AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237593
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0044	25	B. burgdorferi predicted coding region BB0044
#1	BB0045	79	P115 protein
#2	BB0215	162	phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein (pstS)
#3	BB0216	89	phosphate ABC transporter, permease protein (pstC)
#4	BB0217	300	phosphate ABC transporter, permease protein (pstA)
#5	BB0642	78	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)
#6	BB0643	154	conserved hypothetical protein

Motif 1
AATCGAACCATCTACCAAAAAAATACTTCAAAC	4	174	1
CTGTAGGCTATTTAACAAAAAAAGAATTTGAAT	4	227	1
    TTAAATTAAAGAAAAAAAAACTTGACTTA	3	6	1
TTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTT	6	60	1
TAAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAATT  	1	8	0
TCACAACATATATAATAATAAAATTTCACACTG	4	18	1
ATATTAAGGCTTTAAAAATAAAAACT       	4	284	1
TTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGG	6	14	0
AATTTCATATTATAATAAATAAAAATATTTTAA	1	23	0
AAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAATTT	6	98	1
AGTAGTAATTTATACCAAAAAATTAAAATATTT	2	43	1
TCCTTATGGCTGTATTAATACAAATCAAGATTA	5	43	0
CTAACAAAGCTATTCTAAAAACACTAATCAAAA	4	113	1
TTATGTATCTTTTATTAAATACATTGTTTTTGA	4	140	0
AAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATAA	6	78	1
TAAGATCAAGTCAAGTAATACAATTTAACATTG	3	37	1
CTAAAAACACTAATCAAAAACAATGTATTTAAT	4	127	1
ATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTACA	2	117	0
TAAGTTAGATTTAAGGAAATTAAC         	0	11	1
AATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTTTGC	2	139	1
  AAAAGGCATTTACATAAATAATAATATTAAG	5	8	1
          TTTTTAAAAGAATCCCTTAAAGC	3	76	0
          * **  *******
MAP Score: 29.0844

Motif 2
     TTAAGTTAGATTTAAGGAAATTAAC     	0	5	1
AATAAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAATT  	1	8	0
ACAATTTCATATTATAATAAATAAAAATATTTTAA	1	23	0
TAAAAACCAATTACTGATAAATCTACAATTTCATA	1	47	0
        TTAAAATTAAAAACCAATTACTGATAA	1	62	0
TCGCAAAACTTAACATATAAATCTAGTAGTAATTT	2	19	1
TATTCCTCAATTATAACTTAATCAATAAAGTTAAT	2	81	1
ATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTACAAATTA	2	112	0
TAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTTTGC 	2	138	1
          TTAAATTAAAGAAAAAAAAACTTGA	3	0	1
CATTCACAACATATATAATAATAAAATTTCACACT	4	15	1
ATTGACAGCATATCTAACAAAGCTATTCTAAAAAC	4	100	1
AAGCTATTCTAAAAACACTAATCAAAAACAATGTA	4	119	1
AATCAAAAACAATGTATTTAATAAAAGATACATAA	4	138	1
TTAATAAAAGATACATAAAAATCGAACCATCTACC	4	155	1
CTCTGTAGGCTATTTAACAAAAAAAGAATTTGAAT	4	225	1
ATATTGGGATATAATTTAAAATCTAGGGATTCAAA	4	253	0
TACATAAATAATAATATTAAGTATAATCTTGATTT	5	20	1
TTATGGCTGTATTAATACAAATCAAGATTATACTT	5	38	0
TTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGA	6	13	0
TGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTT	6	51	0
AAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATAA	6	76	1
GAAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTA	6	97	1
TTATCATTCAATACACATTAAGCTATAATTTAGGC	6	129	1
          *** *   *** ***
MAP Score: 17.8412

Motif 3
CATGAGCTTTAAGGGATTCTTTTAAAAA          	3	71	1
CCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAAC	6	11	1
ATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACAT	6	71	1
AATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTC	6	52	1
TAAGTATATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTA	2	119	0
        AAAAGGCATTTACATAAATAATAATATTAA	5	2	1
       GCAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCA	2	141	0
GGGATTCAAATTCTTTTTTTGTTAAATAGCCTACAGAG	4	225	0
CAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTACTAGAT	2	39	0
TTAAAGAAAAAAAAACTTGACTTAAGATCAAGTCAAGT	3	15	1
        AATTGACCTTTTTTTAAAATATTTTTATTT	1	2	1
AATCTACAATTTCATATTATAATAAATAAAAATATTTT	1	25	0
AAATTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAATAA	2	80	0
AATCAAAAACAATGTATTTAATAAAAGATACATAAAAA	4	138	1
TTTTAAAGCCTTAATATTGGGATATAATTTAAAATCTA	4	263	0
TAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTT	6	94	0
          **    **   ***** *
MAP Score: 15.7244

Motif 4
AAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAATT  	1	8	0
TTTCATATTATAATAAATAAAAATATTTTAAA	1	22	0
CAGTAATTGGTTTTTAATTTTAA         	1	66	1
ACCTCGCAAAACTTAACATATAAATCTAGTAG	2	16	1
TTATACCAAAAAATTAAAATATTTGCTATTAT	2	52	1
TTATTCCTCAATTATAACTTAATCAATAAAGT	2	80	1
ATAACTTAATCAATAAAGTTAATTTGTAATTG	2	93	1
TAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTACA	2	117	0
CAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATT	2	139	0
AGTTTTTTTTTCTTTAATTTAA          	3	0	0
TCAAGTCAAGTAATACAATTTAACATTGGCAT	3	42	1
GACATTCACAACATATATAATAATAAAATTTC	4	13	1
ACTGGGGAAGCATTTCAGATCAGGGAATTGAC	4	47	1
AAAAACAATGTATTTAATAAAAGATACATAAA	4	142	1
CTCTGTAGGCTATTTAACAAAAAAAGAATTTG	4	225	1
AATATTAAGGCTTTAAAAATAAAAACT     	4	283	1
AAAGGCATTTACATAAATAATAATATTAAGTA	5	11	1
ATAAATAATAATATTAAGTATAATCTTGATTT	5	23	1
ATGGCTGTATTAATACAAATCAAGATTATACT	5	39	0
TTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT  	6	8	0
AAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTA	6	20	1
ATAAAAACTTAAATACAGATTATATTTTTTAT	6	41	1
GTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTAT	6	53	0
AAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATAAA	6	80	1
AAGAAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACA	6	95	1
ATTTATCATTCAATACACATTAAGCTATAATT	6	127	1
          * ***** ****
MAP Score: 2.85955