAATATATTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGA 6 45 1 GTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTATGCT 6 87 1 CTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAACGAATCGCT 0 43 0 TTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTAT 7 98 1 ATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATA 8 169 0 TAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTGGT 8 48 0 GTAACGGGGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGAAT 2 132 1 TTATTCCGATATTTCCATTATAATAGCAAATATTAGTATT 11 28 0 ATACAAAAAAATTAATACTATCATATAAAATTATTAATGA 6 65 0 TAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTG 0 153 1 AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGATT 2 1 1 TGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCT 7 123 1 TTCATTTGATTAATTATTATAATATAATACAATT 3 4 1 CCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGT 7 18 1 TGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGA 8 24 0 TAAAATAAGCTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTG 9 38 1 TAACAAGATATTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAA 8 93 1 ACAAAATTGATTTGTAAATATGTTTATAATAGCTTATAAT 4 23 0 TAAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATA 8 116 0 *** * * * ** ** MAP Score: 43.4284 Motif 2 AATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGT 0 65 1 AGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAA 7 31 1 TTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTA 8 54 0 ATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATAT 8 172 0 CCGTTACACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTT 2 102 0 ATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGT 6 84 1 AAATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAA 2 41 0 TAATATTATAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAA 2 21 1 TATTATTGACAATTGCATTTATATGCTATACCATGTT 10 11 1 ACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATT 6 59 1 ATAAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATATCG 11 25 1 TCATTTGATTAATTATTATAATATAATACAATTCTAA 3 11 1 ATTAGTAACATAATGGTGTAATATATTTAACATTATC 6 30 1 AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAG 2 1 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTA 6 0 1 TTACAAATCAATTTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAAT 4 46 1 TTTTGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAAT 8 30 0 TAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATC 7 125 1 TTCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTGGATT 8 197 0 ATGCAAGTAAATATCTTGTTAAATTGTAGGTTGTTTT 8 77 0 AATATTGTTATTTTGCCCTAATTTCTTGTTTGACTAA 2 65 1 TATTAATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTTTTCT 9 17 1 ACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAACGAAT 0 47 0 TTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATGATGCA 8 109 0 GGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGAAT 2 139 1 ATTCACAAACAATTTAGATAGAATCCTAATTTAACAT 7 61 0 GCATACTAATAATTTAACTACTAAATTATCACAATTG 0 139 0 ATTGAAAAATTATTGCAATTGAAATATCTAACTTAAG 0 106 0 TTTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTAT 7 2 1 **** ** *** * MAP Score: 35.2407 Motif 3 ACATTATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGCT 7 31 0 TGATTTGTAAATATGTTTATAATAGCTTATAATT 4 22 0 TTTTATAGATATATAGTAGTAATAGTAGTAAGCT 8 150 0 TTGATAAATGATATAATTATATAAAGTGTAACGG 2 105 1 TACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAAC 8 105 1 ATGCAAGTAAATATCTTGTTAAATTGTAGGTTGT 8 80 0 TTTCTTTTTAATATTATAATATAAGATTTTATTT 2 13 1 TAATAATTTTATATGATAGTATTAATTTTTTTGT 6 69 1 GAATTGTATTATATTATAATAATTAATCAAATGA 3 11 0 ATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTTA 2 34 0 TTTGGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAA 6 110 1 TATTACACCATTATGTTACTAATAATAGTAAAAA 6 19 0 GGGGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGAA 2 137 1 ATTCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTG 8 201 0 TTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAATACATTAAAG 4 58 1 AAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATATC 11 27 1 GATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAA 6 83 1 TATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGA 7 121 1 AATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTAT 0 140 1 TGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCG 0 67 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGG 5 6 1 GATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAG 8 176 0 ATAATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAATT 2 54 1 TAGCTTATAATTAATTTCATAAAA 4 0 0 GTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATT 8 55 0 TGGCAGCATAAAATTGTTTTTAATGGAGGAGCGT 10 66 1 **** * ***** MAP Score: 31.3839 Motif 4 ATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGT 0 66 1 TTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGA 0 112 1 TGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTA 0 143 1 AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGAT 2 4 1 AAAATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAAT 2 43 0 TATAATTATATCATTTATCAATTTTTAGTCAAACAA 2 90 0 ACCCCCGTTACACTTTATATAATTATATCATTTATC 2 107 0 TTCATTTGATTAATTATTATAATATAA 3 1 1 CAATTTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAATACATTAA 4 54 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTA 5 2 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATA 6 6 1 TTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTAT 6 55 1 TAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGT 6 85 1 TTTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTT 7 7 1 TCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTT 7 76 1 ATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATG 7 115 1 AAATAATTTTTGATTCTTCAATTAAGT 8 1 0 TTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCA 8 17 0 TTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTGGTTCAATT 8 42 0 TCTTGTTAAATTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTT 8 65 0 TGTTTAATTGTATTTAATACTATATGATGCAAGTAA 8 104 0 AGTAAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAAT 8 122 0 GTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAG 8 168 0 TCCTTATATATTCTATTACATTTTATCTTAATAAGA 8 208 0 AGTGAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTAAA 9 6 1 GCATAAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATA 11 23 1 * ** * ****** MAP Score: 24.5025 Motif 5 TTTATATAATTATATCATTTATCAATTTTTAGTCAAACAAGAAATTA 2 83 0 GTATTTTTGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGA 8 24 0 ATGATAATGTTAAATATATTACACCATTATGTTACTAATAATAGTAA 6 22 0 CAATTGCATTTATATGCTATACCATGTTAGTGTTTAATTTGTAGCTT 10 20 1 TGCCTCCTTATATATTCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTG 8 201 0 ACAAACAATTTAGATAGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAATG 7 47 0 ATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTTATATTA 2 29 0 TTCATTTGATTAATTATTATAATATAATACAATTCTAAGT 3 5 1 TATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTATGCT 6 80 1 TGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTAT 7 91 1 ATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAGTAGTAATAGTAGTAA 8 153 0 AAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATGATGCAA 8 108 0 AATACACCTCTTTATTTATTCCGATATTTCCATTATAATAGCAAATA 11 36 0 TTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA 7 141 1 AGGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTATAAAAAATTGAT 9 54 1 AATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTGTTT 0 149 1 TATAGAACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAACGAATCGCT 0 43 0 ATACTTTTGATCTCATTCTCCTTTTTTATCCATAGCGA 0 1 1 AATATCTTGTTAAATTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAA 8 58 0 ATAAAAAAGACAAAATTGATTTGTAAATATGTTTATAATAGCTTATA 4 25 0 AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGATTTTATTT 2 0 1 ** ** ** * * ** MAP Score: 24.2051