AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237267
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0026	129	methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (folD)
#1	BB0045_BB0046	79	BB0045: P115 protein, BB0046: ribonuclease H (rnhB)
#2	BB0068	114	conserved hypothetical protein
#3	BB0074	46	peptide chain release factor 2 (prfB)
#4	BB0076	36	cell division protein, putative
#5	BB0104	39	periplasmic serine protease DO (htrA)
#6	BB0107	28	N-utilization substance protein B (nusB)
#7	BB0108	79	basic membrane protein
#8	BB0109	136	acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA)
#9	BB0196	300	peptide chain release factor 1 (prfA)
#10	BB0229	60	ribosomal protein L31 (rpmE)
#11	BB0230	79	transcription termination factor Rho (rho)
#12	BB0235	32	conserved hypothetical protein
#13	BB0236	148	B. burgdorferi predicted coding region BB0236
#14	BB0643	154	conserved hypothetical protein
#15	BB0693	158	xylose operon regulatory protein (xylR-1)
#16	BB0694	53	signal recognition particle protein (ffh)

Motif 1
ATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAA	14	23	0
TAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAA	14	50	1
TTAAATAAACTTAGTTTTTATATGATCTATTG	8	71	1
AAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTA	9	134	1
TATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTT	9	248	0
   ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAG	12	7	1
ATCAAATAATTTTTTTTTTTTAAATTGATAAT	2	55	0
GGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTT	8	51	1
TATTTTTTCTTTCATTTTTATTTCTCGCTA  	3	8	0
TTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAA	14	65	0
AAATCTACAATTTCATATTATAATAAATAAAA	1	32	0
       GTTTTTGATATTTTATGAATGTGAT	15	3	1
TTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGG	15	127	1
ATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATA	0	29	1
AATCAAATATTTAAATATTATTTATAAAA   	5	20	1
CAAATTGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAA	0	46	0
ATCACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCA	9	156	1
CCTCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTT	11	52	0
TTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATTA	9	104	0
AATGATAATGTTAAATATATTACACCATTATG	13	38	0
TTTTTATTTATATAATTTTATT          	6	16	1
TATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTA	9	180	0
TAATAATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTC	11	30	1
AAAAAAATTATTTGATATAATTTAGCTTGAAA	2	71	1
TTATCAGTAATTGGTTTTTAATTTTAA     	1	62	1
AAAAAACCAATACAATATTTTATCTATTCTTA	15	83	0
GTTTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTT	15	108	1
TGTTATTAAGTTGGATATTAAAGTTAAATTAG	9	80	0
ACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGT	8	22	1
GACCTTTTTTTAAAATATTTTTATTTATTATA	1	14	1
          TTTAAAATTATAACATTTTAGC	8	0	1
  GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAG	11	8	1
TCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTTGTTT	0	13	1
AACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTA	13	58	1
TTTTTTTAAATTGATAATTATTTGGTATACTA	2	41	0
TAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAATA	7	18	0
TTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAG	9	52	0
  ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAA	14	8	1
TTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTT	9	197	0
TTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATAAT	13	12	1
ATAGTAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTT	9	260	0
TATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAG	13	88	1
CCTTTTTTTGTATCTTATATTTGACAAGATTA	16	15	1
TTATACAACCTTACTAATATTAGTATACCAAA	2	21	1
TTGAGCAATGTATTTATTTTTTCTTTCATTTT	3	22	0
         ATTTTAAATTAATCAAATATTTA	5	1	1
          **  ********
MAP Score: 47.8466

Motif 2
AAAATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATA	0	26	1
TTTTAAAATATTTTTATTTATTATAATATGAAATT	1	21	1
        GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAAT	11	2	1
AAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTA	15	95	1
TTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTAT	15	110	1
GATTTTTTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGT	9	232	0
ATACACCTCCTTTATTTTTAAAATAAAAAAAATAT	15	132	0
TCAAATAATTTTTTTTTTTTAAATTGATAATTATT	2	51	0
AATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAA	14	27	0
CATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTTTTAAA	9	190	0
TTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATA	14	61	0
GGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGT	8	51	1
TAATAATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTCTTA	11	30	1
     GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTAT	15	5	1
TAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAG	9	253	0
CTAAAAACAAAAACAATTTATCATTCAATACACAT	14	112	1
  AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT     	6	8	1
TTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTA	14	93	0
TTATCAGTAATTGGTTTTTAATTTTAA        	1	62	1
ATAATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAATA	13	39	1
ACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTA	9	159	1
CTCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTATA	11	48	0
TTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATTA	9	104	0
TTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTT	13	62	1
  GTTTGAGCAATGTATTTATTTTTTCTTTCATTT	3	23	0
AAATATTTAAATATTATTTATAAAA          	5	24	1
       TATTGCCTTTTTTTGTATCTTATATTTG	16	3	1
ATAACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGT	8	19	1
TATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGG	13	80	1
CACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGT	7	23	0
GGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTTAC	9	46	0
AAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATT	9	133	1
TCAAATTGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAATA	0	44	0
        TTTAAAATTATAACATTTTAGCTTGTT	8	2	1
ATATTGACAATCTAAGTATAATATTAAGGTAATCT	0	102	1
     AATTGACCTTTTTTTAAAATATTTTTATTT	1	5	1
ATACAACAAAACCTAATTTAACTTTAATATCCAAC	9	68	1
TTAATCTTCAATAAAGTTTAATTTACATTAGAAAT	10	23	0
          *   * ***** ***
MAP Score: 31.1632