AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237280 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0026 129 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (folD) #1 BB0045_BB0046 79 BB0045: P115 protein, BB0046: ribonuclease H (rnhB) #2 BB0068 114 conserved hypothetical protein #3 BB0074 46 peptide chain release factor 2 (prfB) #4 BB0076 36 cell division protein, putative #5 BB0104 39 periplasmic serine protease DO (htrA) #6 BB0107 28 N-utilization substance protein B (nusB) #7 BB0108 79 basic membrane protein #8 BB0109 136 acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA) #9 BB0196 300 peptide chain release factor 1 (prfA) #10 BB0229 60 ribosomal protein L31 (rpmE) #11 BB0230 79 transcription termination factor Rho (rho) #12 BB0235 32 conserved hypothetical protein #13 BB0236 148 B. burgdorferi predicted coding region BB0236 #14 BB0643 154 conserved hypothetical protein #15 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #16 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #17 BB0693 158 xylose operon regulatory protein (xylR-1) #18 BB0694 53 signal recognition particle protein (ffh) Motif 1 AATTGACCTTTTTTTAAAATATTTTTATT 1 8 1 AAATAATTTTTTTTTTTTAAATTGATAATTA 2 53 0 AAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATAT 14 62 0 AATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTCTTA 11 34 1 AAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGT 8 55 1 TTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTAT 9 106 0 ATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGG 13 84 1 TATTGCCTTTTTTTGTATCTTATATTTG 18 7 1 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAG 11 9 1 TAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGAG 17 130 1 TGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAATAAA 0 42 0 TTTTAAAATATTTTTATTTATTATAATATGA 1 21 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTAT 6 6 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTA 15 9 1 TAAAGCTCAATTTATATATAAATACAACAAA 9 47 1 ATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTA 17 99 1 CAATTTTATTAAAAGGTTTAACC 16 2 1 TAATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAA 9 244 0 AATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATT 9 137 1 ATAGTAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTT 9 261 0 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTAT 17 9 1 CCAATACAATATTTTATCTATTCTTAAAAGA 17 78 0 ATAAATTGACATTATTTCTAATGTAAATTAA 10 10 1 ATATTTAAATATTATTTATAAAA 5 26 1 GCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTT 9 161 1 TTCAAGCTAAATTATATCAAATAATTTTTTT 2 71 0 TGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAA 14 27 0 TTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTAT 9 179 0 CATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTT 13 66 1 TTGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTAT 17 114 1 CAATGTATTTATTTTTTCTTTCATTTTTATT 3 18 0 TTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTT 14 80 0 ACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTATA 11 48 0 TTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAA 8 27 0 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAAC 13 8 1 TTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAA 14 49 1 AAAAAAATCAATTATATTTTTTCATGTTTTT 9 124 0 TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCC 0 8 1 ******* *** MAP Score: 49.2835 Motif 2 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTA 12 3 1 ATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAAT 14 53 1 TTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGAG 17 126 1 TATCAAATAATTTTTTTTTTTTAAATTGATAATTA 2 53 0 TTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAA 0 33 1 AATGAGATATAATTATGGTTTTAATACCATAATA 15 27 0 TTTTATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTA 9 180 0 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAA 15 6 1 TAGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCT 9 198 0 ACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 8 1 0 TTTTTTTAAAATATTTTTATTTATTATAATATGAA 1 18 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 6 3 1 GAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTA 14 103 0 TGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAA 14 23 0 GTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTT 8 52 1 CAACAAAACCTAATTTAACTTTAATATCCAACTTA 9 71 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATA 17 1 1 AAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAG 9 52 0 ACCAAATTTCAAATTGTAATTAAATTTATTTTAAA 0 52 0 TAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTT 14 80 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGA 11 9 1 AATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAAT 7 19 0 ATTTATTTTTTCTTTCATTTTTATTTCTCGCTA 3 8 0 TTTTTTGGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTA 13 107 1 TCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAA 9 113 0 TTAATCACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCA 9 153 1 TTTCTAATGTAAATTAAACTTTATTGAAGATTAAG 10 24 1 TTATAATATGAAATTGTAGATTTATCAGTAATTGG 1 41 1 AGTTTATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTT 9 249 0 ATAACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGT 8 19 1 ATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAA 13 84 1 TGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTA 9 131 1 AATATATTTAACATTATCATTAATAATTTTATATG 13 49 1 GTTTATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTT 8 34 1 TATCAGTAATTGGTTTTTAATTTTAA 1 63 1 AAGTTTGTTCTCCTATTTTATTGCAGATT 4 17 0 ATAAATTGACATTATTTCTAATGTAAA 10 2 1 ATAAAATCCTTTCTTAAAAATTTAATTCGTAGAGG 11 49 1 AAATATTTAAATATTATTTATAAAA 5 24 1 TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTTGTTT 0 10 1 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATAA 13 8 1 * ** * ****** MAP Score: 48.0296 Motif 3 TTAAAATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAAT 0 24 1 CAAATTTCAAATTGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAAT 0 45 0 ATTACCTTAATATTATACTTAGATTGTCAATATAAGGAAA 0 95 0 AAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAATT 1 0 0 TTTTTAAAATATTTTTATTTATTATAATATGAAATTGTAG 1 20 1 TTAAAAACCAATTACTGATAAATCTACAATTTCATATTAT 1 43 0 TTGGTATACTAATATTAGTAAGGTTGTATAAAGGGGATTT 2 12 0 TTTTTTTTTAAATTGATAATTATTTGGTATACTAATATTA 2 35 0 AGCTAAATTATATCAAATAATTTTTTTTTTTTAAATTGAT 2 58 0 TGAGCAATGTATTTATTTTTTCTTTCATTTTTATTTCTCG 3 13 0 ATTTTAAATTAATCAAATATTTAAATATTA 5 0 1 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 6 0 0 TTTACATTTAAATCTAGTTAATAAAACATTT 7 1 0 TTACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGT 7 23 0 ACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAACCTGAAT 8 46 0 TAATAAACTTATTGAATTATACAATACAATAGATCATATA 8 89 0 TTTATATATAAATACAACAAAACCTAATTTAACTTTAATA 9 57 1 TTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATTAAGTTGGAT 9 96 0 TGATTAAAAAAATCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTAT 9 120 0 TTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAAT 9 163 1 CATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGC 9 185 0 TAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTT 9 248 0 CTTAATCTTCAATAAAGTTTAATTTACATTAGAAATAATG 10 19 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGTAGATTTT 11 8 1 AATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTCTTAAAAATTTAA 11 34 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGGCT 12 7 1 CATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAATATATTACACC 13 44 0 CATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTTTTTTGTATT 13 66 1 AAGCATAACTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAAATTAATA 13 88 0 AATCCCCTTTACTCTTTAAATACCTATTATAAGCATA 13 121 0 GTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT 14 9 0 TAAAAACTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAA 14 42 1 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