AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons010_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237367 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0328 300 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppA-1) #1 BB0329 120 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppA-2) #2 BB0330 142 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppA-3) #3 BB0332 123 oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB-1) #4 BB0360 64 B. burgdorferi predicted coding region BB0360 #5 BB0748 80 B. burgdorferi predicted coding region BB0748 #6 BBA34 71 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppAV) #7 BBA35 300 B. burgdorferi predicted coding region BBA35 #8 BBB15 218 B. burgdorferi predicted coding region BBB15 #9 BBB16 273 oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (oppAIV) Motif 1 TATTATAAAAAAAAGATAGTTTAAAACTTATAAAT 2 91 1 TTATACATATAAAAAATAATTTTAAATTTAATTAT 9 51 0 AAAATCCCTAAAATAATGATTTAAAGAAATAAAAA 8 101 0 AGTAAAGGTTAAAATTTTATTTGAAAAAAAACAAA 7 170 1 CAATTCATTGAAAACTTCTTTAAAACTACAAATAG 7 239 1 TTAATTTATCAAAAATTGTTTGCAATGATCTAATA 8 65 0 GAATGAGAACAAAAAATATATAAAATA 0 283 1 GTTAAATTTTAAAACAAACTTTGAAATGGAGGTAT 1 87 1 TGCAAAAATTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATA 4 24 1 AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAA 4 43 0 AACAATAGACAAATAATACTAAAAACTATTTAAAA 0 97 1 TATTAATTTTAAATCTTAATTTTAAAATTACTTAT 1 24 0 GATCTAATAAAAAATATATTATTATGTTCACTAGT 8 39 0 AAAGAGTTTAAAAACTTTCTTATATATTTCTAACA 8 165 0 ATTCTTTATTAAAATTTATTAAAAAAGATTAATAA 0 247 1 TTAAAGAAATAAAAAATTAATTTATCAAAAATTGT 8 81 0 AAAATAATAAATCTAAATAAATCTAA 9 1 1 AAAAGCACTTAAATTATTCTAAAATAAAATTAGCA 9 164 0 TTGCAAGCCAAAATTTTACTTTAATTTGTATAGTA 0 64 0 TCTTGTATTTAAATTTTACTTTAATTCTTATAATA 0 147 0 GAAAATTATGAAATTAAAGTTAAATTTTAAAACAA 1 69 1 AAATATAGGCAAAATTTAAATTTATAAAAACTTGT 9 236 1 AAGGAAATAAAAATTTAAGTTTTAATTTCTTTTTT 7 117 0 AAATCTAAATAAATCTAATTTACAAATAGATAAAT 9 18 1 ACTACTCAATAAAACTACAATCTAAAGCAATTTTA 5 11 1 TAAATTTATAAAAACTTGTAAGGATGCTTGT 9 252 1 TAAAATTAAGTAAAATAAGTAATTTT 1 1 1 CTAATGTTATAAATCAACAATTCATTGAAAACTTC 7 222 1 AATGCTAAACAAAAGTAGCAACCAAAAATCCCTAA 8 125 0 TGAATATTTGAAATAAAAAAAGGATATTCAATCAG 6 25 1 TATTCTATCAAAAATTATCAACTATAGCTTGAAAA 3 29 1 TCCCCCAAATTAAAATTATTTATAAGTTTTAAACT 2 108 0 TTTATAATATTAAATTTAATTAAATAAAAATCGTC 2 20 1 TATAATAAACTTTATAATATTAAATTT 2 2 1 TTTACAGGCCTAAACATATAAGTAAAGGTTAAAAT 7 150 1 TCTCCTTTGATAAAAAAATTATAAACTAGTGAACA 8 15 1 TTTGCTAATAAAAATTGAATATTTGAAATA 6 5 1 ATTTTAAATTTAATTATTTATCTATTTGTAAATTA 9 33 0 ATTTGTATAGTAAATAAGGTATAATGGTGTGAAAT 0 41 0 CATACATATTTAAAATTAAAACAAAATAAATATTC 0 216 1 TAATATTAAACAAGCATACATTTTTGAAAAC 0 6 1 **** ** ** ** MAP Score: 46.862 Motif 2 GGAAAGAAAATTATGAAATTAAAGTTAAATTTT 1 64 1 TTACAAGTTTTTATAAATTTAAATTTTGCCTAT 9 240 0 AAACTTTATAATATTAAATTTAATTAAATAAAA 2 16 1 CTTTCCGTAGATATTAATTTTAAATCTTAATTT 1 37 0 TTTACTATACAAATTAAAGTAAAATTTTGGCTT 0 62 1 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AAAGGGATAAAAAGAATAATTTTAAAGAATAAAACAAAGA 7 62 0 CTAAACATATAAGTAAAGGTTAAAATTTTATTTGAAAAAA 7 159 1 AAAATCCCTAAAATAATGATTTAAAGAAATAAAAAATTAA 8 96 0 GTAATTTTAAAATTAAGATTTAAAATTAATATCTACGGAA 1 28 1 TTATACATATAAAAAATAATTTTAAATTTAATTATTTATC 9 46 0 AATCTTTTTTAATAAATTTTAATAAAGAATATTTATTTTG 0 237 0 ATATAGGCAAAATTTAAATTTATAAAAACTTGTAAGGATG 9 238 1 AAAATTTATTAAAAAAGATTAATAAAGAATGAGAACAAAA 0 257 1 TCTTATAATAAAAAAAGTCTAATAATTTTAAATAGTTTTT 0 117 0 AACAATAGACAAATAATACTAAAAACTATTTAAAATTATT 0 97 1 ATATCTACGGAAAGAAAATTATGAAATTAAAGTTAAATTT 1 56 1 AAGAAATAAAAAATTAATTTATCAAAAATTGTTTGCAATG 8 73 0 AAGCAATGCTAAACAAAAGTAGCAACCAAAAATCCCTAAA 8 124 0 ACTACTTGTAAATATAGTATATTAAGAATATAATTACAAG 5 46 1 ATTGTTTTTCAAGCTATAGTTGATAATTTTTGATAGAATA 3 29 0 CTACAATCTAAAGCAATTTTAACTACTTGTAAATATAGTA 5 25 1 CGTTAATGTGAAATTATATTTCATATATAATAAAATATAG 9 204 1 CTTTCCCCCAAATTAAAATTATTTATAAGTTTTAAACTAT 2 106 0 AAAGAATGAGAACAAAAAATATATAAAATA 0 280 1 TAGAAATATATAAGAAAGTTTTTAAACTCTTTAAAAGGTG 8 168 1 ACAAAAAAGAAATTAAAACTTAAATTTTTATTTCCTTTAC 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