AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237470
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0084	128	aminotransferase (nifS)
#1	BB0118	300	zinc protease, putative
#2	BB0121	34	ribosome releasing factor (frr)
#3	BB0123	214	ribosomal protein S2 (rpsB)
#4	BB0132	37	transcription elongation factor (greA)
#5	BB0133	162	B. burgdorferi predicted coding region BB0133
#6	BB0137	113	long-chain-fatty-acid CoA ligase

Motif 1
ATATTAATAAAAAAATATTAAAAGCTAAATCA	3	38	0
TTTATTTTAAAAGAATAATAAATGAAATATTG	5	40	1
TGTTTGACTAAAAATTGATAAATGATATAATT	5	91	1
AATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT 	5	9	0
TTATTAACCATAAATTCATAAAGATTATTTAT	6	49	0
CGGTAGTTTTTAGATTAATAAATTTAAGCTAT	1	83	1
TGAAATAAAAAATAATGATATAATAATTAAAA	0	72	1
ATTTATGGTTAATAATGATATAATAAACCATG	6	66	1
      AAGAATGATTTTTAAAAGAGTTGGAT	3	4	1
TCTTTTAAAATAAAATCTTATATTATAATATT	5	22	0
ATTGTTTTATTATATTCTTATAAAAGGGGGGA	3	135	1
ATTAATTAATAATTATTTTAAACTTTTTTTGT	0	41	1
AAACCATGTTAACTTTGTTAAAAGGGGGATTA	6	90	1
ATTTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAATTACG	3	71	1
ATTCATAAAGATTATTTATAAAGCTCTCCTGC	6	36	0
TGATAAATGATATAATTATATAAAGTGTAACG	5	106	1
  AAATAAATTTCAATTTTAAAAAAAAATGAT	0	8	1
TAATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAAT	5	55	1
TTAAAAAAAAATGATTATTAATTAATAATTAT	0	25	1
GGGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGA	5	138	1
ATTATCAACAAATTATATTAATAAAAAAATAT	3	52	0
GAGAATTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGACT	3	93	1
ACAAGTCGCCAATAATGGTAAAAACTCCAATC	1	141	0
          ** *** *****
MAP Score: 26.2407

Motif 2
TTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCT	5	36	0
TTAATAATCATTTTTTTTTAAAATTGAAATT	0	15	0
CGATTGACTCTTTTCTTTTAACAGGCCCGAT	1	251	1
TAGCTTTTAATATTTTTTTATTAATATAATT	3	43	1
TGTTTTATTATATTCTTATAAAAGGGGGGAT	3	137	1
          TATTCTTATAAATTCCTTTGT	0	117	0
TTATTAATTGGATTGTTTTATTATATTCTTA	3	124	1
        AATTTTCTTTTTAATATTATAAT	5	2	1
GGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGAA	5	140	1
AGAGAATTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGA	3	92	1
AGTTAACATGGTTTATTATATCATTATTAAC	6	73	0
ATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAATT	5	57	1
AAAAACCCATTAATGTTTTATTTGGGCTAAT	1	13	0
    AAGAATGATTTTTAAAAGAGTTGGATA	3	6	1
ATTAATTAATAATTATTTTAAACTTTTTTTG	0	41	1
ATGGAGAATCTATTATTTTAGGCATTTTGAT	1	113	1
AATTCATAAAGATTATTTATAAAGCTCTCCT	6	38	0
AGGCCCGATATTTTATTTATACCTATCTTAG	1	273	1
TATTATATCATTATTTTTTATTTCACAAAAA	0	66	0
AAATAAAATCTTATATTATAATATTAAAAAG	5	16	0
ATAATTTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAAT	3	68	1
TTACACTTTATATAATTATATCATTTATCAA	5	105	0
ATTCCTTTGTTTTAATTTTTAGCTTTTAATT	0	96	0
ATCGATTTCTGTATGTTTTTACAGCAGGAGA	6	13	1
TTTAGCTTTTAATTATTATATCATTATTTTT	0	79	0
AAAAAAAAATGATTATTAATTAATAATTATT	0	27	1
          **** ******
MAP Score: 25.4385

Motif 3
TATAATTTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAATTACGTTTATTT	3	67	1
ACATGGTTTATTATATCATTATTAACCATAAATTCATAAAGAT	6	56	0
AATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTTATATTAT	5	28	0
TTAGGCATTTTGATTGGAGTTTTTACCATTATTGGCGACTTGT	1	130	1
AATAAAACATTAATGGGTTTTTTTGGGGGCATTTTGTTTTCTG	1	22	1
GTGGACTTATTAATTGGATTGTTTTATTATATTCTTATAAAAG	3	118	1
AATTATTAATTAATAATCATTTTTTTTTAAAATTGAAATTTAT	0	12	0
GATTATTAATTAATAATTATTTTAAACTTTTTTTGTGAAATAA	0	37	1
AGTTGGATATTGATTTAGCTTTTAATATTTTTTTATTAATATA	3	28	1
TAGCTTTTAATTATTATATCATTATTTTTTATTTCACAAAAAA	0	65	0
ATAATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAATTTCTTGTTTG	5	54	1
     TATTCTTATAAATTCCTTTGTTTTAATTTTTAGCTTTT	0	100	0
ATAAAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT        	5	2	0
         ATAATCCCCCTTTTAACAAAGTTAACATGGTTTA	6	89	0
ACACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTTTTAGTCAAACA	5	91	0
          * **     * ***      ***
MAP Score: 17.876

Motif 4
AAATTTCAATTTTAAAAAAAAATGATTATT	0	14	1
ACAAAAAAAGTTTAAAATAATTATTAATTA	0	43	0
TTTTGTGAAATAAAAAATAATGATATAATA	0	67	1
ATATAATAATTAAAAGCTAAAAATTAAAAC	0	89	1
AAGCTAAAAATTAAAACAAAGGAATTTATA	0	102	1
AACAAAGGAATTTATAAGAATA        	0	116	1
GATTAATAAATTTAAGCTATGGAGAATCTA	1	95	1
TGAATCTGGATTAAAGCGAAGTGCTGGAGT	1	174	1
TCGGGCCTGTTAAAAGAAAAGAGTCAATCG	1	251	0
AAAAAAATATTAAAAGCTAAATCAATATCC	3	32	0
ATTATATTAATAAAAAAATATTAAAAGCTA	3	43	0
GATAATTTTATTAAAGAGAATTACGTTTAT	3	78	1
GTCCACCTCATTAAAAATAAACGTAATTCT	3	94	0
TCATGGTGAGTAAAAGAGAAGGACAATAGG	3	186	1
TTATAATATTAAAAAGAAAATT        	5	2	0
TTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTTATAT	5	31	0
          **********
MAP Score: 13.6235

Motif 5
AATAATCATTTTTTTTTAAAATTGAAATTTATTT        	0	2	0
AAGTTTAAAATAATTATTAATTAATAATCATTTTTTTTTAAA	0	24	0
TATCATTATTTTTTATTTCACAAAAAAAGTTTAAAATAATTA	0	50	0
AATAATGATATAATAATTAAAAGCTAAAAATTAAAACAAAGG	0	82	1
          TATTCTTATAAATTCCTTTGTTTTAATTTTTA	0	106	0
AAAAACCCATTAATGTTTTATTTGGGCTAATAAT        	1	2	0
ATATTTGCGGTAGTTTTTAGATTAATAAATTTAAGCTATGGA	1	76	1
ATGGAGAATCTATTATTTTAGGCATTTTGATTGGAGTTTTTA	1	113	1
ATTGACTCTTTTCTTTTAACAGGCCCGATATTTTATTTATAC	1	253	1
AAGAGTTGGATATTGATTTAGCTTTTAATATTTTTTTATTAA	3	25	1
TTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAATTACGTTTATTTTTAAT	3	73	1
AAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT          	5	0	0
TTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAAAATCTTATATTATAAT	5	25	0
ATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAATTTCTTGTTTGAC	5	57	1
ACACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTTTTAGTCAAAC	5	92	0
GATTTCTGTATGTTTTTACAGCAGGAGAGCTTTATAAATAAT	6	16	1
GCTTTATAAATAATCTTTATGAATTTATGGTTAATAATGATA	6	44	1
TTATGGTTAATAATGATATAATAAACCATGTTAACTTTGTTA	6	68	1
          ** * ****        *  **
MAP Score: 11.3153

Motif 6
  AAATAAATTTCAATTTTAAAAAAAAATGATTATTA	0	8	1
TTAAAAAAAAATGATTATTAATTAATAATTATTTTAA	0	25	1
TATTATATCATTATTTTTTATTTCACAAAAAAAGTTT	0	60	0
ATTTTTAGCTTTTAATTATTATATCATTATTTTTTAT	0	76	0
TTGCGGTAGTTTTTAGATTAATAAATTTAAGCTATGG	1	80	1
      AAGAATGATTTTTAAAAGAGTTGGATATTGA	3	4	1
GGATATTGATTTAGCTTTTAATATTTTTTTATTAATA	3	32	1
GCTTTTAATATTTTTTTATTAATATAATTTGTTGATA	3	45	1
ATTAATATAATTTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAAT	3	62	1
GAGAATTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGACTTATTA	3	93	1
ATTAATTGGATTGTTTTATTATATTCTTATAAAAGGG	3	126	1
       AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGAT	5	3	1
AAATAAAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT	5	10	0
TAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAAATGAA	5	29	1
CCGTTACACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTT	5	102	0
GGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGAAT    	5	139	1
GCAGGAGAGCTTTATAAATAATCTTTATGAATTTATG	6	36	1
TTATGAATTTATGGTTAATAATGATATAATAAACCAT	6	60	1
          **   *******    *
MAP Score: 6.19793