AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237456
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0225	68	conserved hypothetical protein
#1	BB0544	202	phosphoribosyl pyrophosphate synthetase (prs)
#2	BB0627	80	vacuolar X-prolyl dipeptidyl aminopeptidase I (pepX)
#3	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)
#4	BB0736	51	B. burgdorferi predicted coding region BB0736
#5	BB0785	115	stage V sporulation protein G
#6	BB0786	63	general stress protein (ctc)

Motif 1
ATTTATTAACTTTTTAAAATTTT          	4	38	1
TTTAATTTTATTTTTAGGATTATGTTATAGTAT	1	14	1
          TTTTTTAAATTATTTTTTTATTA	4	0	1
TAAACACGTTTTTATGATATTTTTAGTTTTTTT	5	35	0
          TTTATTTAATTTTATTTTTAGGA	1	0	1
TTATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATAAAAA	3	26	0
TAGATTTTTATTTTTATTATTAAAGCTAAAATA	1	72	1
ATATTTTTAGTTTTTTTAATTAATTTTAATTAA	5	19	0
ATAGTATTTGTTTTTGCTATTAATAGAATTTTT	1	40	1
ATTAATAGAATTTTTAGATTTTTATTTTTATTA	1	58	1
AATTATTTTTTTATTAAAATTATTTATTAACTT	4	17	1
TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCA	3	10	1
AAATCTAAAATATTTTCTATTTTTTGTAAACAC	5	61	0
TAAATTAAGATTGTTAAGATTTTCTAAAAAAGA	1	167	1
TTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAATT	0	15	0
CTCCTTTAGTTTTATTGCTTTATAGCTATATAT	2	50	0
ATGACCTTGCTTTAAAAAATTTTAGTCATATTT	1	110	1
TTTATAGCTATATATTCTATTATAATAGTTTTT	2	32	0
      TTACTTAGTTTAATTAAAATTAATTAA	5	4	1
          *****   *****
MAP Score: 37.3691