AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons017_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237581
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0006	24	conserved hypothetical integral membrane protein
#1	BB0007	96	B. burgdorferi predicted coding region BB0007
#2	BB0022	44	Holliday junction DNA helicase (ruvB)
#3	BB0023	79	Holliday junction DNA helicase (ruvA)
#4	BB0461	300	DNA polymerase III, subunits gamma and tau (dnaX)
#5	BB0463	170	nucleoside-diphosphate kinase (ndk)
#6	BB0797	163	DNA mismatch repair protein (mutS)
#7	BB0799	49	conserved hypothetical protein
#8	BB0804	198	ribosomal protein S15 (rpsO)
#9	BB0809	26	tRNA-guanine transglycosylase (tgt)

Motif 1
TTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTA	4	171	1
TTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTC	6	77	1
TATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTT	8	19	1
         TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATAT	5	1	1
AATGCAATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGGA	4	132	1
TGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATA	5	52	1
ATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATA	8	94	1
GAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTA	5	118	1
ATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTAAATTT	5	136	1
AGCCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT      	6	4	0
TTTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATT	6	96	1
TGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAAT	1	38	0
AATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAATTG	6	115	1
ATAATTAAATTATAAATTATATTACACAGAAAC	3	56	0
AATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATT	4	185	1
TACGATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAATA	8	109	0
ACTTAAGGCTTTTGCTTTAAATTGTTGAATGTT	3	26	1
ATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGT	5	93	1
ATAAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTG	1	62	1
AAATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATT	4	244	1
CTTGCCATAATTTAAAATAACTACTACGATAGA	8	133	0
AACATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTT	6	26	1
TTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAATA	8	50	1
       TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAAT	2	3	1
        TATATATAATTATTTGGGATATTTA	9	2	1
          TTATAAATATATTATGACATTTT	8	0	1
TACGTAAGTCTTAGGTTTAATTTTGAACCCAAA	4	101	1
TTTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTT	6	56	1
ATATATTTACTAATATTTTACTTATTAAAGCAT	4	260	1
          ***  ***** **
MAP Score: 34.2971

Motif 2
ATTTTATAACTATAAAAAACTAATAA       	2	3	0
         CTAAACAAAAGTAAGTTACATGAA	0	10	0
TTATATATTTTATATTATACTAATATAGGTTAA	1	29	0
AAAGAAAGAATATAAAATAATAAAAAGACCATA	6	80	0
TTAGGATATATATTTAAAAATAATTAAATAAAT	5	132	0
TTACAATTGATATTATAAAATAAATATAATTCA	6	118	0
CCTCTTGCCATAATTTAAAATAACTACTACGAT	8	136	0
TAAAAAAACAAATATAAAATTAAAATGTCATAA	8	21	0
ATGAAACATAAAAAATATAATAAAATTGAAAGT	4	179	0
TTATATGGAATAATACAAATTATAAAGCACTTA	5	55	0
GGTTATTTTTAATAATAAATTATTAAATTGTTT	8	53	0
TTATTCCATATAAATGTAATTAATCAGATATAA	5	75	1
CCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT        	6	2	0
ATTGTATTGAAAAATCAAAATATAACTTTTACA	5	20	0
ATTATACTAATATAGGTTAATAAGTACAGTGTT	1	16	0
   ATAATTAAATTATAAATTATATTACACAGA	3	59	0
          TATATATAATTATTTGGGATATT	9	0	1
TATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGTTTG	1	43	1
    AAATTCAAAAACAATTTAATTTAATAATT	1	77	0
TATCAATTGTAATTCAATATTATTTAGGAAGCA	6	139	1
TAAAAATACTTATTCAATACAAAAATTATATCT	5	100	0
AAATATTAGTAAATATATACTATACAACATATT	4	245	0
ATTTTTAAGAAAAAATATTATAATCTATCGTAG	8	110	1
AATATAATTCAATTAAAAAGAAAGAATATAAAA	6	96	0
TTTTTATAGTTATAAAATAGTTTTTAAGGAATA	2	18	1
TAAAAATAACAAAAGCAATTTATCCTTTTCGGG	8	84	0
          ****  *** ***
MAP Score: 24.1428

Motif 3
TTTATATATTTTATATTATACTAATATAGGTTAA	1	29	0
TAAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTGTT	1	63	1
TTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT          	1	82	1
    TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAATAGTT	2	6	1
  TTAGTGTCCTTTTTTTACTTAAGGCTTTTGCT	3	8	1
GAATGTTTCTGTGTAATATAATTTATAATTTAAT	3	52	1
AGATATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTT	4	156	1
TAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCA	4	177	1
TTTCATAAAATTCTTTTAAAGTAATAGCTCTGAG	4	206	1
         TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATT	5	1	1
TTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAA	5	18	1
TTTATAATTTGTATTATTCCATATAAATGTAATT	5	62	1
AATACAAAAATTATATCTGATTAATTACATTTAT	5	84	0
TGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTA	5	117	1
ATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTAAA	5	132	1
GCCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT        	6	2	0
ACATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTTAA	6	27	1
ATTAAATAGCGTTTAATTGCGTAAAATATTTTTT	6	45	1
TTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCTT	6	78	1
TTATTTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATA	6	93	1
TTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAAT	6	112	1
ATAATATCAATTGTAATTCAATATTATTTAGGAA	6	135	1
TATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTT	8	19	1
TTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTT	8	36	1
TTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTATTAAATTG	8	56	0
ATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATA	8	98	1
ATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAGGT	8	136	1
          ** *****   ***
MAP Score: 19.6334

Motif 4
AATTACAAACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAATAT	1	36	0
AAGCACAGTTTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT   	1	64	1
   TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAAATAGTTTTTAAGGAATAT	2	7	1
 TTAGTGTCCTTTTTTTACTTAAGGCTTTTGCTTTAAATTGTTGA	3	9	1
TGAATGTTTCTGTGTAATATAATTTATAATTTAATTAT       	3	51	1
TATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTA	4	159	1
TTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTCTTTTAAAGTAATAG	4	188	1
AAATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTTACTTATTAAA	4	244	1
        TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAA	5	2	1
TTCAATACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATATA	5	42	1
TATAAATGTAATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTAT	5	83	1
ATTGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATAT	5	115	1
TTAAATAGCGTTTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTT	6	46	1
TTTTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCTTTTTAATTG	6	75	1
ATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAA	6	100	1
 TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTA	8	9	1
TATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAATA	8	38	1
TTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATAATCTATCGTAGT	8	99	1
          * *  *    *       ** ****
MAP Score: 13.7893

Motif 5
      CTAAACAAAAGTAAGTTACATGAA    	0	6	0
TATATTTTATATTATACTAATATAGGTTAATAAG	1	25	0
AGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGTTT	1	41	1
ACAATTTAATTTAATAATTACAAACTGTGCTTAT	1	62	0
ATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT      	1	78	1
          TTATTAGTTTTTTATAGTTATAAA	2	0	1
TTATAGTTATAAAATAGTTTTTAAGGAATATTT 	2	21	1
GTTTCTGTGTAATATAATTTATAATTTAATTAT 	3	56	1
AAAATATAATAAAATTGAAAGTTACAAAAAGACA	4	167	0
TTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATAAAAAAT	4	196	0
ACTATACAACATATTTATATCTCAGAGCTATTAC	4	226	0
TGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTTACTT	4	249	1
CCCTATGCTTTAATAAGTAAAATATTAGTAAATA	4	263	0
AAAAATCAAAATATAACTTTTACAAAATTAAAAA	5	10	0
TTTTGATTTTTCAATACAATGTTAAGTGCTTTAT	5	33	1
TAAATAAATAAAAATACTTATTCAATACAAAAAT	5	107	0
TATTTAAAAATAATTAAATAAATAAAAATACTTA	5	121	0
GCCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT        	6	2	0
AACATTAGGCTTTTTAATAATTAAATAGCGTTTA	6	26	1
AAAGACCATAAAAAAAATATTTTACGCAATTAAA	6	56	0
AGAAAGAATATAAAATAATAAAAAGACCATAAAA	6	77	0
TAAAATAAATATAATTCAATTAAAAAGAAAGAAT	6	102	0
TTGAATTATATTTATTTTATAATATCAATTGTAA	6	117	1
TTTTATAATATCAATTGTAATTCAATATTATTTA	6	131	1
          TTATAAATATATTATGACATTTTA	8	0	1
AACAAATATAAAATTAAAATGTCATAATATATTT	8	14	0
AAATTGTTTAAAAAAACAAATATAAAATTAAAAT	8	28	0
TTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAATAA	8	50	1
ATATTTTTTCTTAAAAATAACAAAAGCAATTTAT	8	94	0
TATTTTTAAGAAAAAATATTATAATCTATCGTAG	8	109	1
ACCTCTTGCCATAATTTAAAATAACTACTACGAT	8	136	0
          * **** *** * *
MAP Score: 2.91057