AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237321
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0008	96	conserved hypothetical protein
#1	BB0246_BB0247	196	BB0246: B. burgdorferi predicted coding region BB0246, BB0247: conserved hypothetical protein
#2	BB0248	119	oligoendopeptidase F (pepF)
#3	BB0251	202	leucyl-tRNA synthetase (leuS)
#4	BB0254	275	single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ)
#5	BB0262	61	conserved hypothetical protein
#6	BB0538	34	conserved hypothetical protein
#7	BB0539	23	conserved hypothetical integral membrane protein
#8	BB0540	283	translation elongation factor G (fus-1)
#9	BB0577	115	B. burgdorferi predicted coding region BB0577
#10	BB0578	252	methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1)
#11	BB0579	88	DNA polymerase III, subunit alpha (dnaE)
#12	BB0587	154	methionyl-tRNA synthetase (metG)
#13	BB0623	96	transcription-repair coupling factor (mfd)
#14	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)
#15	BB0736	51	B. burgdorferi predicted coding region BB0736
#16	BB0761	65	conserved hypothetical protein
#17	BB0834	22	ATP-dependent Clp protease, subunit C (clpC)
#18	BB0835	114	phosphomannomutase (cpsG)

Motif 1
TAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAA	4	71	1
ATAAATATTCTTTTATTATAAGGAGTGTGA	12	14	0
TTTTTATGTTTTTTATTATATTTGATTAAT	16	23	1
AATCAAAATATTTTATTATATACTAATTAT	9	20	0
AAAATTTGTATTTTATTATATTTATATAAT	9	58	1
AAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAA	4	82	0
TTTATGATTTTTTTATTATT          	6	0	0
ACATTGTGCTTTTTATTTTACAATAAAGTC	2	39	0
TTTTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAA	14	20	0
   TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAG	18	97	0
       TGATTTAATTATAATTAGTATAT	9	3	1
TTTTAAATTATTTTTTTATTAAAATTATTT	15	12	1
CTCCTCTTCCTTTTTTTATTGTTTGAAAAG	2	93	0
TTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAATCTATC	8	210	0
TTTATATATTTTATATTATACTAATATAGG	0	53	1
AAAATACAAATTTTATTAAAGAAATCAAAA	9	42	0
CTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGATA	8	177	1
TGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTA	4	56	1
TTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGGT	11	68	1
ACCTATAGTATATTATTATACTAAATTAAT	13	58	1
ATAAATACTTTATTATTATATAG       	1	3	0
ACTCTTACTTTATTATTATACTCCTAAGAT	8	16	0
ACTTAAAGGCTTTTTATATATAAAGTTTAG	2	10	1
ATATAATAGCTTTAATTTTTGGCAATTTTT	9	81	1
TTATTATGACTTTTTTAATTTTTATTTATT	11	58	1
AACAATTTAATTTAATAATTACAAACTGTG	0	19	1
GTTAATTTTATTTAATAATTTGCTAACAAT	3	119	0
CAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTATA	18	72	0
TAAAATAAATTTTTAATTTTCTTGTTTGAT	1	150	1
    ATAGGATTTATTTTTTTTATGTTTTT	16	6	1
TTTATTATATTTATATAATAGCTTTAATTT	9	69	1
AGTTTAATTGTATAATTATATTGGTTTTAA	1	34	1
AAAGCCTCCTTATTATTTTA          	7	0	0
TATTACTTTCTTTATATATAATGTGTTTAG	13	26	0
TGATTAAAACTTTTTATTTAGTGAATTAAC	8	44	0
TTTATTAACTTTTTAAAATTTT        	15	39	1
AATCTCTAATTTAAATTATTGCAACAAATC	11	22	0
TACCTTTTTGTTTAATTAATTTAGTATAAT	13	72	0
        TTTTTTAAATTATTTTTTTATT	15	2	1
TTAAAACTAATTTTAAATTAAAT       	10	3	0
TTAAAATTAGTTTTAAATTAAATTAAATTA	10	17	1
ACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATA	0	43	1
CCTCATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAA	10	29	0
AAATTAGAGATTTAAAAATTATTATGACTT	11	40	1
TTTTTTATGCTATTAATATTGTAATATGGA	12	122	0
          **********
MAP Score: 51.1394

Motif 2
TTTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAAT	0	12	0
AAACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATA	0	41	1
ATATATTTTATATTATACTAATATAGGTTAAT	0	56	1
         CTATATAATAATAAAGTATTTAT	1	1	1
TTTATGAGTTTAATTGTATAATTATATTGGTT	1	28	1
TTAAAGAGAATAATACTTAAAACCAATATAAT	1	48	0
TTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAG	1	80	1
GTCTAAGGTGTTAAAATAAATTTTTAATTTTC	1	139	1
AAGTCTAAACTTTATATATAAAAAGCCTTTAA	2	12	0
GTGCTTTTTATTTTACAATAAAGTCTAAACTT	2	32	0
TTGTTAATTTTATTTAATAATTTGCTAACAAT	3	119	0
TTAGATTGCATTTTTGTTAATTTTATTTAATA	3	132	0
AAATGCAATCTAAAAGAATATTAGAGAATAAG	3	151	1
ATAAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCAT	4	55	0
TATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAA	4	67	0
TTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAATTT	4	79	1
GGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAAT	4	131	0
AAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAAGT	4	251	1
   AACATGCTATTTCATTATACAATAGAAAA	5	42	0
TTTTTATGATTTTTTTATTATT          	6	0	0
TAACTCTTACTTTATTATTATACTCCTAAGAT	8	16	0
AAATAAAAAGTTTTAATCAATAAAATCAAAAT	8	55	1
TTTAAACTATTTTATATGAAATTTGACAGTTT	8	145	0
TCGTTTTATATTATTAAATATTTGGAAGTTTA	8	173	0
TACAAAATTTTTTTTTAAAAATCTATCTTATA	8	205	0
ATCTTAGTAATTTTACAAAATTTTTTTTTAAA	8	218	0
       TGATTTAATTATAATTAGTATATAA	9	3	1
GAAATCAAAATATTTTATTATATACTAATTAT	9	20	0
ATACAAATTTTATTAAAGAAATCAAAATATTT	9	37	0
ATAAATATAATAAAATACAAATTTTATTAAAG	9	51	0
AAATTAAAGCTATTATATAAATATAATAAAAT	9	67	0
TAAAACTAATTTTAAATTAAAT          	10	0	0
TTTAATTTAATTTAAAACTAATTTTAAATTAA	10	12	0
ATTCTCCTCATTTAATTTAATTTAATTTAATT	10	32	0
ATTTAAATGGTAAAAATTAATTACTTTGAAAT	10	113	0
ATTTTTACCATTTAAATGTAAAAATATTTTTT	10	128	1
GTAAAAATATTTTTTGTTTATTGATGTATTTG	10	145	1
CATAAAAACTTTTTTTTGAATAGGGTCACCAG	10	217	0
TATGACTTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTA	11	62	1
CTCCTTATAATAAAAGAATATTTATATCATTT	12	19	1
CAATTTTGGCTTTTTTGTAAAAAATGATATAA	12	40	0
TTTCAATATCTTTTACAAAAATTCTTTCAAAA	12	78	0
GATAGGATATTTTTTTTCAATATCTTTTACAA	12	92	0
ATCCTATCCATATTACAATATTAATAGCATAA	12	116	1
TATTACTTTCTTTATATATAATGTGTTTAGGT	13	24	0
TTTAGTATAATAATATACTATAGGTATTATTA	13	51	0
TAGTATATTATTATACTAAATTAATTAAACAA	13	63	1
  TTTTTACCTTTTTGTTTAATTAATTTAGTA	13	76	0
TTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAAAGTC	14	16	0
AATAAAAAAATAATTTAAAAAA          	15	0	0
AATAAATAATTTTAATAAAAAAATAATTTAAA	15	13	0
TTTTAAAAAGTTAATAAATAATTTTAATAAAA	15	25	0
ATTAATCAAATATAATAAAAAACATAAAAAAA	16	21	0
TCTTATAAATTATATGATAATAAATTCTATAT	18	24	1
TTATATTGATTTATAATGAATTATATACTTGA	18	55	0
TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAA	18	92	0
          ***** * ****
MAP Score: 14.7326