AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons022_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237665
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0116	173	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)
#1	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#2	BB0644	154	conserved hypothetical protein
#3	BB0645	45	PTS system, glucose-specific IIBC component (ptsG)
#4	BBB29	300	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)

Motif 1
       TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTATTAT	1	3	1
TGAAATTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATCGGATCAA	4	36	0
TGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTT	2	53	1
AAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAA	1	61	1
TATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATACATAA	1	82	0
ACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGAATAT	1	30	1
GTGTAGTAAGTAAAGTTTTTTTTTGCAAAAAAAGCTTTATA	0	130	1
  ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAAC	2	125	0
AATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTT	2	81	0
TAATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAATACGCTTAATAT	4	241	0
AAAGTAAGGTATTATATATTTTTTATAAATAAGTGATAAAA	0	23	0
 TTTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGG	3	9	1
TAAAAAACATTAAAGATTGTTTTTCCCTTTAATTTCATGGC	4	115	0
CAAGCAAGATTTAATTTGATCTTGAGAAAAAGCTACAATTA	0	63	0
TTTTAATTAATTAATTTGCACTTAATAAAAAGGGGAAAATT	4	269	1
GCTGTTTATAAAATTTTGTATTTATAAAAAACATTAAAGAT	4	139	0
AGCATTGCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTAA	4	63	0
TATCTAACCTTATTATTTGGCTTGTGTAGTAAGTAAAGTTT	0	107	1
AGCAATTCAATATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTA	4	177	1
AAATTATAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTG	2	14	1
          ***   *   ***    * **
MAP Score: 27.2629

Motif 2
TTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTT	2	52	1
CTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACAT	1	94	0
AACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT	3	15	1
AGCATTGCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTA	4	64	0
TACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTA	0	53	1
ACTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAA	2	87	0
TGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCA	4	37	1
CATTAAAGATTGTTTTTCCCTTTAATTTCATGGCATTTGT	4	109	0
ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACT	0	143	0
GGAAAAACAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTT	4	130	1
AAGTTTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGT	1	20	1
ATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTTAAT	1	69	1
CGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGCA	4	249	1
GCAATTCAATATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTA	4	178	1
          AATTTTCCCCTTTTTATTAAGTGCAAATTA	4	280	0
      GCCTAAATTATAGCTTAATGTGTATTGAATGATA	2	4	1
TAAAGTAAGGTATTATATATTTTTTATAAATAAGTGATAA	0	25	0
ATATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAAT	2	108	1
          * * * *   ****  *  *
MAP Score: 23.9969

Motif 3
TTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGCACTTA	4	253	1
AAAACCCTCCTAAAATAAAAAATAAATTAACCCTTAAGTT	3	15	0
GAAATTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATCGGATCAA	4	36	0
TTATGTATTATAATGTAAAAAGTTAATCAAAAAAAACAAT	1	82	1
AAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTATCATTC	2	36	0
TTAATCTTGTAAATATCAGTATAGAATAAATGATAGTATA	4	187	0
ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAACT	2	124	0
GATCTTGAGAAAAAGCTACAATTAAAGTAAGGTATTATAT	0	47	0
ATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACT	0	138	0
ATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATAA	2	63	0
AATTTCAATGAAAACGAAGATTATAAGCAATGCTTTATAA	4	70	1
AAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCT	2	83	0
ATAAATTATATATTCCCTTTACATAAGAAATATAGCATAA	1	40	0
AAAACTTTACTTACTACACAAGCCAAATAATAAGGTTAGA	0	109	0
AGTAAGGTATTATATATTTTTTATAAATAAGTGATAAAAC	0	22	0
TTTTACATTATAATACATAAAAATAAATTATATATTCCCT	1	62	0
TTTACAAGATTAAAAAATCTTGTTAAGATATTAAGCGTAT	4	214	1
CTGTTTATAAAATTTTGTATTTATAAAAAACATTAAAGAT	4	139	0
GAAATATAGCATAATAAAGATAGTAATTAAACTTATTCTA	1	14	0
TTAATCAAAAAAAACAATATTCATAATGAGGGGTTTCTGT	1	104	1
          ***    * **   **  **
MAP Score: 22.0711

Motif 4
ATATAATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAA	0	47	1
TTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTTGATTTATCTAACCTT	0	75	1
TTGATTTATCTAACCTTATTATTTGGCTTGTGTAGTAAGTAAA	0	101	1
TTTTGCAAAAAAAGCTTTATAATAAAATAGTGT          	0	150	1
 TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTATTATGCTATATT	1	9	1
AAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAA	1	60	1
TTATAATGTAAAAAGTTAATCAAAAAAAACAATATTCATAATG	1	89	1
TAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGT	2	20	1
TGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTG	2	47	1
GATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAA	2	73	0
AAAAAATATAAAAACTTAAATACAGATTATATTTTTTATTTAA	2	97	0
TAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT 	2	122	1
TCCAAATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAAT	4	30	1
CAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGC	4	137	1
TTCAATATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTACAAGATT	4	182	1
AGCGTATTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGCAC	4	247	1
          *    *****   *   *  * *
MAP Score: 8.12291

Motif 5
ATATAATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCA	0	47	1
TTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGAATATATAATTT	1	37	1
GAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTT	1	65	1
TTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATA	2	63	1
GATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGA	2	75	0
TTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAG	2	121	1
ATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTTCAATGAAAACGAAG	4	48	1
ATTATAAGCAATGCTTTATAACAAATGCCATGAAATTAAAG	4	89	1
GTATATTGAATTGCTGTTTATAAAATTTTGTATTTATAAAA	4	151	0
ATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGCACTTAATA	4	255	1
          **  ***  ** **      *
MAP Score: 1.27891