AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons011_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237389 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0277 45 flagellar motor switch protein (fliN) #1 BB0278 37 flagellar motor switch protein (fliM) #2 BB0279 48 flagellar protein (fliL) #3 BB0282 22 flagellar protein (flbD) #4 BB0293 23 flagellar basal-body rod protein (flgC) #5 BB0294 33 flagellar basal-body rod protein (flgB) #6 BB0301 35 cell division protein (divIB) #7 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #8 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #9 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #10 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #11 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #12 BB0518 23 heat shock protein 70 (dnaK-2) #13 BB0519 158 grpE protein (grpE) #14 BB0599 51 cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) #15 BB0602 25 chaperonin, putative #16 BB0655_BB0656 107 BB0655: heat shock protein (dnaJ-2), BB0656: oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative #17 BB0714 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0714 Motif 1 TTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 14 22 0 TAATTAAACCTAAATTTTTAAAAGACCAATT 16 6 0 AATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 4 0 TAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 6 0 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATG 2 9 1 CTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGAT 17 203 0 GATAAAGCATTTTATCTTTAAAAAAAATATTTTAC 13 121 0 AGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA 11 14 1 ACACTATTACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATC 13 31 1 TATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 10 27 1 ATAACAATATGTATCAATATAACACTATTACTGA 13 9 1 GCCTAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGA 17 22 1 CCTTATTTATTGTATTTTTTAAATATATTTTAATA 16 61 0 TATATAAAGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAA 16 46 1 AAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 9 26 0 AAGAAAGAAAAAAATTTGTAAAATATTTTTTTTAA 13 104 1 ATCAATCCCTTTAATACACTTTATTA 11 34 0 AAAATTTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTAT 16 23 1 TTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGATAAAT 9 58 1 TTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 15 1 CTTGCCTGTATTTATTGCTAAATAAGCGGTGAGCT 17 99 0 ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA 4 1 1 * *** ***** * MAP Score: 34.3395 Motif 2 AGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAAATACAAT 16 53 1 TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAG 5 0 1 ATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAA 10 17 1 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGG 1 4 1 GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 21 1 TTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTATAAATA 16 28 1 TTTCCTCCTTTGATAAAGCATTTTATCTTTAAAAA 13 132 0 TTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAAT 2 17 1 ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA 4 7 1 ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT 9 26 1 AGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA 11 14 1 GTTTTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTT 0 15 1 TTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 8 0 TTTTATCTTTAAAAAAAATATTTTACAAATTTTTT 13 112 0 ATACTAAAAAAACAATCTTAGA 3 2 0 ACATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCT 14 29 0 GCCTAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGA 17 22 1 TTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTATTATTAAGTA 14 13 0 TTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGGCA 17 214 1 AAAGGGTGATTTATCAGCTATCTAATATATTGATT 9 66 0 * **** ** *** MAP Score: 25.8664 Motif 3 AGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAG 0 11 1 AAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT 0 27 1 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA 1 4 1 GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 21 1 CATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 2 8 0 TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGG 5 0 1 AAGATTTTAGAATGAGGTTTGA 7 6 1 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA 9 6 1 AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT 9 25 1 TTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 10 7 0 ATTTTGAGCATTTGTAAGATGTATATTTTTCTTAAG 13 47 0 AATGAATCAATTTTATTAAATTTCAAGAAAGAAAAA 13 80 1 GTAAAATATTTTTTTTAAAGATAAAATGCTTTATCA 13 121 1 ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTATTT 14 6 1 ATAAATTAGATTTTTTATTTTTTCAATTTTGAGAAA 14 22 1 AAGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAAATACAAT 16 52 1 ATCGCACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGA 17 203 1 GTCAGCTTAATTTCATTGACCTAAAAGAGAGTTTTA 17 273 1 ** *** * ** ** MAP Score: 14.2119 Motif 4 ACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAAC 0 15 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA 1 6 1 ATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 23 1 TCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAG 2 16 0 TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT 3 2 1 TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGG 5 2 1 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAA 9 9 1 CAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAA 9 28 0 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTA 11 0 1 CAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCA 11 24 0 TTAGAAAAAAGGAGGTTTATAAT 12 8 1 AAGCTTTCAGTAATAGTGTTATATTGATACATAT 13 16 0 GCTCAAAATGAATCAATTTTATTAAATTTCAAGA 13 74 1 TATCTTTAAAAAAAATATTTTACAAATTTTTTTC 13 110 0 TTTTAAAGATAAAATGCTTTATCAAAGGAGGAAA 13 133 1 AAAAATAAAAAATCTAATTTATTATTAAGTACGT 14 10 0 AATTGGTCTTTTAAAAATTTAGGT 16 0 1 ATTTATACTTTATATATGTTATAATTAAACCTAA 16 28 0 TTGTATTTTTTAAATATATTTTAATATTTATACT 16 53 0 AATCTCCTTCAATCTACCTTATTTATTGTATTTT 16 78 0 AGGTAGATTGAAGGAGATTTTTTA 16 93 1 TCTTGCTCCTAATGAGGTTTATCTTGCCTGTATT 17 122 0 CATTGACCTAAAAGAGAGTTTTAA 17 286 1 *** * ****** MAP Score: 5.4215 Motif 5 ATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 9 0 ATTCAACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAA 0 22 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAA 1 4 1 GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 21 1 TTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 2 2 0 TTAAAAGCAATTTTAAATGAGG 5 0 1 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGT 9 7 1 TTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTT 9 28 1 GTTTATAACAATTTGATTAATTTG 10 2 0 TATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 10 27 1 TACTTTTTCATTATAATTCTTATT 11 2 0 TAGTGTTATATTGATACATATTGTTAT 13 5 0 TACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATCTTAC 13 38 1 AATTGATTCATTTTGAGCATTTGTAAGATGTA 13 60 0 TTTCTTGAAATTTAATAAAATTGATTCATTTT 13 78 0 AAAAAATATTTTACAAATTTTTTTCTTTCTTG 13 103 0 CATTTTATCTTTAAAAAAAATATTTTACAAAT 13 117 0 TAAATTAGATTTTTTATTTTTTCAATTTTGAG 14 23 1 ACGCTGGAGGTTATGATCAATAA 15 12 1 AATTGGTCTTTTAAAAATTTAGGTTTAATT 16 8 1 TTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTATAA 16 28 1 TAAATATATTTTAATATTTATACTTTATATAT 16 45 0 TATTGTATTTTTTAAATATATTTTAATATTTA 16 57 0 ****** **** MAP Score: 5.20172 Motif 6 ATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 6 0 TATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT 0 23 1 AAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAAT 1 13 0 TTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 2 6 0 TAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAATT 2 21 1 ATACTAAAAAAACAATCTTAGA 3 6 0 TTACATTCCTTAAGATATTAAT 4 0 0 AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 8 0 TATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT 9 29 1 TTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTG 9 55 1 CAAATTAATCAAATTGTTATAAA 10 1 1 AAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 10 30 1 ATAACAATATGTATCAATATAACACTAT 13 6 1 ACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATCTTACA 13 39 1 CAAATGCTCAAAATGAATCAATTTTATTAAAT 13 69 1 TTCTTTCTTGAAATTTAATAAAATTGATTCAT 13 81 0 AAATTTCAAGAAAGAAAAAAATTTGTAAAATA 13 97 1 TTTATCTTTAAAAAAAATATTTTACAAATTTT 13 114 0 ATATTTTTTTTAAAGATAAAATGCTTTATCAA 13 126 1 ATAAAAAATCTAATTTATTATTAAGTACGT 14 8 0 CAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTATT 14 21 0 ATAACATATATAAAGTATAAATATTAAAATAT 16 40 1 AAGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAAATA 16 52 1 CACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGA 17 103 1 TTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATG 17 214 1 *** ******* MAP Score: 3.97828