AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237331
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0100	156	glutamate racemase (murI)
#1	BB0457	64	excinuclease ABC, subunit C (uvrC)
#2	BB0797	163	DNA mismatch repair protein (mutS)
#3	BB0799	49	conserved hypothetical protein
#4	BB0804	198	ribosomal protein S15 (rpsO)
#5	BB0809	26	tRNA-guanine transglycosylase (tgt)

Motif 1
TTTTTAGGGGTGATTATTATTTTGTA     	0	140	1
CAATTGTAATTCAATATTATTTAGGAAGCAT	2	142	1
TATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCT	2	80	1
TTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATA	0	82	1
TATTGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTAAA	0	31	1
TATTATAAAATAAATATAATTCAATTAAAAA	2	110	0
     TGTTGACATTATTTTTGCTAAGTGTT	3	5	1
ATTTAATAATTTATTATTAAAAATAACCCGA	4	58	1
AAACGCTATTTAATTATTAAAAAGCCTAATG	2	28	0
TTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTT	4	21	1
ATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTT	0	112	1
GCCTTATGATACAATATTATATCATAAGATG	1	13	1
ACGATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAAT	4	110	0
TTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCT	2	57	1
       TTATAAATATATTATGACATTTTA	4	3	1
TAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAAT	4	95	1
TATCATAAGATGATTTTTAAAATCTAAAAAC	1	32	1
CCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT      	2	4	0
AATTGATTTAACAATATTAATAAGTTAAGTA	0	16	0
ATATCCCAAATAATTATATATA         	5	1	0
TGAATTACAATTGATATTATAAAATAAATAT	2	124	0
TCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCA	4	133	1
TAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAA	0	64	0
AATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAA	4	33	1
GTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATTATT	4	45	1
          * *********
MAP Score: 33.7571

Motif 2
  CCTAAATACTTAACTTATTAATATTGTTAAATCAATTTTA	0	8	1
ATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAG	0	63	0
AAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATAT	0	72	1
ATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTAATATT	0	88	1
GATATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTAGGGGT	0	109	1
ACTTTACTTTTTAGGGGTGATTATTATTTTGTA         	0	133	1
GTTAGGCAGTTTTTAGATTTTAAAAATCATCTTATGATATAA	1	29	0
ATTTAAAACATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTTAAT	2	20	1
CGTTTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTTTATTA	2	54	1
ATATTTTTTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCTT	2	70	1
TTTTTATTATTTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATT	2	87	1
TCTTTTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAATTGTA	2	108	1
ATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTA	4	12	1
ATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAATA	4	41	1
AAAATAACTACTACGATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAA	4	111	0
          *      * ** *** * *  *
MAP Score: 15.2881

Motif 3
TAACTTATTAATATTGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTAAA	0	20	1
TAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTT	2	66	1
AACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAACT	0	77	1
TAACAAAAGCAATTTATCCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATA	4	69	0
AAAAAATATTATAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATG	4	119	1
TAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAGGTTTGTTAGAGCTTTGC	4	143	1
  TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTT	4	8	1
ATGATACAATATTATATCATAAGATGATTTTTAAAATCTAAA	1	18	1
TGAATTATATTTATTTTATAATATCAATTGTAATTCAATATT	2	118	1
 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGGCTTTTTAATAATTAAA	2	9	1
TAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTAGGGGTGATTA	0	114	1
AATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATTAT	4	33	1
TTATTATTTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATTTAT	2	90	1
TTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTAAGCTATAATAA	0	47	0
          ** ** *    *     ** **
MAP Score: 11.5463