AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons014_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237462
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0225	68	conserved hypothetical protein
#1	BB0541	283	B. burgdorferi predicted coding region BB0541
#2	BB0542	214	B. burgdorferi predicted coding region BB0542
#3	BB0543	114	B. burgdorferi predicted coding region BB0543
#4	BB0544	202	phosphoribosyl pyrophosphate synthetase (prs)
#5	BB0627	80	vacuolar X-prolyl dipeptidyl aminopeptidase I (pepX)
#6	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)
#7	BB0736	51	B. burgdorferi predicted coding region BB0736
#8	BB0776	178	B. burgdorferi predicted coding region BB0776
#9	BB0777	61	adenine phosphoribosyltransferase (apt)
#10	BB0778	56	ribosomal protein L21 (rplU)
#11	BB0781	54	GTP-binding protein (obg)
#12	BB0782	39	conserved hypothetical protein
#13	BB0785	115	stage V sporulation protein G
#14	BB0786	63	general stress protein (ctc)

Motif 1
TCTTAGTAATTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAA	1	54	1
ATGACCTTGCTTTAAAAAATTTTAGTCATATTT	4	110	1
       TTTTTTAAATTATTTTTTTATTAAAA	7	3	1
TATTTGGAAGTTTAAACTATTTTATATGAAATT	1	116	1
ATTTATTAACTTTTTAAAATTTT          	7	38	1
ATCAAGATGGTTTATTTAATTTTAAAATTCAAC	2	137	1
          TTTATTTAATTTTATTTTTAGGA	4	0	1
TTTTAGTTTTTTTAATTAATTTTAATTAAACTA	13	15	0
GAATATATCATTTAGTAGATTTTGATTTTATTG	1	198	1
        TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAA	6	2	1
AAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAATT	6	33	0
TTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTTT	8	36	1
CATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCAA	9	25	0
          TTTTTAAGTTTTTTTGTTTACTT	3	0	1
ATTAATAGAATTTTTAGATTTTTATTTTTATTA	4	58	1
AAGTTTTGTATTTTGATTATTATTAGATTTAGT	2	177	1
TTTAATTTTATTTTTAGGATTATGTTATAGTAT	4	14	1
TTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAATT	0	15	0
ATCTAAAATATTTTCTATTTTTTGTAAACACGT	13	59	0
CCTGTTTTATTTTTCATAAATTTTTGTAGGAGA	3	89	1
ACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACAATGTTTAG	10	21	1
CTCCTTTAGTTTTATTGCTTTATAGCTATATAT	5	50	0
CTTATATCGTTTTATATTATTAAATATTTGGAA	1	92	1
TAGATTTTTATTTTTATTATTAAAGCTAAAATA	4	72	1
GACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCAAAAAAA	6	16	1
TATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACC	8	64	0
AAACTTTTTATTTAGTGAATTAACTCTTACTTT	1	235	1
TATTATTAGATTTAGTGTTATTTTGCTGCT   	2	194	1
TAGATTTTGATTTTATTGATTAAAACTTTTTAT	1	213	1
GTAAACACGTTTTTATGATATTTTTAGTTTTTT	13	36	0
TATTGTGGGCTTTTTATTTTTAAGAC       	12	23	1
AAATTATTTTTTTATTAAAATTATTTATTAACT	7	16	1
ATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG	8	139	0
CAAGAAAAGCTTTAATTTGTTTTTTAGATAGTA	2	20	1
          **** *  *****
MAP Score: 61.3333

Motif 2
GATTTAATTATAAAAAGAAAAAAGTCTAAAAA 	6	9	0
ATTTTTCAATTAAAACCAAAAATCTCCAATCTT	11	21	0
GCTTTAATAATAAAAATAAAAATCTAAAAATTC	4	65	0
AAGTAAACAAAAAAACTTAAAAA          	3	0	0
AAATTAATTAAAAAAACTAAAAATATCATAAAA	13	26	1
ATCCTAAAAATAAAATTAAATAAA         	4	1	0
TGTTGAATTTTAAAATTAAATAAACCATCTTGA	2	138	0
TTTTTATAATTAAATCAAAAAAAATGTAAATAA	6	26	1
CAATTCCTCCTAAAAAAGAATAAATAATTGTTA	0	14	1
       GTCTTAAAAATAAAAAGCCCACAATA	12	23	0
CGTGTTTACAAAAAATAGAAAATATTTTAGATT	13	60	1
ACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAA	8	34	0
AGTACATAACTTAAATCTAAAATATTTTCTATT	13	73	0
ATTTTTATTATTAAAGCTAAAATATTTTAATGA	4	81	1
  AAAATTTTAAAAAGTTAATAAATAATTTTAA	7	30	0
AAAAATTCTATTAATAGCAAAAACAAATACTAT	4	40	0
TCTTGATGATTATAAAACAAAATTTATTACTCT	2	111	0
GTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAA	8	65	1
CTAAATCTAATAATAATCAAAATACAAAACTTC	2	176	0
GTTTTAATCAATAAAATCAAAATCTACTAAATG	1	206	0
TAATACTATCTAAAAAACAAATTAAAGCTTTTC	2	23	0
TTAATAAAAAAATAATTTAAAAAA         	7	1	0
AATATATAGCTATAAAGCAATAAAACTAAAGGA	5	49	1
CTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAAT	8	139	1
ATACTATAACATAATCCTAAAAATAAAATTAAA	4	14	0
   TCCTCCTTAAAACCAAATTATAGCTCTTTT	8	158	0
TAAAAACTATTATAATAGAATATATAGCTATAA	5	31	1
AAGATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTAAAAT	1	62	0
AAGCCCACAATAAAAATCAATTTTA        	12	2	0
TTAAACTTCCAAATATTTAATAATATAAAACGA	1	98	0
AAGTTAATAAATAATTTTAATAAAAAAATAATT	7	17	0
AAAGCTAGTCATAAACATAAATAAGCCCTCCTG	2	77	0
CTTAGTTTAATTAAAATTAATTAAAAAAACTAA	13	13	1
TTATGGTAATTATTATATAATAAGGTGTGCAAT	3	50	1
GTAAATTTAATAAAAAAGAAAAGTCAAGCATTA	10	12	0
TATATCCTTATATTAGGGAATATATCATTTAGT	1	181	1
          *****   *****
MAP Score: 43.8507