AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237616
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0008	96	conserved hypothetical protein
#1	BB0053	81	uracil DNA glycosylase (ung)
#2	BB0115	139	ribosomal protein S6 (rpsF)
#3	BBG31	176	conserved hypothetical protein
#4	BBG32	27	replicative DNA helicase, putative

Motif 1
AATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT      	0	4	0
ACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAAT	0	43	1
AAGGACTGATTTGTTATTTTTGAAATTTAATTTTT	1	13	0
AATCAGTCCTTTAATATATTTCAAATTGCAAACTA	1	37	1
TGCAAACTATTTCTTATATAATACAAAA       	1	63	1
TCAGTTACATTTTGTATATTATAAAAATTTTTATT	2	26	1
ATTATAAAAATTTTTATTGTTGAAAAAAATTAGTC	2	43	1
TTGAAAAAAATTAGTCTCTTTTATATACTAACTAA	2	62	1
ATTTTCCTCCTTATTATTTTTGTGAACTAATA   	3	7	0
AATATTAGCTTTAGAATAGTAAAAAGACCAGTAAA	3	39	1
TTCAGAATCATTCTTTTTTTAAAAAGGAAATTATT	3	124	1
        ATTTACAATGTTACTAAAGGGTAAATT	4	2	1
          **  *** *** * *
MAP Score: 18.4284

Motif 2
TCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACTGTGC	0	14	1
TAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGTTTG	0	40	0
TATATTATACTAATATAGGTTAATAAGTACAGTGTT	0	64	1
  AATAAAAATTAAATTTCAAAAATAACAAATCAGT	1	8	1
ATCAGTCCTTTAATATATTTCAAATTGCAAACTATT	1	38	1
     TTTTGTATTATATAAGAAATAGTTTGCAATT	1	60	0
ATATACAAAATGTAACTGAAAAATAATCTTAAACC 	2	9	0
CAGTTACATTTTGTATATTATAAAAATTTTTATTGT	2	27	1
TTATAAAAATTTTTATTGTTGAAAAAAATTAGTCTC	2	44	1
GTTACTTAGTTAGTATATAAAAGAGACTAATTTTTT	2	66	0
          TATTAGTTCACAAAAATAATAAGGAG	3	0	1
ATATTAGCTTTAGAATAGTAAAAAGACCAGTAAAAC	3	40	1
AAACAGCAGATACCTTTTCAGAATCATTCTTTTTTT	3	108	1
CGCCAATAATTTCCTTTTTAAAAAAAGAATGATTCT	3	127	0
          *   **** * *** *
MAP Score: 16.4743

Motif 3
TCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACTGTGCTTAT	0	14	1
ACAAACTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAATA	0	39	1
  AATAAAAATTAAATTTCAAAAATAACAAATCAGTCCTT	1	8	1
AAATTGCAAACTATTTCTTATATAATACAAAA        	1	59	1
TATTTTTCAGTTACATTTTGTATATTATAAAAATTTTTAT	2	20	1
AAGAGACTAATTTTTTTCAACAATAAAAATTTTTATAATA	2	42	0
AAAAATTAGTCTCTTTTATATACTAACTAAGTAACCTTTG	2	67	1
ACTAAGTAACCTTTGTTGCATATTTTGCAATGCGATAGAC	2	92	1
        TATTAGTTCACAAAAATAATAAGGAGGAAAAT	3	2	1
GAGGAAAATATTAGCTTTAGAATAGTAAAAAGACCAGTAA	3	33	1
CGCCAATAATTTCCTTTTTAAAAAAAGAATGATTCTGAAA	3	123	0
          **   **  * * * *  **
MAP Score: 9.74014

Motif 4
TAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAATTT         	0	1	0
CTATATTAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGT	0	43	0
        AATAAAAATTAAATTTCAAAAATAACAAATC	1	2	1
TTTGTATTATATAAGAAATAGTTTGCAATTTGAAATATA	1	51	0
       GGTTTAAGATTATTTTTCAGTTACATTTTGTA	2	3	1
TTTTTCAACAATAAAAATTTTTATAATATACAAAATGTA	2	31	0
TTTATTGTTGAAAAAAATTAGTCTCTTTTATATACTAAC	2	55	1
        TACTAAAACTCCTTATGGTCTATCGCATTGC	2	118	0
AATAAGGAGGAAAATATTAGCTTTAGAATAGTAAAAAGA	3	27	1
CCTTTTTAAAAAAAGAATGATTCTGAAAAGGTATCTGCT	3	112	0
          **** * *   * **   *
MAP Score: 2.01295