AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237492
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0084	128	aminotransferase (nifS)
#1	BB0118	300	zinc protease, putative
#2	BB0121	34	ribosome releasing factor (frr)
#3	BB0123	214	ribosomal protein S2 (rpsB)
#4	BB0125	56	B. burgdorferi predicted coding region BB0125
#5	BB0132	37	transcription elongation factor (greA)
#6	BB0133	162	B. burgdorferi predicted coding region BB0133
#7	BB0137	113	long-chain-fatty-acid CoA ligase
#8	BB0138	300	B. burgdorferi predicted coding region BB0138

Motif 1
TTAATAATCATTTTTTTTTAAAATTGAAATT	0	15	0
CGATTGACTCTTTTCTTTTAACAGGCCCGAT	1	251	1
TAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATA	6	29	1
TTTGTGGGCTTTTTGTTTTAAATGATAAATA	8	61	1
        AATTTTCTTTTTAATATTATAAT	6	2	1
GAGAATTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGAC	3	93	1
TACAAAAATTTTTTCTTTTCATTCTTTTTTT	8	131	1
ATTCCTTTGTTTTAATTTTTAGCTTTTAATT	0	96	0
ATCAGATAAATATTATTTTAAAGCCTATGAA	8	226	1
GCTTTTAATATTTTTTTATTAATATAATTTG	3	45	1
TTTGGGGGCATTTTGTTTTCTGTGCTTACTG	1	43	1
ATTTTTAGCTTTTAATTATTATATCATTATT	0	82	0
ATACAGGAAATATAATTTTCATAGGCTTTAA	8	243	0
          TATTCTTATAAATTCCTTTGT	0	117	0
AATTGGATTGTTTTATTATATTCTTATAAAA	3	129	1
AAAATCTTCTTATTTTTTTCTTCAGAAATAC	8	270	0
GTTTTATAATTTTTTTTATCTTATATTTTGT	4	28	1
GTAAAATTTATTTTGTAATAAATATTTATCA	8	83	0
ACAGGCCCGATATTTTATTTATACCTATCTT	1	271	1
TTATCTTATATTTTGTATTTTGT        	4	43	1
ATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAATT	6	57	1
CAAAATAAATTTTACTATTTTATTTCAATAG	8	99	1
TTACACTTTATATAATTATATCATTTATCAA	6	105	0
CAATATTTCATTTATTATTCTTTTAAAATAA	6	41	0
GTGTCTATAATATTCTAATAACTTTAAAAAA	8	16	0
       ATAATTTTTTTTAAAGTTATTAGA	8	3	1
ATAGCTTAAATTTATTAATCTAAAAACTACC	1	84	0
TAAAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAA	6	13	0
TTATTATATCATTATTTTTTATTTCACAAAA	0	67	0
ATTAATTAATAATTATTTTAAACTTTTTTTG	0	41	1
ATTCATAAAGATTATTTATAAAGCTCTCCTG	7	37	0
ATTTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAATTAC	3	71	1
          **** ******
MAP Score: 37.0639

Motif 2
TATATTAATAAAAAAATATTAAAAGCTAAATCA	3	38	0
TATAAGATAAAAAAAATTATAAAACCTCCCCCA	4	20	0
TTTTATTTTAAAAGAATAATAAATGAAATATTG	6	39	1
AAAAAGTTTAAAATAATTATTAATTAATAATCA	0	36	0
AGAGCTTTATAAATAATCTTTATGAATTTATGG	7	41	1
ATAGGCTTTAAAATAATATTTATCTGATCATAT	8	221	0
TTGTTTGACTAAAAATTGATAAATGATATAATT	6	90	1
GGGGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGGA	6	137	1
AAAAATAATGATATAATAATTAAAAGCTAAAAA	0	79	1
ATTCTCTTTAATAAAATTATCAACAAATTATAT	3	66	0
AATGAAAAGAAAAAATTTTTGTAGCTATTGAAA	8	121	0
TTCTTTTAAAATAAAATCTTATATTATAATATT	6	22	0
AATACAGGAAATATAATTTTCATAGGCTTTAAA	8	242	0
CAATTTTAAAAAAAAATGATTATTAATTAATAA	0	20	1
   TCTTTCTAAAAAATCTTCTTATTTTTTTCT	8	280	0
ATTTTGTAATAAATATTTATCATTTAAAACAAA	8	72	0
TTGATAAATGATATAATTATATAAAGTGTAACG	6	105	1
ATAATAAATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAAT	6	54	1
AAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT 	6	9	0
AATTTATGGTTAATAATGATATAATAAACCATG	7	65	1
TTTAAAGTTATTAGAATATTATAGACACGCGAT	8	19	1
TCTCCATAGCTTAAATTTATTAATCTAAAAACT	1	87	0
GATTGTTTTATTATATTCTTATAAAAGGGGGGA	3	134	1
       AAGAATGATTTTTAAAAGAGTTGGAT	3	3	1
AATAAAATAGTAAAATTTATTTTGTAATAAATA	8	90	0
          *** *** ** **
MAP Score: 31.8934

Motif 3
ATAATCATTTTTTTTTAAAATTGAAATTTATTT        	0	2	0
TATTAATTAATAATTATTTTAAACTTTTTTTGTGAAATAAA	0	40	1
AGCTTTTAATTATTATATCATTATTTTTTATTTCACAAAAA	0	66	0
AATTCCTTTGTTTTAATTTTTAGCTTTTAATTATTATATCA	0	87	0
AACCCATTAATGTTTTATTTGGGCTAATAAT          	1	0	0
ACATTAATGGGTTTTTTTGGGGGCATTTTGTTTTCTGTGCT	1	28	1
ATGGAGAATCTATTATTTTAGGCATTTTGATTGGAGTTTTT	1	113	1
ACAGGCCCGATATTTTATTTATACCTATCTTAGTGATTT  	1	271	1
AAGAGTTGGATATTGATTTAGCTTTTAATATTTTTTTATTA	3	25	1
CTTTTAATATTTTTTTATTAATATAATTTGTTGATAATTTT	3	46	1
GAGGTGGACTTATTAATTGGATTGTTTTATTATATTCTTAT	3	115	1
      TCTGTATTTTTGGGGGAGGTTTTATAATTTTTTTT	4	4	1
AGGTTTTATAATTTTTTTTATCTTATATTTTGTATTTTGT 	4	26	1
        AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGATTTT	6	2	1
ATAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAAATGAAATA	6	28	1
AATGAAATATTGTTATTTTGCCCTAATTTCTTGTTTGACTA	6	60	1
GCTTTATAAATAATCTTTATGAATTTATGGTTAATAATGAT	7	44	1
       ATAATTTTTTTTAAAGTTATTAGAATATTATAGA	8	3	1
CGCGATCAAAGTTTGTTTGTGGGCTTTTTGTTTTAAATGAT	8	46	1
AAATAGTAAAATTTATTTTGTAATAAATATTTATCATTTAA	8	78	0
TACAAAAATTTTTTCTTTTCATTCTTTTTTTAAAGTCAGAG	8	131	1
ATCAGATAAATATTATTTTAAAGCCTATGAAAATTATATTT	8	226	1
          * ** ***       ***  *
MAP Score: 12.5357