AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons016_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237505 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0346 183 B. burgdorferi predicted coding region BB0346 #1 BB0551_BB0552 220 BB0551: chemotaxis response regulator (cheY-1), BB0552: DNA ligase (lig) #2 BB0605 70 serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase (dacA) #3 BB0633 300 exodeoxyribonuclease V, beta chain (recB) #4 BB0701 179 B. burgdorferi predicted coding region BB0701 Motif 1 GTAAGGACAAAAAATTAAAATTC 3 287 1 TAATTACAATACAATTAAAAAGGAGCCATT 2 13 0 ATCTTTAACGACAATTAAAATATAATTCAC 1 184 0 TTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTT 0 39 0 ACTCTTCAAAAAAATAAAAACAAATATTTA 4 124 0 AGTTTTTCAAAAAATCAAAACTTTAAATCT 4 67 0 GTTGTAATATTAAAATTATATATTA 2 55 0 AGACAAAAGCACAATTAAACCCTCATTGAA 4 25 0 TTAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTC 4 147 0 AAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGT 0 121 1 TTTTTCTATCAATATTAATAAATTTTTGTC 3 242 0 ATTGTAATTAACAATCAATAAATAATATAT 2 33 1 TTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATT 0 64 1 TATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAA 1 117 1 AATTTTAACAAAAATAAATCAAAATAATTT 3 58 1 CCAAAGCTTGATAATTAAAATTTTAACAAA 3 40 1 ACCCTCATTGAAATTTAATAAGAATGG 4 7 0 TCTAGCATATTAAAATATCTTTAAC 1 205 0 TTTAAAGAAAAATATCAATCAAAAAGACAA 1 142 1 TTTTAATTTGAACATAAATAAAATAGCATG 1 107 0 TAACAAAACTACATTTAAACTATTTATTGT 0 131 0 AAAAGACAATATTATAAAAATGTGAATTAT 1 163 1 ********** MAP Score: 32.2879 Motif 2 TTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTG 0 124 1 TAATATTGATAGAAAAATTTTACATTAAATTCGT 3 255 1 TCAATAAATAATATATAATTTTAATATTACAAC 2 47 1 AAAAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAAATCAC 4 111 0 TAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATAT 0 33 0 AATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA 1 198 1 ATTCGTAAGGACAAAAAATTAAAATTC 3 283 1 AGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAAT 0 106 1 GTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAATATC 1 124 1 AAAGCTTGATAATTAAAATTTTAACAAAAATAAA 3 42 1 AAAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAA 4 59 1 TAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAAA 1 177 1 AAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGA 4 148 1 TAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATAT 0 70 1 AAACAATTTGAAAAATTATTTTGATTTATTTTTG 3 66 0 TTAAACCCTCATTGAAATTTAATAAGAATGG 4 7 0 TTCAAGTTAGACAAAAATTTATTAATATTGATAG 3 233 1 AAAGCACACGAGAGATTTTTAAAAACTAGCGAAA 3 155 1 GTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAA 1 13 1 TCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAAT 1 156 1 TATATTATTTATTGATTGTTAATTACAATACAAT 2 28 0 CGACTTTACTATACAAACTGTAAAATACCACCAA 1 68 1 * * *** **** * MAP Score: 31.2197 Motif 3 TATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGC 1 190 1 ATAGAAAAATTTTACATTAAATTCGTAAGGACAAAA 3 263 1 AATTGTGCTTTTGTCTTTAAAAAGCTGAAGATTTAA 4 39 1 TTTTGATTTATTTTTGTTAAAATTTTAATTATCAAG 3 46 0 TTTATCTGCATTTTTATTAAATTCTTAAAACAATTT 3 91 0 GTGAGTGATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTT 4 107 1 TGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTA 0 28 1 ATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGT 0 118 1 TGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTG 1 127 0 GTTATTTCGCTAGTTTTTAAAAATCTCTCGTGTGCT 3 157 0 ATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATA 0 48 1 CCATTCTTATTAAATTTCAATGAGGGTTT 4 3 1 TTAACTCTCCTTAACTATAAAAAATAAATATTTACT 4 151 0 TGTATTGTAATTAACAATCAATAAATAATATATAAT 2 30 1 TAAATCAAAATAATTTTTCAAATTGTTTTAAGAATT 3 72 1 AAATAAATATTTACTCTTCAAAAAAATAAAAACAAA 4 130 0 TGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTT 1 109 1 AATGTAAAATTTTTCTATCAATATTAATAAATTTTT 3 245 0 TTGTTAGAATTGTTTGATAAAATAATAAAGAATATG 1 24 0 GTTGTAATATTAAAATTATATATTATTTA 2 51 0 ** * ***** * * MAP Score: 27.8128 Motif 4 AAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTA 0 46 1 TTAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAG 0 78 1 TAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTAACAAGCAAAAA 1 21 1 TACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAA 1 105 1 AAAAGACAATATTATAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTA 1 163 1 TCTAGCATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATTC 1 186 0 ATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACAATCAATAAATAATA 2 14 1 ATTATTTTGATTTATTTTTGTTAAAATTTTAATTATCAAGCTTTGG 3 40 0 TTCAAATTGTTTTAAGAATTTAATAAAAATGCAGATAAAAAATCCT 3 88 1 ACGAGAGATTTTTAAAAACTAGCGAAATAACACTCTGCGATTACTA 3 162 1 TAGACAAAAATTTATTAATATTGATAGAAAAATTTTACATTAAATT 3 240 1 AAAATTTTACATTAAATTCGTAAGGACAAAAAATTAAAATTC 3 268 1 TGCTTTTGTCTTTAAAAAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTG 4 44 1 AATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATA 4 126 1 ***** * * * * * MAP Score: 4.56517 Motif 5 ATTTAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAAGAATTAGGAT 0 6 0 TTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTA 0 38 0 CTACATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAA 0 64 0 ATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAG 0 109 1 GTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTCATAGA 0 152 1 CTTGTTAGAATTGTTTGATAAAATAATAAAGAATATGTTAAATT 1 17 0 TTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAAATAAAATAGCATGTATT 1 103 0 AAAATATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAATTATA 1 150 1 CATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATTCACATT 1 181 0 ATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACAATCAATAAATAA 2 14 1 TAACAATCAATAAATAATATATAATTTTAATATTACAAC 2 41 1 CAACTCCAATTTACCAAAGCTTGATAATTAAAATTTTAACAAAA 3 27 1 TTTATCTGCATTTTTATTAAATTCTTAAAACAATTTGAAAAATT 3 83 0 ACGAGAGATTTTTAAAAACTAGCGAAATAACACTCTGCGATTAC 3 162 1 ATGTAAAATTTTTCTATCAATATTAATAAATTTTTGTCTAACTT 3 236 0 AAATTTTACATTAAATTCGTAAGGACAAAAAATTAAAATTC 3 269 1 CACAATTAAACCCTCATTGAAATTTAATAAGAATGG 4 2 0 CTTTTGTCTTTAAAAAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTG 4 46 1 ATATTTACTCTTCAAAAAAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAA 4 116 0 AATTAACTCTCCTTAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTCA 4 146 0 * * * ** *** * * MAP Score: 3.65041 Motif 6 AATTCTTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTT 0 15 1 GTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGT 0 107 1 GCAAAAACCGACTTTACTATACAAACTGTAAAATACCACCAAAA 1 60 1 GATTATTTTAATTTGAACATAAATAAAATAGCATGTATTTTTGG 1 98 0 TCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAATTATATTTTAA 1 156 1 ATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA 1 188 1 TATATTATTTATTGATTGTTAATTACAATACAATTAAAAAGGAG 2 18 0 AAGCTATCCAACTCCAATTTACCAAAGCTTGATAATTAAAATTT 3 19 1 AAGCTTGATAATTAAAATTTTAACAAAAATAAATCAAAATAATT 3 43 1 ATTTAATAAAAATGCAGATAAAAAATCCTTCCAAAGCTTATTTC 3 105 1 TTTCACAAGCAAAGCACACGAGAGATTTTTAAAAACTAGCGAAA 3 145 1 ACTATAACAGATTTAAAGACACTCATGATTTCAAGTTAGACAAA 3 204 1 TTAGACAAAAATTTATTAATATTGATAGAAAAATTTTACATTAA 3 239 1 TTTACATTAAATTCGTAAGGACAAAAAATTAAAATTC 3 273 1 CCATTCTTATTAAATTTCAATGAGGGTTTAATTGTGCTTTTG 4 8 1 GCCTGAAAGTTTTTCAAAAAATCAAAACTTTAAATCTTCAGCTT 4 60 0 CTTAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTCAAAAAAATAAAAA 4 134 0 * * * * * ** *** MAP Score: 2.02866