AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237563
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0006	24	conserved hypothetical integral membrane protein
#1	BB0007	96	B. burgdorferi predicted coding region BB0007
#2	BB0022	44	Holliday junction DNA helicase (ruvB)
#3	BB0023	79	Holliday junction DNA helicase (ruvA)
#4	BB0461	300	DNA polymerase III, subunits gamma and tau (dnaX)
#5	BB0463	170	nucleoside-diphosphate kinase (ndk)
#6	BB0804	198	ribosomal protein S15 (rpsO)
#7	BB0809	26	tRNA-guanine transglycosylase (tgt)

Motif 1
AAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAATGTTAAGTGC	5	24	1
AAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATAAT	6	96	1
GTGAAAACACTGTACTTATTAACCTATATTAGTATAAT	1	11	1
TTACTAATATTTTACTTATTAAAGCATAGGGAGGTAAA	4	266	1
AAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGA	1	64	1
        TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAATAGTT	2	2	1
ATAGTTATAAAATAGTTTTTAAGGAATATTT       	2	23	1
TAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTT	6	32	1
ATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTT	5	93	1
      TTAGTGTCCTTTTTTTACTTAAGGCTTTTGCT	3	4	1
AAAAATTATATCTGATTAATTACATTTATATGGAATAA	5	75	0
AATTACAAACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATA	1	43	0
AATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATA	5	119	1
CAATTTAATAATTTATTATTAAAAATAACCCGAAAAGG	6	56	1
AAGTCTTAGGTTTAATTTTGAACCCAAATGCAATGTTT	4	106	1
AATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTCTTTT	4	185	1
TACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATA	5	47	1
TTCTGTGTAATATAATTTATAATTTAATTAT       	3	58	1
AATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAGG	6	131	1
        TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGAT	5	2	1
AATGCAATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGGATTTGT	4	132	1
          * *  ***** *    **
MAP Score: 28.2285

Motif 2
ATAAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTG	1	62	1
TGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTTACT	4	249	1
TGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATA	5	52	1
ATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATA	6	94	1
TGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAAT	1	38	0
TTGTTGAATGTTTCTGTGTAATATAATTTATAA	3	47	1
AGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTTTA	5	100	1
TGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTT	5	117	1
GTAAGCGATTTTTTTGATGAGTACGTAAGTCTT	4	80	1
         TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATAT	5	1	1
TATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTT	6	19	1
ACAAAAATTATATCTGATTAATTACATTTATAT	5	82	0
        TATATATAATTATTTGGGATATTTA	7	2	1
         TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAA	2	1	1
ATTAATTACATTTATATGGAATAATACAAATTA	5	66	0
TATAAAATAGTTTTTAAGGAATATTT       	2	28	1
CATAAAATTCTTTTAAAGTAATAGCTCTGAGAT	4	209	1
CCTTAAAAACTATTTTATAACTATAAAAAACTA	2	14	0
TTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAA	5	19	1
AACAATTTAATAATTTATTATTAAAAATAACCC	6	54	1
TTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTA	4	171	1
AAATTTAGGATATATATTTAAAAATAATTAAAT	5	136	0
TAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAAT	6	32	1
TACGATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAATA	6	109	0
CTTGCCATAATTTAAAATAACTACTACGATAGA	6	133	0
TAATATAATTTATAATTTAATTAT         	3	65	1
TTCATGTAACTTACTTTTGTTTAG         	0	10	1
AATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATT	4	185	1
CTCTGAGATATAAATATGTTGTATAGTATATAT	4	233	1
CTTATTAACCTATATTAGTATAATATAAAATAT	1	25	1
TAAAATGTCATAATATATTTATAA         	6	1	0
          *** * **** **
MAP Score: 26.677

Motif 3
GTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAATGTTAA	5	21	1
AGAGCTTTGCTATAATGGTATAGGAGTTGCTTT    	6	175	1
TATTTATATATTTTATATTATACTAATATAGGTTAAT	1	28	0
ATAGTATATATTTACTAATATTTTACTTATTAAAGCA	4	255	1
TTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTA	5	127	1
TTTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAATAACC	6	49	1
        TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGA	5	2	1
 TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATATTTG	6	9	1
TGTTTCTGTGTAATATAATTTATAATTTAATTAT   	3	55	1
TTATGTTTCATAAAATTCTTTTAAAGTAATAGCTCTG	4	201	1
ATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT         	1	78	1
GGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATT	4	162	1
TAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAATAACAAAAGCA	6	100	0
TTATAATTTGTATTATTCCATATAAATGTAATTAATC	5	63	1
CAATACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTC	5	44	1
CTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAAT	4	180	1
AAAAATATTATAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAAT	6	120	1
         TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAATAG	2	1	1
ACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTA	6	26	1
          **** *  * **  * *
MAP Score: 22.7802

Motif 4
ATTAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAG	1	38	1
TAAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTGTT	1	63	1
         TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAA	2	1	1
AGGCTTTTGCTTTAAATTGTTGAATGTTTCTGTG	3	31	1
ATAATTAAATTATAAATTATATTACACAGAAACA	3	55	0
AATGCAATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGGAT	4	132	1
AGATATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTT	4	156	1
TTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTAT	4	171	1
TTTACTAATATTTTACTTATTAAAGCATAGGGAG	4	265	1
         TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATT	5	1	1
AAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAATGTTAA	5	24	1
TTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATATAA	5	54	1
ATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTA	5	93	1
GAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAA	5	118	1
ATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTAAATTTT	5	136	1
TAAAATGTCATAATATATTTATAA          	6	0	0
TATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTT	6	19	1
ATAATAAATTATTAAATTGTTTAAAAAAACAAAT	6	41	0
TAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCA	6	130	1
          *** * ** * ***
MAP Score: 22.2492

Motif 5
GTGAAAACACTGTACTTATTAACCTATATTAGTATAATATAAAAT	1	11	1
AAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT   	1	64	1
         TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAATAGTTTTTAAG	2	1	1
GCTTTAAATTGTTGAATGTTTCTGTGTAATATAATTTATAATTTA	3	39	1
TAAGTCTTAGGTTTAATTTTGAACCCAAATGCAATGTTTTGCTTT	4	105	1
AAATGCAATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGGATTTGTCTTTTT	4	131	1
TATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTA	4	159	1
TTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTCTTTTAAAGTAATAG	4	188	1
         TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCA	5	1	1
GCTTTATAATTTGTATTATTCCATATAAATGTAATTAATCAGATA	5	60	1
ATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTTTATTTAT	5	93	1
AATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTA	5	119	1
         TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATATTTG	6	1	1
TTTAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATTAT	6	30	1
CAAAAGCAATTTATCCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTAT	6	63	0
GATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATAATCTAT	6	93	1
          * *   * **       ***   **
MAP Score: 14.0945

Motif 6
 TGTGAAAACACTGTACTTATTAACCTATATTAGTATAA	1	9	1
ATAATTACAAACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTAT	1	44	0
AAACTATTTTATAACTATAAAAAACTAATAA        	2	2	0
TAGTTATAAAATAGTTTTTAAGGAATATTT         	2	24	1
ATTTAAAGCAAAAGCCTTAAGTAAAAAAAGGACACTAA 	3	9	0
CTGGAAGGTAGCAGCGGTAAGCGATTTTTTTGATGAGTA	4	64	1
TCTCAGAGCTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATA	4	202	0
AATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTTACTTA	4	245	1
ATTGTATTGAAAAATCAAAATATAACTTTTACAAAATTA	5	14	0
TACAAATTATAAAGCACTTAACATTGTATTGAAAAATCA	5	36	0
ATTCCATATAAATGTAATTAATCAGATATAATTTTTGTA	5	77	1
TATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTAAATTTT	5	131	1
ATAAAATTAAAATGTCATAATATATTTATAA        	6	2	0
TCCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTATTAAATTG	6	56	0
AATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATAATCT	6	97	1
ATAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAG	6	129	1
CCATTATAGCAAAGCTCTAACAAACCTCTTGCCATAATT	6	154	0
          * ***  ***   *  * *
MAP Score: 6.56631