AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237409
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0253	275	ATP-dependent protease LA (lon-1)
#1	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#2	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#3	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#4	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#5	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#6	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#7	BB0373	124	B. burgdorferi predicted coding region BB0373
#8	BB0610	300	trigger factor (tig)
#9	BB0612	23	ATP-dependent Clp protease, subunit X (clpX)
#10	BB0757	176	ATP-dependent Clp protease proteolytic component (clpP-2)

Motif 1
TTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG     	5	5	0
TTGCAAAAGCTTTTAAGTTTTTGTATACTATTTTGAG	8	64	1
TTTTTGTGCTTTTTTATCATTTAAAAACCTTTTATTT	10	130	1
TTTACTTAATTTGTAAAATTTAGAGTATTTTTTAACT	10	28	1
TTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTA	0	125	1
TTTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTTGATTAA	10	46	1
TATAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAAT	10	10	1
TAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTC	0	19	1
   AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAA	4	7	1
GAGTGCGAAATTATTATTTATTTAGTAGATTAGGCAT	8	25	1
CGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAAATTTAA	8	259	1
AGCAAAAGACTAATAAATCTTTAATCAAGCTTCATTA	10	66	0
GCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT	4	26	0
TTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTT	6	13	0
TAATAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATGGTGA	0	66	0
AAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAATTATGACCATTA	0	160	0
TATATCATATTATTTATTAATTGTCTATCTATTAGTA	7	43	1
TAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAAT	0	182	1
GAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAAT	0	200	0
TCAATTTTTGAATTAAGCTTTTTTGAAGAGATTTTT 	7	98	1
AAAAATTGAGATATAATAAATACATTATACTAATAGA	7	70	0
ATGGTGAAGTTAGTAAAGAATAATCCTTGAAAAATCG	0	36	0
TTTATCAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAA	4	55	0
          ** ***   *** *  *
MAP Score: 21.7344

Motif 2
CCATAAAATATTTGTTTTGTTATAATTAGCTTAGGA	0	236	1
TAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAATT	10	12	1
TTTAAAAACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCAT	10	149	1
AATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAA	0	187	0
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA	4	6	1
          TTTTATTTTCGGTAAAAGTTTTT   	9	0	1
TACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT	6	10	0
ATTTTTGTGCTTTTTTATCATTTAAAAACCTTTTAT	10	129	1
AAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATAT	4	41	1
TGACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATC	0	133	0
ATTAATTGTCTATCTATTAGTATAATGTATTTATTA	7	58	1
AAATTTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTTGA	10	43	1
GCTTTTAAGTTTTTGTATACTATTTTGAGTATGAAG	8	72	1
TATCTCAATTTTTGAATTAAGCTTTTTTGAAGAGAT	7	94	1
TAACCATGTATATCATATTATTTATTAATTGTCTAT	7	35	1
TTATTAGTCTTTTGCTTTTCAGAAATTAAGTGCAAT	10	87	1
CTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTAT	0	18	1
CCGCTAAAACTATACCATTCGATAATAAGCATAATA	0	98	0
AATCCCGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAA	8	254	1
GTATAATGTATTTATTATATCTCAATTTTTGAATTA	7	77	1
          ***  ***    ****
MAP Score: 13.983

Motif 3
TATCATTTAAAAACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCATT    	10	144	1
TAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGC	4	39	1
CTATTAGTATAATGTATTTATTATATCTCAATTTTTGAATTAAGCT	7	71	1
ATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTCTTTACTAACTTCA	0	23	1
      TATAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAATTTA	10	4	1
GGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATT	4	11	1
TATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG       	5	3	0
ATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGA	0	186	1
ATAACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTT	0	213	0
CATGTATATCATATTATTTATTAATTGTCTATCTATTAGTATAATG	7	39	1
CATACTTGCAAAAGCTTTTAAGTTTTTGTATACTATTTTGAGTATG	8	59	1
ACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTATTATGCTTATTATC	0	68	1
GAAGCTTGATTAAAGATTTATTAGTCTTTTGCTTTTCAGAAATTAA	10	70	1
ATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT         	6	1	0
TTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAATGGTCATA	0	125	1
          **    *****            ***
MAP Score: 12.4207

Motif 4
CTTCTCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGG	0	13	1
ATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTATTATGCTTATT	0	75	1
CGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAATGGT	0	131	1
TGGTCATAATTTTAACTGTTAAAATTCTCATTTTAT	0	163	1
TAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAA	0	182	1
ATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATA	0	204	0
CCATAAAATATTTGTTTTGTTATAATTAGCTTAGGA	0	236	1
     TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGTTA	1	5	1
   AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAA	4	7	1
TTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTAT	4	30	0
ATATCATATTATTTATTAATTGTCTATCTATTAGTA	7	44	1
AGTATAATGTATTTATTATATCTCAATTTTTGAATT	7	76	1
CAATTTTTGAATTAAGCTTTTTTGAAGAGATTTTT 	7	99	1
GAAATTATTATTTATTTAGTAGATTAGGCATACTTG	8	31	1
TGCAAAAGCTTTTAAGTTTTTGTATACTATTTTGAG	8	65	1
GTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAAATTTAA	8	260	1
ATAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAAT	10	11	1
TTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTTGATTAA	10	47	1
CTTTTCAGAAATTAAGTGCAATTGTTTAATTTTTGT	10	101	1
AATTGTTTAATTTTTGTGCTTTTTTATCATTTAAAA	10	120	1
AACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCATT     	10	155	1
          *** * ** ** *  *
MAP Score: 2.53422

Motif 5
         TTACTTCTCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAG	0	1	1
CCGCTAAAACTATACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTACTTA	0	87	0
TAACTGTTAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTAT	0	175	1
ATTATAACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTT	0	215	0
        TATAACTACTTTCTCCCCACCTTAATTTAT         	3	1	0
AAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACAC	4	13	0
TTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG      	5	4	0
       AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAA	6	3	1
         TTATTCCCTTGAAATTAAGCTCTATTAACCATGTATAT	7	1	1
         AAAAATCTCTTCAAAAAAGCTTAATTCAAAAATTGAGA	7	96	0
GCATACTTGCAAAAGCTTTTAAGTTTTTGTATACTATTTTGAGTATG	8	58	1
TCGCGGGTTCAAATCCCGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAA	8	243	1
       TATAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAATTTA	10	3	1
GCAAAAGACTAATAAATCTTTAATCAAGCTTCATTAAAGTTAAAAAA	10	55	0
TTATCATTTAAAAACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCATT    	10	143	1
          **   *  *  *    *  *  * * *
MAP Score: 0.148552