AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons006_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237239
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0039	187	B. burgdorferi predicted coding region BB0039
#1	BB0132	37	transcription elongation factor (greA)
#2	BB0133	162	B. burgdorferi predicted coding region BB0133
#3	BB0143	40	alpha-hemolysin (hlyA)
#4	BB0179	83	thiophene and furan oxidation protein (thdF)
#5	BB0235	32	conserved hypothetical protein
#6	BB0236	148	B. burgdorferi predicted coding region BB0236
#7	BB0436_BB0437	172	BB0436: DNA gyrase, subunit B (gyrB), BB0437: chromosomal replication initiator protein (dnaA)
#8	BB0438	240	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#9	BB0439	90	conserved hypothetical protein
#10	BB0440	91	ribosomal protein L34 (rpmH)
#11	BB0508	77	GTP-binding protein

Motif 1
ACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCT	7	39	1
AGATATTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAA	8	98	1
TCATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAATATATTACAC	6	45	0
 TTCATTTGATTAATTATTATAATATAATACAATTCTAAG	3	9	1
      AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGATTTTA	2	4	1
        ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGGCT	5	2	1
CACCATTATGTTACTAATAATAGTAAAAAAGAGGAAAA  	6	8	0
AGCATAACTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAAATTAATAC	6	87	0
TTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCAATT	8	14	0
GTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGCT	0	68	1
TCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTTTTTTGTAT	6	65	1
AAACAGTAGCTTACTACTATTACTACTATATATCTATAAA	8	143	1
ACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAAACCAACAAGG	7	18	0
AGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTGGTT	8	47	0
TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTATA	11	10	1
ATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTATAAAAAATTGAT	9	60	1
AATCAATTTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAATACATTAAA	4	51	1
GTAACGGGGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGAAT	2	132	1
TCCATAGCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTT	0	38	1
AGCGTATAGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTT	0	97	1
CTAAAAATTGATAAATGATATAATTATATAAAGTGTAACG	2	98	1
AATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATC	2	37	0
TAAAATAAGCTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTG	9	38	1
AGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTGTTTT	0	157	1
TGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAGTAG	8	165	0
     ATACTTTTGATCTCATTCTCCTTTTTTATCCATAG	0	5	1
GTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAA	7	88	1
          **   *   *** *  ** *
MAP Score: 35.0783

Motif 2
        ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTA	5	2	1
TTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTAT	6	55	1
TGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTA	8	54	0
    AGTGAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTAAA	9	6	1
TAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGT	6	85	1
      AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGAT	2	4	1
    TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATA	6	6	1
TTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATAT	8	170	0
TCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAG	7	118	1
TATAATTATATCATTTATCAATTTTTAGTCAAACAA	2	90	0
TCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTT	7	76	1
AGTAAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAAT	8	122	0
TAAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATATCG	11	26	1
ATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGT	0	66	1
   TTTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTT	7	7	1
AAAATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAAT	2	43	0
CTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTA	9	52	1
TGTTTAATTGTATTTAATACTATATGATGCAAGTAA	8	104	0
 ACTTAGAATTGTATTATATTATAATAATTAATCAA	3	15	0
TTTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAATACATTAAAGT	4	57	1
AATATTATAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAA	2	22	1
TGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTA	0	143	1
AAATAATTTTTGATTCTTCAATTAAGT         	8	1	0
          *  **  *  ******
MAP Score: 28.2984

Motif 3
AGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTGTTTT 	0	157	1
          TTCATTTGATTAATTATTATAATATAATACA	3	0	1
TTTTGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTT	8	26	0
TTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAGT	8	167	0
ATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTT	2	35	0
TTAAAATAAAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT 	2	9	0
GCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTTTTCTAGGTTTATTCA	9	24	1
ATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATAT	11	19	1
TATTAGTAACATAATGGTGTAATATATTTAACATTATCATT	6	29	1
CTAATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGC	7	32	0
TTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTG	8	50	0
        TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATAA	6	2	1
CTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTA	9	47	1
ACAAATCAATTTTGTCTTTTTTATTGTGTTATAATACATTA	4	48	1
AGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTATGCT	6	86	1
TTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTAT	7	97	1
AAATATTGTTATTTTGCCCTAATTTCTTGTTTGACTAAAAA	2	64	1
TATATTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATT	6	51	1
TGGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGG	6	112	1
CCACAAAATCTTATTAAGATAAAATGTAATAGAATATATAA	8	200	1
TCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTT	7	118	1
AAAGACAAAATTGATTTGTAAATATGTTTATAATAGCTTAT	4	26	0
ATGCTATACCATGTTAGTGTTTAATTTGTAGCTTGGCAGCA	10	33	1
ATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAAT	0	124	1
CCCGTTACACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTTTTA	2	99	0
GTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATGATGCAAGT	8	106	0
          **  *    * *  * ** **
MAP Score: 26.4513