AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237345
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0100	156	glutamate racemase (murI)
#1	BB0457	64	excinuclease ABC, subunit C (uvrC)
#2	BB0797	163	DNA mismatch repair protein (mutS)
#3	BB0799	49	conserved hypothetical protein
#4	BB0804	198	ribosomal protein S15 (rpsO)
#5	BB0809	26	tRNA-guanine transglycosylase (tgt)

Motif 1
CATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTG	0	79	1
TTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTT	2	77	1
GATATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTAC	0	109	1
AATACTTAACTTATTAATATTGTTAAATCAA	0	14	1
TAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAAT	4	95	1
AACATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGT	2	26	1
TTTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTATTAA	4	60	0
TTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATAT	2	97	1
TGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTAAAACT	0	34	1
TTTTTAGGGGTGATTATTATTTTGTA     	0	140	1
TTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATC	2	112	1
ATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTA	0	94	1
AATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAA	4	33	1
       TATATATAATTATTTGGGATATTT	5	3	1
          TTATAAATATATTATGACATT	4	0	1
ATATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTT	4	18	1
TTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTA	0	58	0
ATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTT	2	60	1
AAGCCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT   	2	7	0
          ** ********
MAP Score: 25.809

Motif 2
ACTTAACTTATTAATATTGTTAAATCAATTTTATTATAGCT	0	17	1
AATCAATTTTATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAAC	0	39	1
ACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTA	0	62	1
ACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTAA	0	85	1
ATGATACAATATTATATCATAAGATGATTTTTAAAATCTAA	1	18	1
        AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGGCTTTTTAA	2	2	1
CATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTTAATTGCGTAA	2	28	1
TAAATAGCGTTTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCT	2	47	1
AAATATTTTTTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTT	2	68	1
TTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATCA	2	103	1
        TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATAT	4	2	1
TTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTT	4	21	1
TATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAA	4	40	1
CCCGAAAAGGATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAA	4	84	1
       TATATATAATTATTTGGGATATTTAT        	5	3	1
          *****    **       ***
MAP Score: 16.0011

Motif 3
 CCTAAATACTTAACTTATTAATATTGTTAAATCAATTTTATTAT	0	9	1
ATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTA	0	37	0
AAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAAC	0	73	1
TAATTCTTGATATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTA	0	101	1
TTTTAGATTTTAAAAATCATCTTATGATATAATATTGTATCATAA	1	16	0
ATTTAATTATTAAAAAGCCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT   	2	7	0
AAAAAGACCATAAAAAAAATATTTTACGCAATTAAACGCTATTTA	2	47	0
ATTTTTTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCTTTTTAA	2	72	1
TTCTTTTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAATTGTAAT	2	107	1
          TGTTGACATTATTTTTGCTAAGTGTTAACCTTGAC	3	0	1
          TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATATTT	4	0	1
CATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTAT	4	27	1
TTTATCCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTATTAAATTGTT	4	54	0
AAAGGATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATAAT	4	89	1
TATTATAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAGGT	4	125	1
          TATATATAATTATTTGGGATATTTAT         	5	0	1
          *    *   * ** **    * * *
MAP Score: 10.2126