AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237530 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0346 183 B. burgdorferi predicted coding region BB0346 #1 BB0551_BB0552 220 BB0551: chemotaxis response regulator (cheY-1), BB0552: DNA ligase (lig) #2 BB0605 70 serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase (dacA) #3 BB0633 300 exodeoxyribonuclease V, beta chain (recB) #4 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #5 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #6 BB0693 158 xylose operon regulatory protein (xylR-1) #7 BB0694 53 signal recognition particle protein (ffh) #8 BB0700 79 B. burgdorferi predicted coding region BB0700 #9 BB0701 179 B. burgdorferi predicted coding region BB0701 Motif 1 AAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTAC 0 39 1 TGAAAAATTATTTTGATTTATTTTTGTTAAAATTTTA 3 55 0 GAATTTTAATTTTTTGTCCTTACGAATTTA 3 280 0 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCA 4 9 1 GTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTT 6 102 1 CATGAGTGTCTTTAAATCTGTTATAGTAATCGCAGAG 3 194 0 CAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTA 0 132 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTA 6 2 1 TTGGTGGTATTTTACAGTTTGTATAGTAAAGTCGGTT 1 65 0 TAATATTAAAATTATATATTATTTATTGATTGTTAAT 2 39 0 TTGGAAGGATTTTTTATCTGCATTTTTATTAAATTCT 3 102 0 ATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTGATAT 1 153 0 CCAATACAATATTTTATCTATTCTTAAAAGACAAACA 6 72 0 AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAA 1 10 1 TATTGCCTTTTTTTGTATCTTATATTTGACAAGATT 7 9 1 GATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATA 1 121 0 TCAATGAGGGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAAAG 9 26 1 ATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACAATCAA 2 14 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCA 8 0 1 TCAAAATAATTTTTCAAATTGTTTTAAGAATTTAATA 3 76 1 TTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATT 0 20 1 GTCCTTACGAATTTAATGTAAAATTTTTCTATCAATA 3 258 0 AAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACT 9 60 1 GTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAA 9 119 1 ATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAA 6 119 1 GAATGTGATATTATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTT 6 26 1 AATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAA 1 103 1 GAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGT 9 147 1 **** ** * * * * MAP Score: 37.2743 Motif 2 TTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAAT 1 19 1 TAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAA 9 124 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTA 8 1 1 TAAAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATAT 6 93 1 GAATTTTAATTTTTTGTCCTTACGAA 3 284 0 AGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTTTC 9 67 1 AATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACA 2 13 1 AATGAGATATAATTATGGTTTTAATACCATAA 4 29 0 TGAAAAATTATTTTGATTTATTTTTGTTAAAAT 3 59 0 TATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACA 1 123 0 AGATTGAGGTTAAAAATTGTTTTTGA 8 63 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGA 6 1 1 AATGAGGGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAA 9 28 1 AAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTA 0 39 1 GTGATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTT 9 111 1 ATTGTCTTTTTGATTGATATTTTTCTTTAAAGA 1 140 0 GATATTATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTTAT 6 32 1 GATATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTA 6 116 1 AATTATATATTATTTATTGATTGTTAATTACAA 2 34 0 TAGCATGTATTTTTGGTGGTATTTTACAGTTTG 1 81 0 CTATCAATATTAATAAATTTTTGTCTAACTTGA 3 234 0 TCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCATAA 4 16 1 GTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATATG 0 72 1 TTTATCTGCATTTTTATTAAATTCTTAAAACAA 3 94 0 TTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTA 9 143 1 ATTATAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCG 1 173 1 TTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAG 1 196 1 TTTCAGGCTATGTGAGTGATTTTGTTCTTAAAT 9 96 1 AAAATTTTAATTATCAAGCTTTGGTAAATTGGA 3 31 0 TTTTTGCTTGTTAGAATTGTTTGATAAAATAAT 1 34 0 ATAGAAAAATTTTACATTAAATTCGTAAGGACA 3 263 1 TGATATTTTATGAATGTGATATTATGATGTAAA 6 15 1 * ** *** **** MAP Score: 36.0474 Motif 3 ATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACT 0 35 1 ATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACA 0 60 0 ATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAAT 0 138 1 GGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATT 1 11 1 TACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAA 1 105 1 TATTGTCTTTTTGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTA 1 132 0 TAACGACAATTAAAATATAATTCACATTTTTATAATATTGTC 1 167 0 ATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACAATCAATAAAT 2 14 1 ATTATTTTGATTTATTTTTGTTAAAATTTTAATTATCAAGCT 3 44 0 AAATAATTTTTCAAATTGTTTTAAGAATTTAATAAAAATGCA 3 79 1 TAGACAAAAATTTATTAATATTGATAGAAAAATTTTACATTA 3 240 1 AATGAGATATAATTATGGTTTTAATACCATAATAAATAA 4 22 0 TATTATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTTATAAAGGCATGTT 6 34 1 GATAAAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTATAA 6 91 1 TATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGA 6 118 1 TATTGCCTTTTTTTGTATCTTATATTTGACAAGA 7 2 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGG 8 2 1 TTAACCTCAATCTAATTTGATTCATCTTATGACCTAATTTGC 8 34 0 CAATGAGGGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAAAGCTGAAG 9 27 1 AATTAACTCTCCTTAACTATAAAAAATAAATATT 9 155 0 * * * * ** * ** * MAP Score: 34.7927 Motif 4 CTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAGTATTA 0 69 1 ACGAATTTAATGTAAAATTTTTCTATCAATATTAATAAATTTTT 3 245 0 CTATTTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAATACTACATATCA 0 98 0 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTATGATGTA 6 2 1 GATATTATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTTATAAAGGCATGTT 6 32 1 AAAATTATTTTGATTTATTTTTGTTAAAATTTTAATTATCAAGC 3 45 0 GATAAAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTATAATA 6 91 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCATAAT 4 6 1 GTGATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTA 9 111 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGG 8 0 1 TTTTTGCTTGTTAGAATTGTTTGATAAAATAATAAAGAATATGT 1 23 0 ATAAATAAAATAGCATGTATTTTTGGTGGTATTTTACAGTTTGT 1 80 0 TGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGG 6 115 1 AAATAATTTTTCAAATTGTTTTAAGAATTTAATAAAAATGCAGA 3 79 1 AAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAA 0 24 1 TAATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTGATATTTTTC 1 148 0 CCTTTTTTTGTATCTTATATTTGACAAGATTATTTTTGAGAATA 7 15 1 TAACTTGAAATCATGAGTGTCTTTAAATCTGTTATAGTAATCGC 3 198 0 AATATTAAAATTATATATTATTTATTGATTGTTAATTACAATAC 2 31 0 CTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAAT 1 111 1 * * *** * * *** MAP Score: 25.8307 Motif 5 AATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACAATC 2 13 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCA 8 1 1 AGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTTTCAGG 9 67 1 TAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATAT 9 124 1 ATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAA 1 104 1 TTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGAG 6 125 1 GTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTA 1 184 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATT 6 2 1 TTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAA 0 143 1 TATTGCCTTTTTTTGTATCTTATATTTGACAA 7 6 1 GAATTTTAATTTTTTGTCCTTACGAATTT 3 281 0 AGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGTTAA 9 151 1 TGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTG 1 127 0 AAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTA 0 39 1 AAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGAT 0 66 1 TTTGATTTATTTTTGTTAAAATTTTAATTATCAAGC 3 45 0 TTATCTGCATTTTTATTAAATTCTTAAAACAATTTG 3 90 0 ATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTATAATA 6 99 1 TTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTA 1 20 1 AATTATATATTATTTATTGATTGTTAATTACAATAC 2 31 0 ATAATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTG 1 157 0 TCATGAGTGTCTTTAAATCTGTTATAGTAATCGCAG 3 196 0 AATGTAAAATTTTTCTATCAATATTAATAAATTTTT 3 245 0 **** *** * * * MAP Score: 25.5057 Motif 6 ATCCTAATTCTTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTA 0 5 1 TGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAAC 0 28 1 AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAA 1 6 1 GAAAAATATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAAT 1 148 1 ATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA 1 188 1 TTGTAATATTAAAATTATATATTATTTATTGATTGTTAATTA 2 37 0 CAATTTACCAAAGCTTGATAATTAAAATTTTAACAAAAATAA 3 33 1 TTTTAACAAAAATAAATCAAAATAATTTTTCAAATTGTTTTA 3 60 1 TAATTTTTCAAATTGTTTTAAGAATTTAATAAAAATGCAGAT 3 82 1 CTTGTGAAATAAGCTTTGGAAGGATTTTTTATCTGCATTTTT 3 112 0 TTTCACAAGCAAAGCACACGAGAGATTTTTAAAAACTAGCGA 3 145 1 TCATGATTTCAAGTTAGACAAAAATTTATTAATATTGATAGA 3 226 1 AAGAATAGATAAAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATAT 6 84 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGGTCA 8 5 1 TACTCTTCAAAAAAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAAATC 9 113 0 TATTTTTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGA 9 138 1 ** * * ***** * MAP Score: 5.00074 Motif 7 TACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATA 0 34 0 GTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGAT 0 72 1 AGGGTAAAATTTAACATATTCTTT 1 4 1 ACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATT 1 23 1 ATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTA 1 104 1 TTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACAT 1 122 0 TCTTTTTGATTGATATTTTTCTTTAAAGAT 1 139 0 AAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTA 1 179 1 TTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA 1 200 1 TAAAATTATATATTATTTATTGATTGTTAA 2 40 0 ATAAATAATATATAATTTTAATATTACAAC 2 50 1 TTATTTTTGTTAAAATTTTAATTATCAAGC 3 45 0 TTTATCTGCATTTTTATTAAATTCTTAAAA 3 97 0 ATCAATATTAATAAATTTTTGTCTAACTTG 3 235 0 GAATTTAATGTAAAATTTTTCTATCAATAT 3 257 0 GAATTTTAATTTTTTGTCCTTACG 3 286 0 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTA 4 10 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGAT 6 5 1 TATTATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTTA 6 34 1 TTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTT 6 110 1 TATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAA 6 123 1 TTTTTAATTATTTTAAATATT 8 1 1 TAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGG 8 14 1 AAACCCTCATTGAAATTTAATAAGAATGG 9 9 0 AAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAAATC 9 113 0 AATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAA 9 126 1 ACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTCAAA 9 144 0 TATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGTTAA 9 157 1 ********** MAP Score: 2.96216 Motif 8 ATCCTAATTCTTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTT 0 1 1 TTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAATAG 0 43 1 GGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTAA 1 12 1 CCACCAAAAATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAA 1 95 1 GAATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA 1 186 1 AAAAATGGCTCCTTTTTAATTGTATTGTAATTAACAATCA 2 5 1 TAACAATCAATAAATAATATATAATTTTAATATTACAAC 2 41 1 AATTTACCAAAGCTTGATAATTAAAATTTTAACAAAAATAAATCA 3 34 1 AAAATAAATCAAAATAATTTTTCAAATTGTTTTAAGAATTTAATA 3 68 1 AGTTAGACAAAAATTTATTAATATTGATAGAAAAATTTTACATTA 3 237 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCAT 4 2 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTATGATGTAAAA 6 4 1 TTTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAAT 6 109 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGGT 8 0 1 ATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATA 9 114 1 TTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGTTAAT 9 143 1 * * * ** ** * * * MAP Score: 2.73673