AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237643
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0060	83	conserved hypothetical protein
#1	BB0061	73	thioredoxin (trxA)
#2	BB0195	300	cell division control protein 27, putative
#3	BB0202	271	hemolysin, putative
#4	BB0226	129	seryl-tRNA synthetase (serS)
#5	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)

Motif 1
AAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTT	2	197	1
TGCAAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATA	5	30	0
TTAATCACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTT	2	92	0
TCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGT	2	136	1
TTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT 	3	9	0
  ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAATGCT	3	244	0
GAATTAATATTATTTGTAATTTTGTTTAAAAATTTTACT	4	77	1
         AATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAA	2	1	1
GTAGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTT	2	50	1
TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCAAAAAAA	5	10	1
TTACGTATTATTATTTGCGGTGTGTTTGAGGTAGTTGAA	2	234	1
TATATTTACAATTTTCTATTTTTTTAATAAACTAAGCAA	3	77	1
TAATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTT	1	16	1
TGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCT	2	114	0
TATAAAAATATTTTTGACTTGATCTTAGAAGGCGCTGAC	3	187	0
ATATGTGGATTATTTTAGGGTATATTTAAT         	0	63	1
GTGTTTGAGGTAGTTGAAGTTATATCTTTGATAAACCGA	2	255	1
CCTGCAATATTTATTCTAATCCTGTTATAAGATATTATA	4	23	1
ATATTAATTCATATTAAGGTTATTATATAATATCTTATA	4	48	0
ATCCACATATAACTTACAAGTATGATTAATTGCTATAGC	0	34	0
          ** **    ** * * * *
MAP Score: 33.7464

Motif 2
 AAATACCCCTTTTAAATCGGTTTATCAAAGATATAAC	2	273	0
ATTTTGAATTTCTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTA	3	22	0
CTAAGATATGTCTTAAGTAAAATTTTTAAACAAAATTA	4	93	0
TTTTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT       	3	3	0
     ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAA	3	248	0
TATGAATTAATATTATTTGTAATTTTGTTTAAAAATTT	4	74	1
AGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTTT	2	52	1
TTGCTATAGCAATTAAATTATTTTATTTTGCAAA    	0	6	0
TGGATATTAAAGTTAAATTAGGTTTTGTTGTATTTATA	2	183	1
        AATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAA	2	2	1
         TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGT	1	1	1
ATTCTAATCCTGTTATAAGATATTATATAATAACCTTA	4	35	1
TAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTATTAAATAAATA	2	77	1
TTAATATCCAACTTAATAACATTTATTATATAAAAAAA	2	155	0
TTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGATTCCCAT	2	24	1
ATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAAA	5	19	0
ATAAATTGAGCTTTACGTATTATTATTTGCGGTGTGTT	2	222	1
AAATCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAA	2	133	1
ATATATTTACAATTTTCTATTTTTTTAATAAACTAAGC	3	76	1
GGTGTGTTTGAGGTAGTTGAAGTTATATCTTTGATAAA	2	252	1
TTGCTATAGCAATTAATCATACTTGTAAGTTATATGTG	0	32	1
          * ***  *    **** *
MAP Score: 29.9589

Motif 3
        AATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTT	2	2	1
ATATTTACAATTTTCTATTTTTTTAATAAACTAA	3	78	1
TGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTT	2	119	0
CTATAGCAATTAAATTATTTTATTTTGCAAA   	0	7	0
TCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATA	2	136	1
TAATCACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCA	2	96	0
TTTGAATTTCTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATG	3	24	0
GGACATAACTTAAAGCATTTTTATTAAAGATAAA	3	231	1
AAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAATTA	5	32	0
ATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT        	3	2	0
       ATATGTATTATTTTAATTTATCTTTAA	3	254	0
TTTTTTTATATAATAAATGTTATTAAGTTGGATA	2	155	1
         TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAA	5	1	1
AATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAG	2	198	1
GATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTT	2	53	1
TAAGATCAAGTCAAAAATATTTTTATACTTAAGG	3	199	1
GATTTTTTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTG	2	17	1
TTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAAT	1	19	1
TGTTTTATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTT	2	67	1
TATGAATTAATATTATTTGTAATTTTGTTTAAAA	4	74	1
          * *   ********
MAP Score: 24.7444