AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237445
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0061	73	thioredoxin (trxA)
#1	BB0235	32	conserved hypothetical protein
#2	BB0236	148	B. burgdorferi predicted coding region BB0236
#3	BB0590	36	dimethyladenosine transferase (ksgA)
#4	BB0591	115	competence locus E, putative
#5	BB0660	89	GTP-binding protein (era)
#6	BB0776	178	B. burgdorferi predicted coding region BB0776
#7	BB0777	61	adenine phosphoribosyltransferase (apt)
#8	BB0778	56	ribosomal protein L21 (rplU)
#9	BB0781	54	GTP-binding protein (obg)
#10	BB0782	39	conserved hypothetical protein

Motif 1
TGACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACAATGTTTA	8	19	1
 TTATAATATTCTTATTTTTATTTATAAATAATT	4	92	0
AGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAG	2	86	1
CCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTT	6	25	1
AAATATGTAATATTCATATATTTTTTATTATAAT	5	50	0
          TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTA	2	0	1
CCCATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCA	7	26	0
ATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAA	6	74	0
   GTTTTAGTATTCCTTAAATATGTAATATTCA	5	68	0
ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAATATA	7	10	1
GATTGGAGATTTTTGGTTTTAATTGAAAAATTGG	9	23	1
AAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAA	6	140	0
GTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAA	6	59	1
        AATAATTTTAAAATATCTGTCATTAT	3	2	1
AATATTGTATTTGTGATATAATTTTAAGTCGATA	0	31	1
ACATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTA	2	59	1
ATATTTTTTATTATAATTAATTATATAGTATTTT	5	33	0
TTATAATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGA	0	13	1
ATTAGTAACATAATGGTGTAATATATTTAACATT	2	30	1
         ATTTTACTTAAAAATAAGTATTTAA	5	1	1
AAATTATTAATGATAATGTTAAATATATTACACC	2	44	0
         ATTATTCTTAATAATGACAGATATT	3	21	0
GAATTTTAATTTGTTTTGATTAATCAATCAATAA	4	51	0
    ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTAGG	1	6	1
TGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTAC	6	110	1
TGACAATTAATAATTATTTAATTACAATACTTT 	4	9	0
TACACCATTATGTTACTAATAATAGTAAAAAAGA	2	16	0
TTTGGAAAAGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAA	2	110	1
ATTAATTATATAGTATTTTAAATACTTATTTTTA	5	18	0
          * **  * ******
MAP Score: 36.7976

Motif 2
   TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTA	0	7	1
          ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAG	1	0	1
          TTTTCCTCTTTTTTACTATTATT	2	0	1
CATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAATATA	2	51	0
TATATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTT	2	78	1
TTATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGG	2	120	1
        ATTATTCTTAATAATGACAGATATT	3	21	0
AAGTATTGTAATTAAATAATTATTAATTGTCAA	4	11	1
TTTGAATTTTAATTTGTTTTGATTAATCAATCA	4	55	0
AAATTCAAAATATAATTATTTATAAATAAAAAT	4	79	1
    TTATAATATTCTTATTTTTATTTATAAAT	4	96	0
TAGTATTTTAAATACTTATTTTTAAGTAAAAT 	5	9	0
TAAAATACTATATAATTAATTATAATAAAAAAT	5	32	1
ATATATGAATATTACATATTTAAGGAATACTAA	5	63	1
ACAACAGGCCAATTAATTGTTAT          	6	0	0
TTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGT	6	34	1
TTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATT	6	56	1
TATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG	6	73	0
AAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACT	6	147	0
   ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAA	7	7	1
CATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCAA	7	25	0
AATGCTTGACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACA	8	13	1
GATTGGAGATTTTTGGTTTTAATTGAAAAATTG	9	23	1
       TAAAATTGATTTTTATTGTGGGCTTT	10	3	1
TATTGTGGGCTTTTTATTTTTAAGAC       	10	23	1
          ****  * *****
MAP Score: 33.0075

Motif 3
TACAATATTAATAATAAGGAATTATAAGAA      	0	4	0
TATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTAAGTCGA	0	27	1
TATGTTACTAATAATAGTAAAAAAGAGGAAAA    	2	6	0
TAATATATTTAACATTATCATTAATAATTTTATATG	2	48	1
AATTAATACTATCATATAAAATTATTAATGATAATG	2	60	0
TTTCCAAAAAATAATACAAAAAAATTAATACTATCA	2	82	0
TTATAAGCATAACTTTTCCAAAAAATAATACAAAAA	2	96	0
AGTTATGCTTATAATAGGTATTTAAAGAGTAAAGGG	2	118	1
ATAATGACAGATATTTTAAAATTATT          	3	0	0
       ATTATTCTTAATAATGACAGATATTTTAA	3	17	0
     AAAGTATTGTAATTAAATAATTATTAATTGT	4	5	1
TAAAATTCAAAATATAATTATTTATAAATAAAAATA	4	77	1
          ATTTTACTTAAAAATAAGTATTTAAA	5	0	1
AGTATTTAAAATACTATATAATTAATTATAATAAAA	5	26	1
TATATAATTAATTATAATAAAAAATATATGAATATT	5	40	1
CCTTAAATATGTAATATTCATATATTTTTTATTATA	5	52	0
AAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGGCCA	6	22	0
TTAAGATAAAAACCTAGACAAAAAAATATAAAATTA	6	42	0
CTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATA	6	61	1
GCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACATCATTATACA	6	100	0
CCTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAATTT	6	138	1
TTTGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATATA	7	18	1
AAACATTGTAAATTTAATAAAAAAGAAAAGTCAAGC	8	16	0
AAAAATCTCCAATCTTTTCAATTAAAA         	9	1	0
 ACTTTCTCCAATTTTTCAATTAAAACCAAAAATCT	9	29	0
          **  **   ***** *
MAP Score: 29.469