AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237634
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0060	83	conserved hypothetical protein
#1	BB0061	73	thioredoxin (trxA)
#2	BB0195	300	cell division control protein 27, putative
#3	BB0202	271	hemolysin, putative
#4	BB0226	129	seryl-tRNA synthetase (serS)
#5	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)

Motif 1
        AATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAA	2	2	1
ATTTTGAATTTCTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTA	3	22	0
         TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAA	5	1	1
ATTCTAATCCTGTTATAAGATATTATATAATAACCTTA	4	35	1
TTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGATTCCCAT	2	24	1
AGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTTT	2	52	1
ATTAAAGTTAAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAA	2	188	1
TAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTATTAAATAAATA	2	77	1
TTGCTATAGCAATTAAATTATTTTATTTTGCAAA    	0	6	0
TATGAATTAATATTATTTGTAATTTTGTTTAAAAATTT	4	74	1
CTAAGATATGTCTTAAGTAAAATTTTTAAACAAAATTA	4	93	0
TTTTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT       	3	3	0
     ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAA	3	248	0
GCAAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATA	5	30	0
TCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATG	2	136	1
 AAATACCCCTTTTAAATCGGTTTATCAAAGATATAAC	2	273	0
      TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTATT	1	4	1
CATGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTAT	2	117	0
ATAAATTGAGCTTTACGTATTATTATTTGCGGTGTGTT	2	222	1
TTGCTATAGCAATTAATCATACTTGTAAGTTATATGTG	0	32	1
AATAGAAAATTGTAAATATATTTTCTATTGAAGCATAA	3	59	0
ATGTGGATTATTTTAGGGTATATTTAAT          	0	65	1
TAAGGACATAACTTAAAGCATTTTTATTAAAGATAAAT	3	228	1
          * ***    ** ** * *
MAP Score: 31.071

Motif 2
TGCTATAGCAATTAAATTATTTTATTTTGCAAA    	0	6	0
ACTTGTAAGTTATATGTGGATTATTTTAGGGTATATT	0	52	1
       TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTA	1	3	1
TCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTA	1	20	1
         AATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTT	2	1	1
TGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGATTCCCAT	2	25	1
GTAGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTT	2	50	1
CATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTATTAAATAAATAGA	2	80	1
ATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCTATTTATTTAA	2	104	0
AAATCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATA	2	133	1
AATATCCAACTTAATAACATTTATTATATAAAAAAAC	2	154	0
CAACAAAACCTAATTTAACTTTAATATCCAACTTAAT	2	176	0
TTAAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAG	2	195	1
TTACGTATTATTATTTGCGGTGTGTTTGAGGTAGTTG	2	234	1
AAATACCCCTTTTAAATCGGTTTATCAAAGATATAAC	2	273	0
TTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATG	3	11	0
TATTGAAGCATAATTTTGAATTTCTTAGCTATTTTTA	3	35	0
ATAGAAAATATATTTACAATTTTCTATTTTTTTAATA	3	69	1
TGTCCTTAAGTATAAAAATATTTTTGACTTGATCTTA	3	199	0
AGGACATAACTTAAAGCATTTTTATTAAAGATAAATT	3	230	1
    ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAA	3	248	0
TAAGATATTATATAATAACCTTAATATGAATTAATAT	4	50	1
CTTAATATGAATTAATATTATTTGTAATTTTGTTTAA	4	69	1
TGTAATTTTGTTTAAAAATTTTACTTAAGACATATCT	4	91	1
          TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATT	5	0	1
TATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAA	5	21	0
          *****     *** * *
MAP Score: 12.1498