AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons012_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237422
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0253	275	ATP-dependent protease LA (lon-1)
#1	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#2	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#3	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#4	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#5	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#6	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#7	BB0373	124	B. burgdorferi predicted coding region BB0373
#8	BB0610	300	trigger factor (tig)
#9	BB0612	23	ATP-dependent Clp protease, subunit X (clpX)
#10	BB0757	176	ATP-dependent Clp protease proteolytic component (clpP-2)

Motif 1
   AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTT	4	7	1
ATTTTTGTGCTTTTTTATCATTTAAAAACCTTT	10	129	1
CGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAAAT	8	259	1
ATTTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTTG	10	45	1
AATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAATTCTCAT	0	161	1
          ATTTTATACCTTTAAATCTGTTT	5	30	0
TAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAA	0	182	1
TTTTACTTAATTTGTAAAATTTAGAGTATTTTT	10	27	1
TTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATA	0	196	0
AGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTA	4	31	0
TTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAAT	6	17	0
GAGTGCGAAATTATTATTTATTTAGTAGATTAG	8	25	1
AAATATTTGTTTTGTTATAATTAGCTTAGGAGA	0	241	1
GTTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCA	0	124	1
TTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG	5	10	0
ATTAAGTGCAATTGTTTAATTTTTGTGCTTTTT	10	111	1
TAAAAACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCA	10	151	1
CATGTATATCATATTATTTATTAATTGTCTATC	7	39	1
TGATTAAAGATTTATTAGTCTTTTGCTTTTCAG	10	76	1
ATACTTTTTCATTATAATTCTTATT        	6	2	0
CTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGAT	0	18	1
TCACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTT	0	66	1
CTTTTAAGTTTTTGTATACTATTTTGAGTATGA	8	73	1
ATTATGACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAAT	0	140	0
AAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAA	10	13	1
TATGGTGAAGTTAGTAAAGAATAATCCTTGAAA	0	41	0
          *******   ***
MAP Score: 23.0754

Motif 2
GAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTCTTTAC	0	21	1
TAAGTAGTAGTTATTATGCTTATTATCGAATGGTATAGTT	0	87	1
AACTGTTAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAA	0	176	1
CATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATG	0	191	0
 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTT	4	9	1
AAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTATA	4	21	0
TTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTT	5	11	0
TCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATA	6	19	0
TTAACCATGTATATCATATTATTTATTAATTGTCTATCTA	7	34	1
ATCTATTAGTATAATGTATTTATTATATCTCAATTTTTGA	7	69	1
AATTTTTGAATTAAGCTTTTTTGAAGAGATTTTT      	7	100	1
GTGCGAAATTATTATTTATTTAGTAGATTAGGCATACTTG	8	27	1
ATACAAAAACTTAAAAGCTTTTGCAAGTATGCCTAATCTA	8	50	0
AAATCCCGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAAATT	8	253	1
         TATAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTG	10	1	1
TTTGTAAAATTTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTT	10	37	1
ATGAAGCTTGATTAAAGATTTATTAGTCTTTTGCTTTTCA	10	68	1
ATTGTTTAATTTTTGTGCTTTTTTATCATTTAAAAACCTT	10	121	1
ATAATTGAAAATAAAAGGTTTTTAAATGATAAAAAAGCAC	10	135	0
          ***     ***** *    *
MAP Score: 10.8554

Motif 3
AGTAGTAGTTATTATGCTTATTATCGAATGGTAT	0	89	1
GCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAAT	0	130	1
AATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAATTCTCATT	0	161	1
AACTGTTAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAAT	0	176	1
AATAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAAT	0	192	0
AATAAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCATA	0	207	1
 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAA	4	9	1
ACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAA	4	33	1
ATACTTTTTCATTATAATTCTTATT         	6	1	0
TTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAAT	6	17	0
AGATAGACAATTAATAAATAATATGATATACATG	7	39	0
TGAGTGCGAAATTATTATTTATTTAGTAGATTAG	8	24	1
CGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAAATT	8	259	1
CTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAATTTA	10	16	1
TTTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTTGAT	10	46	1
TGATTAAAGATTTATTAGTCTTTTGCTTTTCAGA	10	76	1
TTTGTGCTTTTTTATCATTTAAAAACCTTTTATT	10	132	1
AAAACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCATT 	10	153	1
          *** * * * ****
MAP Score: 5.93924

Motif 4
CGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAATGGTC	0	131	1
ATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAATT	0	185	0
   AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAA	4	7	1
TATATCATATTATTTATTAATTGTCTATCTATTAGTA	7	43	1
TAGTATAATGTATTTATTATATCTCAATTTTTGAATT	7	75	1
GAGTGCGAAATTATTATTTATTTAGTAGATTAGGCAT	8	25	1
CGTCTTTCGCTTTTTAATAATTATCAATAAAATTTAA	8	259	1
TATAAACTCCTTTTTAATTTTACTTAATTTGTAAAAT	10	10	1
TTTAGAGTATTTTTTAACTTTAATGAAGCTTGATTAA	10	46	1
AAATAAAAGGTTTTTAAATGATAAAAAAGCACAAAAA	10	130	0
AAACCTTTTATTTTCAATTATAATATATCATT     	10	154	1
          ******    **   **
MAP Score: 4.87271