AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons010_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237354 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0328 300 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppA-1) #1 BB0329 120 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppA-2) #2 BB0330 142 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppA-3) #3 BB0332 123 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB-1) #4 BB0360 64 B. burgdorferi predicted coding region BB0360 #5 BB0748 80 B. burgdorferi predicted coding region BB0748 #6 BBA34 71 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppAV) #7 BBA35 300 B. burgdorferi predicted coding region BBA35 #8 BBB16 273 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppAIV) Motif 1 TATAAGAATTAAAGTAAAATTTAAATACAAGACA 0 150 1 GTTTGTTTTAAAATTTAACTTTAATTTCATAATT 1 72 0 CCTGTAAAGGAAATAAAAATTTAAGTTTTAATTT 7 124 0 GTTTTTTTTCAAATAAAATTTTAACCTTTACTTA 7 168 0 TATACATATAAAAAATAATTTTAAATTTAATTAT 8 51 0 CTTAAGAACAAAAAAGAAATTAAAACTTAAATTT 7 108 1 ATAATGCTAAAAAATGAACTATAATGACGA 7 6 0 TAAAATTAAGTAAAATAAGTAATTT 1 1 1 TTTACTATACAAATTAAAGTAAAATTTTGGCTTG 0 62 1 TATTATAAAAAAAAGATAGTTTAAAACTTATAAA 2 91 1 AAATAATACTAAAAACTATTTAAAATTATTAGAC 0 107 1 AATATAGGCAAAATTTAAATTTATAAAAACTTGT 8 237 1 TTTAAAACTTATAAATAATTTTAATTTGGGGGAA 2 110 1 GTTAAATTTTAAAACAAACTTTGAAATGGAGGTA 1 87 1 ATTCTTTATTAAAATTTATTAAAAAAGATTAATA 0 247 1 TTTTTATAATAAAGTCAATAAAAACCGTCCATAA 2 68 0 TTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCAT 4 23 0 ATTTAAAATTAAAACAAAATAAATATTCTTTATT 0 223 1 AAAATAATAAATCTAAATAAATCTAATTTACA 8 8 1 TTATAATATTAAATTTAATTAAATAAAAATCGTC 2 21 1 ATATCTACGGAAAGAAAATTATGAAATTAAAGTT 1 56 1 AATACAAGACAAATCAAAGTAAGACAAATCAAAG 0 173 1 GAATGAGAACAAAAAATATATAAAATA 0 283 1 TATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 4 46 1 TATAATAAACTTTATAATATTAAAT 2 1 1 AAAGGGATAAAAAGAATAATTTTAAAGAATAAAA 7 68 0 TATTAATTTTAAATCTTAATTTTAAAATTACTTA 1 25 0 ATTTAATGTAAAATGCTAATTTTATTTTAGAATA 8 151 1 CTATAGCTTGAAAAACAATAAAGACTATATGATA 3 50 1 ATTTTATTTGAAAAAAAACAAAGAGGGATATATA 7 183 1 TTTATTTCAAATATTCAATTTTTATTAGCAAA 6 8 0 TTACAAATAGATAAATAATTAAATTTAAAATTAT 8 37 1 CTACTTGTAAATATAGTATATTAAGAATATAATT 5 47 1 TTTACATTAAATAAGCAAAATAATTGATCTTATA 8 129 0 ATTTTATTATATATGAAATATAATTTCACATTAA 8 206 0 GCTTGCAACAATAGACAAATAATACTAAAAACTA 0 91 1 AAAACCGTCCATAAGGAATAAATAATAGACGATT 2 48 0 *** ** ***** MAP Score: 49.9559 Motif 2 ACTATACAAATTAAAGTAAAATTTTGGCTTGC 0 65 1 AACTACTCAATAAAACTACAATCTAAAGCAAT 5 10 1 ATTATAAGAATTAAAGTAAAATTTAAATACAA 0 148 1 TTTGCTAATAAAAATTGAATATTTGAAATA 6 8 1 AAAAAGAAATTAAAACTTAAATTTTTATTTCC 7 118 1 GATAAATAATTAAATTTAAAATTATTTTTTAT 8 46 1 TTTTGCTTATTTAATGTAAAATGCTAATTTTA 8 143 1 AATTATGAAATTAAAGTTAAATTTTAAAACAA 1 72 1 TTATTTTGTTTTAATTTTAAATATGTATGCCT 0 213 0 TCCGTAGATATTAATTTTAAATCTTAATTTTA 1 35 0 CTTTATAATATTAAATTTAATTAAATAAAAAT 2 19 1 ATGCAAAAATTAAAACTTGATTTTATTTCCAT 4 23 1 ATATTCTTTATTAAAATTTATTAAAAAAGATT 0 245 1 AAGTAAAGGTTAAAATTTTATTTGAAAAAAAA 7 169 1 CAAGTTTTTATAAATTTAAATTTTGCCTATAT 8 238 0 AAAACTTCTTTAAAACTACAAATAGGGTCTTA 7 249 1 TTTTTATTTTAAAACTACAAATAAGGCCTTA 7 279 0 ATTTTAAATCTTAATTTTAAAATTACTTATTT 1 22 0 AATGCTAATTTTATTTTAGAATAATTTAAGTG 8 162 1 AAAATAATAAATCTAAATAAATCTAATTT 8 7 1 TCGTCATTATAGTTCATTTTTTAGCATT 7 6 1 ACTTTAATTCTTATAATAAAAAAAGTCTAATA 0 133 0 AATAGACAAATAATACTAAAAACTATTTAAAA 0 100 1 TTTATTGACTTTATTATAAAAAAAAGATAGTT 2 80 1 TTCCATAATATAATATTTTAAAACT 4 49 1 TCTCTTTGTTTTATTCTTTAAAATTATTCTTT 7 60 1 TAACTACTTGTAAATATAGTATATTAAGAATA 5 44 1 AAAAGTCTAATAATTTTAAATAGTTTTTAGTA 0 113 0 TAATGTGAAATTATATTTCATATATAATAAAA 8 207 1 TCTCCAATGGTTATTATACATATAAAAAATAA 8 67 0 CTATAGTTGATAATTTTTGATAGAATAGGAGG 3 24 0 TTCCCCCAAATTAAAATTATTTATAAGTTTTA 2 112 0 TAAAACAAAATAAATATTCTTTATTAAAATTT 0 232 1 TCATTCTTTATTAATCTTTTTTAATAAATTTT 0 257 0 ***** ** *** MAP Score: 42.4076 Motif 3 AGAATAATTTTAAAGAATAAAACAAAGAGATTGATTTTTT 7 50 0 AATTTACAAATAGATAAATAATTAAATTTAAAATTATTTT 8 34 1 CATTTTACATTAAATAAGCAAAATAATTGATCTTATATTG 8 126 0 TTAATTCTTATAATAAAAAAAGTCTAATAATTTTAAATAG 0 122 0 ATACCTTATTTACTATACAAATTAAAGTAAAATTTTGGCT 0 54 1 TTGATAATGCTAAAAAATGAACTATAATGACGA 7 3 0 CTTGCAACAATAGACAAATAATACTAAAAACTATTTAAAA 0 92 1 TTATATTTCATATATAATAAAATATAGGCAAAATTTAAAT 8 217 1 TAATAAACTTTATAATATTAAATTTAATTAAATAAAAATC 2 12 1 TTTTTTAGCATTATCAAGAAATACAAAAAATCAATCTCTT 7 26 1 TAAAATTAAGTAAAATAAGTAATTTTAAAATT 1 2 1 AAAATAATAAATCTAAATAAATCTAATTTA 8 0 1 GGCATACATATTTAAAATTAAAACAAAATAAATATTCTTT 0 214 1 CTATCTTTTTTTTATAATAAAGTCAATAAAAACCGTCCAT 2 70 0 TGAATATTTGAAATAAAAAAAGGATATTCAATCAGCTAAA 6 25 1 TTATTAATCTTTTTTAATAAATTTTAATAAAGAATATTTA 0 242 0 TAAAAAAGATTAATAAAGAATGAGAACAAAAAATATATAA 0 266 1 TTTTTATTTTAAAACTACAAATAAGGCCTTAAGA 7 276 0 AAAATTTAAATACAAGACAAATCAAAGTAAGACAAATCAA 0 165 1 ACATTAACGTTATTAAAAGCACTTAAATTATTCTAAAATA 8 173 0 AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTT 4 34 0 AAAAAAAAGATAGTTTAAAACTTATAAATAATTTTAATTT 2 97 1 TAAAACTACAATCTAAAGCAATTTTAACTACTTGTAAATA 5 20 1 ** * ** ** ** * MAP Score: 24.8371 Motif 4 TTTCACACCATTATACCTTATTTACTATACAAATTAAA 0 42 1 GTTGCAAGCCAAAATTTTACTTTAATTTGTATAGTAAA 0 62 0 TCTAATAATTTTAAATAGTTTTTAGTATTATTTGTCTA 0 102 0 CTATTTAAAATTATTAGACTTTTTTTATTATAAGAATT 0 122 1 TGTCTTGTATTTAAATTTTACTTTAATTCTTATAATAA 0 146 0 TAAAGAATATTTATTTTGTTTTAATTTTAAATATGTAT 0 217 0 AACAAAATAAATATTCTTTATTAAAATTTATTAAAAAA 0 235 1 TTCTCATTCTTTATTAATCTTTTTTAATAAATTTTAAT 0 254 0 TATTTTATATATTTTTTGTTCTCATTCTTT 0 280 0 TTTTAAAATTACTTATTTTACTTAATTTTA 1 2 0 AAGTAATTTTAAAATTAAGATTTAAAATTAATATCTAC 1 26 1 AATTTAACTTTAATTTCATAATTTTCTTTCCGTAGATA 1 57 0 TTTCAAAGTTTGTTTTAAAATTTAACTTTAATTTCATA 1 75 0 ATAAACTTTATAATATTAAATTTAATTAAATAAAAATC 2 14 1 AAGGAATAAATAATAGACGATTTTTATTTAATTAAATT 2 32 0 TATGGACGGTTTTTATTGACTTTATTATAAAAAAAAGA 2 69 1 ATTTATAAGTTTTAAACTATCTTTTTTTTATAATAAAG 2 88 0 AGTTTAAAACTTATAAATAATTTTAATTTGGGGGAAAG 2 108 1 TTGTAAATAGATATTGATAACTTACGTATTAGTCAATT 3 85 0 TTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTAGG 4 19 0 TTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 4 44 1 TTACAAGTAGTTAAAATTGCTTTAGATTGTAGTTTTAT 5 19 0 GTAATTATATTCTTAATATACTATATTTACAAGTAGTT 5 45 0 TTTTTATTTCAAATATTCAATTTTTATTAGCAAA 6 6 0 TTTAGCTGATTGAATATCCTTTTTTTATTTCAAATATT 6 27 0 TCAATCTCTTTGTTTTATTCTTTAAAATTATTCTTTTT 7 56 1 AAATTTAAGTTTTAATTTCTTTTTTGTTCTTAAGGGAT 7 104 0 TTTTCAAATAAAATTTTAACCTTTACTTATATGTTTAG 7 159 0 TTAGACAAATATATATCCCTCTTTGTTTTTTTTCAAAT 7 188 0 CTTAAGGCCTTATTTGTAGTTTTAAAATAAAAA 7 277 1 TAAATTAGATTTATTTAGATTTATTATTTT 8 2 0 ATAATTTTAAATTTAATTATTTATCTATTTGTAAATTA 8 33 0 ATAATTAAATTTAAAATTATTTTTTATATGTATAATAA 8 51 1 TATATTGAAAAGATTATAATCTTTTATTGCTTGCTCTC 8 95 0 TATTTAATGTAAAATGCTAATTTTATTTTAGAATAATT 8 150 1 TTTTAGAATAATTTAAGTGCTTTTAATAACGTTAATGT 8 175 1 TCCTTACAAGTTTTTATAAATTTAAATTTTGCCTATAT 8 238 0 * *** **** ** MAP Score: 14.9373 Motif 5 TTTCACACCATTATACCTTATTTACTATACAAATTAAAGTAAA 0 42 1 CAATAGACAAATAATACTAAAAACTATTTAAAATTATTAGACT 0 99 1 TTTTTTATTATAAGAATTAAAGTAAAATTTAAATACAAGACAA 0 142 1 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