AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons008_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237297 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0008 96 conserved hypothetical protein #1 BB0246 196 B. burgdorferi predicted coding region BB0246 #2 BB0251 202 leucyl-tRNA synthetase (leuS) #3 BB0254 275 single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ) #4 BB0262 61 conserved hypothetical protein #5 BB0538 34 conserved hypothetical protein #6 BB0539 23 conserved hypothetical integral membrane protein #7 BB0540 283 translation elongation factor G (fus-1) #8 BB0578 252 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1) #9 BB0579 88 DNA polymerase III, subunit alpha (dnaE) #10 BB0587 154 methionyl-tRNA synthetase (metG) #11 BB0623 96 transcription-repair coupling factor (mfd) #12 BB0735 66 rare lipoprotein A (rlpA) #13 BB0736 51 B. burgdorferi predicted coding region BB0736 #14 BB0761 65 conserved hypothetical protein #15 BB0834 22 ATP-dependent Clp protease, subunit C (clpC) #16 BB0835 114 phosphomannomutase (cpsG) Motif 1 ATAGGATTTATTTTTTTTATGTTTTTTATTATATTT 14 6 1 GAATATATCATTTAGTAGATTTTGATTTTATTGATTAAAA 7 65 0 ATTTGTATCTTTAGATGGTTTTATGGTTTAAGATGAAAGC 8 65 1 TTCTCTAATATTCTTTTAGATTGCATTTTTGTTAATTTTA 2 139 0 TTACTTCTCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTT 3 251 0 TGATTGAATTTTTTATGATTTTTTTATTATT 5 1 0 ATTTATTAAATTTTCTGTTATG 15 1 0 AATTGTATAATTATATTGGTTTTAAGTATTATTCTCTTTA 1 39 1 AAAATCTATCTTATATCGTTTTATATTATTAAATATTTGG 7 180 0 TTATTATGACTTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGGT 9 58 1 TCAGTTTTCCCTTTTTTTATGCTATTAATATTGTAA 10 128 0 TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCAAAAAAA 12 9 1 TTTTTTAAATTATTTTTTTATTAAAATTATTTAT 13 4 1 GGGTAGAAGATTAACTATCTTAGTAATTTTACAAAATTTT 7 226 0 CCTCATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAAAACTAATTTT 8 19 0 TAAACGATGCTTTCATTCAAATGCAATTTTCTATTGTATA 4 16 1 CAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTATAATGAATTATA 16 62 0 GACAGTTTGCTTGATTAAATTTGCATTAATGTATATCCTT 7 113 0 TACCTTTTTGTTTAATTAATTTAGTATAATAATATACTAT 11 62 0 TTAAATGAATTTCCATAAAATATTTGTTTTGTTATAATTA 3 31 0 TGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATA 3 56 1 GGATAGGATATTTTTTTTCAATATCTTTTACAAAAATTCT 10 85 0 CAAACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAATAT 0 40 1 CTCTTTAATTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAG 1 72 1 TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAA 16 92 0 ATTATGACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATC 3 122 1 TTTTATTATATTTGATTAATTAATCGTTAAAGAATTTATA 14 33 1 TGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTGT 16 18 0 TAAGAGTTAATTCACTAAATAAAAAGTTTTAATCAATAAA 7 39 1 TAAAAATTAATTACTTTGAAATAAATTTAAGCTTTCATCT 8 95 0 TTTTTACCATTTAAATGTAAAAATATTTTTTGTTTATTGA 8 129 1 CAAAATTGAATTGCTTTTGAAAGAATTTTTGTAAAAGATA 10 64 1 AAAGGGATTCTATCATAAAAACTTTTTTTTGAATAGG 8 225 0 AAATGATATATTCCCTAATATAAGGATATACATTAATGCA 7 92 1 ATAGGTATTATTACTTTCTTTATATATAATGTGTTTAGGT 11 24 0 TTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTCTTTACTAACTTCAC 3 225 0 AACTGTCAAATTTCATATAAAATAGTTTAAACTTCCAAAT 7 146 1 AAATTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAA 0 3 1 ** * *** **** MAP Score: 47.8893 Motif 2 GATATAAGATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTA 7 203 1 ATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCA 3 56 0 TTTTTAAATTATTTTTTTATTAAAATTATTTATT 13 11 1 CTTGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAA 16 26 0 ATTAACTCTTACTTTATTATTATACTCCTAAGAT 7 16 0 ACTCATAAATACTTTATTATTATATAG 1 3 0 ACAAAAATCCAAATTTTTTCGATAAAAACCTGGT 1 107 0 TGGATAGGATATTTTTTTTCAATATCTTTTACAA 10 92 0 GAAAATTAAAAATTTATTTTAACACCTTAGACAA 1 137 0 TTTTGATTGAATTTTTTATGATTTTTTTATTAT 5 11 0 AGAGATTTAAAAATTATTATGACTTTTTTAATTT 9 45 1 TCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTA 3 71 0 AACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAAT 3 38 1 TTAATTTGACACATTATTTCAACTTTTAATATCA 8 180 0 TATCATAAAAACTTTTTTTTGAATAGGGTCACCA 8 218 0 AAACCTAAACACATTATATATAAAGAAAGTAATA 11 22 1 AAAATTTTAAAAAGTTAATAAATAA 13 36 0 CCATATTACAATATTAATAGCATAAAAAAAGGGA 10 123 1 TAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTA 3 133 0 ATGAAAGCTTAAATTTATTTCAAAGTAATTAATT 8 97 1 ATTTTTTTTATGTTTTTTATTATATTTGATTAAT 14 19 1 AAGATTAATTAAATTATATTGATTTATAATGAAT 16 66 0 ATTGATTAAAACTTTTTATTTAGTGAATTAACTC 7 42 0 TGACTTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGGT 9 64 1 CATTTTTGTTAATTTTATTTAATAATTTGCTAAC 2 122 0 TTATTATACTAAATTAATTAAACAAAAAGGTAAA 11 70 1 AATATTTATATCATTTTTTACAAAAAAGCCAAAA 10 35 1 AGTTTAAACTATTTTATATGAAATTTGACAGTTT 7 145 0 AATTTAATTTAATTTAATTTAAAACTAATTTTAA 8 17 0 ATTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACT 0 12 1 AGTATTTATGAGTTTAATTGTATAATTATATTGG 1 24 1 ATTTAAAACTAATTTTAAATTAAAT 8 1 0 TCAAAGTAATTAATTTTTACCATTTAAATGTAAA 8 116 1 TCTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTTT 3 21 1 TTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAAAGTCTA 12 14 0 ATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTATTATG 3 190 0 AAATATTCTTTTATTATAAGGAGTGTGATTTT 10 8 0 CTTATTTATATATTTTATATTATACTAATATAGG 0 49 1 AAATTAAATTAAATTAAATTAAATGAGGAGAATG 8 31 1 TCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGAT 3 244 0 TAGTAGATTTTGATTTTATTGATTAAAACTTTTT 7 59 0 AATTAATCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA 16 90 1 AACTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGATATA 7 175 1 TATTATCATATAATTTATAAGAATGTGTATTAAA 16 12 0 TTTGTTGCAATAATTTAAATTAGAGATTTAAAAA 9 24 1 * ******* * * MAP Score: 44.5331 Motif 3 AATTGTTAGCAAATTATTAAATAAAATTAACAAAA 2 118 1 CATAACAGAAAATTTAATAAAT 15 6 1 ATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTT 3 50 1 TTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACTGT 0 13 1 AGTACTGGTGACCCTATTCAAAAAAAAGTTTTTAT 8 213 1 ATTTTTGTAAAAGATATTGAAAAAAAATATCCTAT 10 88 1 TTTAATAAAAAAATAATTTAAAAAA 13 0 0 CGATTAATTAATCAAATATAATAAAAAACATAAAA 14 24 0 TTATAAATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTA 16 71 1 TTAGTTTTAAATTAAATTAAATTAAATTAAATGAG 8 23 1 ATATCGTTTTATATTATTAAATATTTGGAAGTTTA 7 173 0 AAAGTTAATAAATAATTTTAATAAAAAAATAATTT 13 16 0 CTATATTAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCA 0 47 0 ATATTATTATACTAAATTAATTAAACAAAAAGGTA 11 67 1 GTAGATTTTGATTTTATTGATTAAAACTTTTTATT 7 56 0 ATTCTTTCAAAAGCAATTCAATTTTGGCTTTTTTG 10 55 0 TAATACTTAAAACCAATATAATTATACAATTAAAC 1 35 0 ATTTAATTTAAAATTAGTTTTAAAT 8 0 1 TGATCAAACAAGAAAATTAAAAATTTATTTTAACA 1 147 0 AAAATCACACTCCTTATAATAAAAGAATATTTA 10 8 1 GATATAAGATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTAA 7 203 1 AAACTGTCAAATTTCATATAAAATAGTTTAAACTT 7 145 1 TATATCAAGTATATAATTCATTATAAATCAATATA 16 51 1 TTTTTGTAAAAAATGATATAAATATTCTTTTATTA 10 26 0 CTATTTCATTATACAATAGAAAATTGCATTTGAAT 4 30 0 AATAATAAAAAAATCATAAAAAATTCAATCAAAA 5 10 1 GTAAAAATTAATTACTTTGAAATAAATTTAAGCTT 8 101 0 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CATTTTTGTTAATTTTATTTAATAATTTGCTAA 2 123 0 CATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAAAACTAA 8 23 0 TATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTT 3 49 1 TTTTTCAAGGATTATTCTTTACTAACTTCACCA 3 223 0 TTTTTACCTTTTTGTTTAATTAATTTAGTAT 11 75 0 TTTATTAAAATTATTTATTAACTTTTTAAAATT 13 26 1 TTAAATCTCTAATTTAAATTATTGCAACAAATC 9 22 0 TGCTTGATTAAATTTGCATTAATGTATATCCTT 7 113 0 TACCTATAGTATATTATTATACTAAATTAATTA 11 57 1 CGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAAT 3 131 0 GATTTTGATTTTATTGATTAAAACTTTTTATTT 7 55 0 AACTCTTACTTTATTATTATACTCCTAAGATAA 7 14 0 AAACTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGATA 7 174 1 TATCCTATCCATATTACAATATTAATAGCATAA 10 115 1 AAATCCAAATTTTTTCGATAAAAACCTGGTACA 1 104 0 CATAAATACTTTATTATTATATAG 1 1 0 AAAAGTCATAATAATTTTTAAATCTCTAATTTA 9 39 0 TTTCCATAAAATATTTGTTTTGTTATAATTAGC 3 29 0 TATTAGGGAATATATCATTTAGTAGATTTTGAT 7 79 0 CATAACAGAAAATTTAATAAAT 15 9 1 TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCA 12 10 1 TTAAAATAAATTTTTAATTTTCTTGTTTGATCA 1 149 1 ATAGGATTTATTTTTTTTATGTTTTTTATT 14 7 1 TTAAATGGTAAAAATTAATTACTTTGAAATAAA 8 110 0 ACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATGGTGAA 3 197 1 ATTTTTTTTCAATATCTTTTACAAAAATTCTTT 10 83 0 TTTATGAGTTTAATTGTATAATTATATTGGTTT 1 28 1 TATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAAT 16 22 0 ATTAAAGAGAATAATACTTAAAACCAATATAAT 1 48 0 AATTTCATATAAAATAGTTTAAACTTCCAAATA 7 154 1 AAAATATAATGGTTAATAGTGCTGTGGT 2 5 1 TTATTTTGATAAGATTTGTTGCAA 9 1 1 TAATCCTTGAAAAATCGATTAAAAATGAATTCT 3 242 1 ***** **** * MAP Score: 33.2096 Motif 5 AAATTCAAAAACAATTTAATTTAATAAT 0 2 1 TTAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGTTT 0 41 0 ACTCATAAATACTTTATTATTATATAG 1 1 0 AGTATTTATGAGTTTAATTGTATAATTATATTGGTT 1 24 1 AATTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAGGT 1 78 1 GTTTTTATCGAAAAAATTTGGATTTTTGTCTAAGGT 1 112 1 TTTTGTCTAAGGTGTTAAAATAAATTTTTAATTTTC 1 135 1 TTATTTAATAATTTGCTAACAATTTTGATGCTGTGA 2 106 0 ACAAAAATGCAATCTAAAAGAATATTAGAGAATAAG 2 147 1 AAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCATAAAATA 3 49 0 TCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATT 3 69 0 TAACTTCACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAG 3 198 0 TCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTA 3 242 0 GCAATTTTCTATTGTATAATGAAATAGCATGTT 4 38 1 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22 0 ATAATAAAAAACATAAAAAAAATAAATCCTAT 14 6 0 TTCTTTAACGATTAATTAATCAAATATAATAAAAAA 14 31 0 CATAACAGAAAATTTAATAAAT 15 4 1 TATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTG 16 19 0 AATTATATTGATTTATAATGAATTATATACTTGATA 16 53 0 TTTATTAAACAAAGATTAATTAAATTATATTGATTT 16 75 0 TTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA 16 98 1 * * *** ***** MAP Score: 8.77886