AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons011_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237397 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0277 45 flagellar motor switch protein (fliN) #1 BB0278 37 flagellar motor switch protein (fliM) #2 BB0279 48 flagellar protein (fliL) #3 BB0282 22 flagellar protein (flbD) #4 BB0293 23 flagellar basal-body rod protein (flgC) #5 BB0294 33 flagellar basal-body rod protein (flgB) #6 BB0301 35 cell division protein (divIB) #7 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #8 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #9 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #10 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #11 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #12 BB0518 23 heat shock protein 70 (dnaK-2) #13 BB0519 158 grpE protein (grpE) #14 BB0520 101 B. burgdorferi predicted coding region BB0520 #15 BB0599 51 cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) #16 BB0602 25 chaperonin, putative #17 BB0655_BB0656 107 BB0655: heat shock protein (dnaJ-2), BB0656: oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative #18 BB0714 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0714 Motif 1 AATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 4 0 TAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 6 0 TAATTAAACCTAAATTTTTAAAAGACCAATT 17 6 0 CTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGAT 18 203 0 GATAAAGCATTTTATCTTTAAAAAAAATATTTTAC 13 121 0 TTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 15 22 0 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATG 2 9 1 ATAACAATATGTATCAATATAACACTATTACTGA 13 9 1 CCTTATTTATTGTATTTTTTAAATATATTTTAATA 17 61 0 ACACTATTACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATC 13 31 1 AGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA 11 14 1 GCCTAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGA 18 22 1 AAGAAAGAAAAAAATTTGTAAAATATTTTTTTTAA 13 104 1 TATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 10 27 1 TATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATAT 9 21 1 TTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 15 1 TTAATATTAGGGTATTTTTAAAATATGGGTGAGTA 14 74 0 TATATAAAGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAA 17 46 1 TTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGATAAAT 9 58 1 CTTGCCTGTATTTATTGCTAAATAAGCGGTGAGCT 18 99 0 ATCAATCCCTTTAATACACTTTATTA 11 34 0 ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA 4 1 1 AAAATTTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTAT 17 23 1 * *** ***** * MAP Score: 31.8025 Motif 2 TGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTT 0 14 1 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGG 1 3 1 AGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA 1 20 1 TCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAA 2 15 1 ATACTAAAAAAACAATCTTAGA 3 2 0 ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA 4 6 1 ACCTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA 5 1 0 TTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 8 0 AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT 9 25 1 AATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAA 10 16 1 AAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA 11 13 1 TTTTTCTTTCTTGAAATTTAATAAAATTGATTCATT 13 80 0 ATTTTATCTTTAAAAAAAATATTTTACAAATTTTTT 13 112 0 TTTTCCTCCTTTGATAAAGCATTTTATCTTTAAAAA 13 132 0 AGGTAAATAATAAGCAATAATACATTAAATTA 14 6 1 GCAATAATACATTAAATTACAACAAAAAAATTAATA 14 23 1 ACGTACTTAATAATAAATTAGATTTTTTATTT 15 6 1 TTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 15 22 0 TTTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTATAAATA 17 27 1 AAGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAAATACAAT 17 52 1 TGCCTAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGA 18 21 1 TTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGGCA 18 213 1 ** **** ** * * MAP Score: 27.5402 Motif 3 TAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 4 0 TTTTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAG 0 16 1 TAAATTTAAAAGAATTTTAAA 1 0 1 AAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAA 1 14 0 ATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC 2 8 0 TAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 10 0 ATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT 9 30 1 TAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 10 29 1 AATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTAT 11 16 1 ACAAATGCTCAAAATGAATCAATTTTATTAA 13 68 1 AAGAAAGAAAAAAATTTGTAAAATATTTTTT 13 104 1 ATATTTTTTTTAAAGATAAAATGCTTTATCA 13 126 1 AGGTAAATAATAAGCAATAATACA 14 3 1 AAATTACAACAAAAAAATTAATAGCTTGGCA 14 36 1 CAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 15 22 0 TAATTAAACCTAAATTTTTAAAAGACCAATT 17 10 0 ATATAAAGTATAAATATTAAAATATATTTAA 17 47 1 AAAATATATTTAAAAAATACAATAAATAAGG 17 65 1 TTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGATCTAC 18 199 0 TTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGAT 18 214 1 ***** ***** MAP Score: 14.5924 Motif 4 ATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 5 0 TCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA 1 4 0 TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTC 1 21 0 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAAT 2 7 1 ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA 4 7 1 CCTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA 5 0 0 TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGTTAGG 6 7 1 TTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 7 0 GCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAA 9 27 0 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGAT 10 17 0 AGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAA 11 14 1 ATTTGTAAGATGTATATTTTTCTTAAGCTTTCAGTA 13 38 0 AATATACATCTTACAAATGCTCAAAATGAATCAATT 13 56 1 TTTTATTAAATTTCAAGAAAGAAAAAAATTTGTAAA 13 90 1 TTGATAAAGCATTTTATCTTTAAAAAAAATATTTTA 13 122 0 TAAAATGCTTTATCAAAGGAGGAAAA 13 142 1 ATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTA 15 23 0 TTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTATAAATAT 17 28 1 TATTGTATTTTTTAAATATATTTTAATATTTATACT 17 53 0 TCTGCGACACTTTCTTAGGTTTAAAACCCCTAGGCA 18 21 0 ATCTTGCCTGTATTTATTGCTAAATAAGCGGTGAGC 18 100 0 CTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGA 18 204 0 *** ** * **** MAP Score: 11.388 Motif 5 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAA 1 2 1 AATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAA 2 12 1 TAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 9 26 0 ATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGATAAAT 9 54 1 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATA 11 0 1 ATAACAATATGTATCAATATAACACTATTACTGA 13 5 1 ACTATTACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATCTTACAA 13 33 1 AATTTTATTAAATTTCAAGAAAGAAAAAAATTTGTAAAA 13 88 1 AGGTAAATAATAAGCAATAATACATTAAATTACA 14 5 1 TAATACATTAAATTACAACAAAAAAATTAATAGCTTGGC 14 27 1 ACATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 15 22 0 TTTAAAAATTTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGTAT 17 19 1 TATAACATATATAAAGTATAAATATTAAAATATATTTAA 17 39 1 ATTAAAATATATTTAAAAAATACAATAAATAAGGTAGAT 17 62 1 ACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGG 18 208 1 ** ** ** ** * * MAP Score: 5.49502 Motif 6 TTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 4 0 AATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAAT 2 12 1 TTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAA 9 28 0 AAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAA 10 11 1 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGT 11 3 1 TATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGA 11 19 1 CTATTACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATCTTACAAAT 13 34 1 ACATTTCTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 15 22 0 AACATATATAAAGTATAAATATTAAAATATATTTAAAAAA 17 42 1 ATATTAAAATATATTTAAAAAATACAATAAATAAGGTAGA 17 60 1 TAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGAAAATTACC 18 25 1 CGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGGCA 18 209 1 ** * * *** * * * MAP Score: 3.95006 Motif 7 TAGTTGTTTTATTTATTAAAACT 0 0 1 CCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA 1 6 0 TTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAA 2 18 0 TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT 3 2 1 TTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCA 9 38 1 TAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATT 11 16 0 AATATTTTACAAATTTTTTTCTTTCTTGAAATT 13 98 0 AAAAAATTTGTAAAATATTTTTTTTAAAGATAA 13 112 1 GCCAAGCTATTAATTTTTTTGTTGTAATTTAAT 14 33 0 AATAATAAATTAGATTTTTTATTTTTTCAATTT 15 18 1 ATTTATACTTTATATATGTTATAATTAAACCTA 17 29 0 ** ****** ** MAP Score: 1.15108 Motif 8 TTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 0 4 0 TTCAACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAAAT 0 20 0 TAAATTTAAAAGAATTTTAAATT 1 0 1 TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAA 1 14 0 GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGA 2 3 1 AAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 9 4 0 TTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAG 9 34 0 TGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 10 2 0 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAA 10 26 0 TATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 11 6 0 ATCAATCCCTTTAATACACTTTATTA 11 34 0 TTACTGAAAGCTTAAGAAAAATATACATCTTAC 13 37 1 CTTTCTTGAAATTTAATAAAATTGATTCATTTT 13 78 0 GAAAGAAAAAAATTTGTAAAATATTTTTTTTAA 13 106 1 TTGTAAAATATTTTTTTTAAAGATAAAATGCTT 13 119 1 AGGTAAATAATAAGCAATAATACATTAAATTA 14 9 1 AAATTACAACAAAAAAATTAATAGCTTGGCAAA 14 36 1 AATACTCACCCATATTTTAAAAATACCCTAATA 14 72 1 AAAAATCTAATTTATTATTAAGTACGT 15 4 0 CTCAAAATTGAAAAAATAAAAAATCTAATTTAT 15 22 0 ATTAAACCTAAATTTTTAAAAGACCAATT 17 6 0 AAAATTTAGGTTTAATTATAACATATATAAAGT 17 23 1 ATAACATATATAAAGTATAAATATTAAAATATA 17 40 1 TAAATATTAAAATATATTTAAAAAATACAATAA 17 57 1 ATATTTAAAAAATACAATAAATAAGGTAGATTG 17 70 1 GCGACACTTTCTTAGGTTTAAAACCCCTAGGCA 18 21 0 TCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGA 18 102 1 CTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGAT 18 203 0 **** ***** * MAP Score: 0.581864