AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237433
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0061	73	thioredoxin (trxA)
#1	BB0235	32	conserved hypothetical protein
#2	BB0236	148	B. burgdorferi predicted coding region BB0236
#3	BB0590	36	dimethyladenosine transferase (ksgA)
#4	BB0591	115	competence locus E, putative
#5	BB0660	89	GTP-binding protein (era)
#6	BB0776	178	B. burgdorferi predicted coding region BB0776
#7	BB0777	61	adenine phosphoribosyltransferase (apt)
#8	BB0778	56	ribosomal protein L21 (rplU)
#9	BB0781	54	GTP-binding protein (obg)
#10	BB0782	39	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATAATATTCTTATTTTTATTTATAAATAATTAT	4	90	0
       TAAAATTGATTTTTATTGTGGGCTTT	10	3	1
AATGCTTGACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACA	8	13	1
TATATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTT	2	78	1
AATATTCATATATTTTTTATTATAATTAATTAT	5	43	0
          TTTTCCTCTTTTTTACTATTATT	2	0	1
   TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTA	0	7	1
ATTCGTTGACAATTAATAATTATTTAATTACAA	4	16	0
TTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGT	6	34	1
AAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACT	6	147	0
TTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATT	6	56	1
GATTGGAGATTTTTGGTTTTAATTGAAAAATTG	9	23	1
TAGTATTTTAAATACTTATTTTTAAGTAAAAT 	5	9	0
CATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCAA	7	25	0
TTTGAATTTTAATTTGTTTTGATTAATCAATCA	4	55	0
        ATTATTCTTAATAATGACAGATATT	3	21	0
CATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAATATA	2	51	0
   ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAA	7	7	1
TATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG	6	73	0
    ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAG	1	6	1
ACAACAGGCCAATTAATTGTTAT          	6	0	0
GTATTCCTTAAATATGTAATATTCATATATTTT	5	60	0
TATTGTGGGCTTTTTATTTTTAAGAC       	10	23	1
TTATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGG	2	120	1
          ****  * *****
MAP Score: 31.8909

Motif 2
TGGCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT	6	22	1
GCTTGACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACAATGTTTAGTTGAGGTA	8	16	1
CTTAAATATGTAATATTCATATATTTTTTATTATAATTAATTATAT	5	41	0
TTATTATAATTAATTATATAGTATTTTAAATACTTATTTTTAAGTA	5	14	0
          TTTTAATTGAAAAGATTGGAGATTTTTGGTTTTAAT	9	0	1
ATTAGTAACATAATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAATAAT	2	30	1
  ATTATTCTTAATAATGACAGATATTTTAAAATTATT        	3	2	0
TAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAAT	6	62	1
 TAAAATTGATTTTTATTGTGGGCTTTTTATTTTTAAGAC      	10	9	1
       TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATA	0	3	1
TATTTATAAATAATTATATTTTGAATTTTAATTTGTTTTGATTAAT	4	61	0
   ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATAT	7	7	1
        ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGGCT      	1	2	1
CGTTGACAATTAATAATTATTTAATTACAATACTTT          	4	0	0
AGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTATGCTTATAA	2	86	1
GGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGGGGATT 	2	113	1
          TTATAATATTCTTATTTTTATTTATAAATAATTATA	4	89	0
          *  *  *     * ***  *   * *
MAP Score: 27.053

Motif 3
ATATTTTTTATTATAATTAATTATATAGTATTTT	5	33	0
TTATTTTTATTTATAAATAATTATATTTTGAATT	4	80	0
TGCTTGACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACAATG	8	15	1
CCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTT	6	25	1
        ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTT	1	2	1
    TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTA	0	6	1
AACGAATGATTATTGATTGATTAATCAAAACAAA	4	42	1
         ATTATTCTTAATAATGACAGATATT	3	21	0
ATATTTAACATTATCATTAATAATTTTATATGAT	2	52	1
GTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGT	2	87	1
   GTTTTAGTATTCCTTAAATATGTAATATTCA	5	68	0
  TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAACATA	2	8	1
    AAAGTATTGTAATTAAATAATTATTAATTG	4	6	1
ATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCT	6	103	1
TTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG	6	73	0
ATGTTAAATATATTACACCATTATGTTACTAATA	2	29	0
TTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTAT	6	57	1
         ATTTTACTTAAAAATAAGTATTTAA	5	1	1
TAATGACAGATATTTTAAAATTATT         	3	1	0
TATGTTTATATATTTTTCAAATATCAAGACCAAA	7	18	0
AGATTTTTGGTTTTAATTGAAAAATTGGAGAAAG	9	29	1
AAATATGTAATATTCATATATTTTTTATTATAAT	5	50	0
AATATTGTATTTGTGATATAATTTTAAGTCGATA	0	31	1
          ** *  ** *****
MAP Score: 26.3521

Motif 4
AATACAATATTAATAATAAGGAATTATAAGAA 	0	9	0
ACCTCTAATAAAATCAAAAAGAAAT        	1	2	0
ATGTTACTAATAATAGTAAAAAAGAGGAAAA  	2	8	0
TATCATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAAT	2	54	0
ACAAAAAAATTAATACTATCATATAAAATTATT	2	70	0
TTCCAAAAAATAATACAAAAAAATTAATACTAT	2	84	0
TTTAAATACCTATTATAAGCATAACTTTTCCAA	2	111	0
TTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGGGGATT 	2	126	1
TAATGACAGATATTTTAAAATTATT        	3	2	0
AAATATCTGTCATTATTAAGAATAAT       	3	20	1
ATAATTATTTAATTACAATACTTT         	4	1	0
TATTGTAATTAAATAATTATTAATTGTCAACGA	4	14	1
ATTGATTGATTAATCAAAACAAATTAAAATTCA	4	53	1
AAACAAATTAAAATTCAAAATATAATTATTTAT	4	69	1
TTCAAAATATAATTATTTATAAATAAAAATAAG	4	82	1
TATTTATAAATAAAAATAAGAATATTATAA   	4	95	1
TTTAAATACTTATTTTTAAGTAAAAT       	5	3	0
TAAGTATTTAAAATACTATATAATTAATTATAA	5	24	1
CATATATTTTTTATTATAATTAATTATATAGTA	5	37	0
AATATATGAATATTACATATTTAAGGAATACTA	5	62	1
CTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACA	6	32	0
TTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACCTAGA	6	60	0
TTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAA	6	74	1
TAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA	6	110	0
ATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG	6	139	0
TTGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATA	7	19	1
ATTGTAAATTTAATAAAAAAGAAAAGTCAAGCA	8	15	0
       TTTTAATTGAAAAGATTGGAGATTTT	9	3	1
TCCAATTTTTCAATTAAAACCAAAAATCTCCAA	9	25	0
AAAAAGCCCACAATAAAAATCAATTTTA     	10	5	0
          ***** ***  **
MAP Score: 12.9463