AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237604
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0044	25	B. burgdorferi predicted coding region BB0044
#1	BB0045	79	P115 protein
#2	BB0215	162	phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein (pstS)
#3	BB0216	89	phosphate ABC transporter, permease protein (pstC)
#4	BB0217	300	phosphate ABC transporter, permease protein (pstA)
#5	BB0642	78	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)
#6	BB0643	154	conserved hypothetical protein

Motif 1
TAAGTCAAGTTTTTTTTTCTTTAATTTAA    	3	6	0
TTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAAT	6	64	0
TGTAATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTAT	2	117	1
ATTAAATACATTGTTTTTGATTAGTGTTTTTAG	4	127	0
CCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAA	6	14	1
ATTCAAATTCTTTTTTTGTTAAATAGCCTACAG	4	227	0
AAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTT	6	98	0
  AATTGACCTTTTTTTAAAATATTTTTATTTA	1	8	1
GTGTGAAATTTTATTATTATATATGTTGTGAAT	4	16	0
        AGTTTTTATTTTTAAAGCCTTAATA	4	285	0
TTTTAAAATATTTTTATTTATTATAATATGAAA	1	21	1
AAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTACT	2	43	0
ATTATACTTAATATTATTATTTATGTAAATGCC	5	14	0
         GTTAATTTCCTTAAATCTAACTTA	0	11	0
ATTTTTATGTATCTTTTATTAAATACATTGTTT	4	144	0
AAGTATAATCTTGATTTGTATTAATACAGCCAT	5	38	1
TTTTGATTAGTGTTTTTAGAATAGCTTTGTTAG	4	113	0
TTGAATCCCTAGATTTTAAATTATATCCCAATA	4	254	1
GCAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATT	2	139	0
TTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAA	6	49	1
CAGTAATTGGTTTTTAATTTTAA          	1	66	1
TTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGT	6	83	0
GTTTGAAGTATTTTTTTGGTAGATGGTTCGATT	4	174	0
TTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAAT	2	82	0
          ** ****  ****
MAP Score: 28.7932

Motif 2
ATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAATT          	1	0	0
CAATTTCATATTATAATAAATAAAAATATTTTAAAAAA	1	19	0
AAATTGTAGATTTATCAGTAATTGGTTTTTAATTTTAA	1	51	1
CAATTATAACTTAATCAATAAAGTTAATTTGTAATTGA	2	88	1
ATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTACAAATTAACT	2	109	0
          TTAAATTAAAGAAAAAAAAACTTGACTT	3	0	1
        TTTTTAAAAGAATCCCTTAAAGCTCATGCC	3	69	0
AGTGTGAAATTTTATTATTATATATGTTGTGAATGTCT	4	12	0
TGATTAGTGTTTTTAGAATAGCTTTGTTAGATATGCTG	4	105	0
AAACAATGTATTTAATAAAAGATACATAAAAATCGAAC	4	144	1
TCAAATTCTTTTTTTGTTAAATAGCCTACAGAGCCTAT	4	220	0
AATCCCTAGATTTTAAATTATATCCCAATATTAAGGCT	4	257	1
      AGTTTTTATTTTTAAAGCCTTAATATTGGGAT	4	278	0
AATATTATTATTTATGTAAATGCCTTTT          	5	0	0
CAAATCAAGATTATACTTAATATTATTATTTATGTAAA	5	18	0
TTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT 	6	9	0
AATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTT	6	51	0
GTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAA	6	69	0
TTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAA	6	90	0
          ***** * **      **
MAP Score: 14.3958

Motif 3
          TTAAGTTAGATTTAAGGAAATTAAC   	0	0	1
 AATTGACCTTTTTTTAAAATATTTTTATTTATTATAA	1	9	1
CTGATAAATCTACAATTTCATATTATAATAAATAAAAA	1	31	0
AGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTACTAG	2	41	0
TAATTTGTAATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTAT	2	112	1
TTTAAATTAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTT	2	131	1
AAGTCAAGTTTTTTTTTCTTTAATTTAA          	3	0	0
CAATGTTAAATTGTATTACTTGACTTGATCTTAAGTCA	3	32	0
TGTGAAATTTTATTATTATATATGTTGTGAATGTCTTC	4	10	0
ATTAAATACATTGTTTTTGATTAGTGTTTTTAGAATAG	4	122	0
GGTTCGATTTTTATGTATCTTTTATTAAATACATTGTT	4	145	0
TGAAGTATTTTTTTGGTAGATGGTTCGATTTTTATGTA	4	166	0
GGGATTCAAATTCTTTTTTTGTTAAATAGCCTACAGAG	4	225	0
TCCCTAGATTTTAAATTATATCCCAATATTAAGGCTTT	4	259	1
     AGTTTTTATTTTTAAAGCCTTAATATTGGGATA	4	277	0
AATATTATTATTTATGTAAATGCCTTTT          	5	0	0
ATATTAAGTATAATCTTGATTTGTATTAATACAGCCAT	5	33	1
  ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAA	6	8	1
ATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAAT	6	26	0
TAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAAT	6	50	1
TAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTT	6	77	0
GAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTT	6	100	0
AAATTATAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTT	6	122	0
          ** * **  **   * **
MAP Score: 0.0364917