AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons022_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237689
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0116	173	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)
#1	BB0554	261	B. burgdorferi predicted coding region BB0554
#2	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#3	BB0644	154	conserved hypothetical protein
#4	BB0645	45	PTS system, glucose-specific IIBC component (ptsG)
#5	BBB29	300	PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX)

Motif 1
CAATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT      	1	237	1
TTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGCAA	5	142	1
TTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTTGC	1	138	1
TTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTTTTTACT	1	215	1
ATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTA	3	41	1
TTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAAT	3	63	1
AGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAGGT	3	124	1
TATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTTACTACA	0	131	0
TAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTAAATCTTGCTT	0	63	1
AATTTTCCCCTTTTTATTAAGTGCAAATTAATTAATTAAA	5	270	0
GGTCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAATTTATAAT	1	12	1
ATTGATCCGATTTATTTCTAAATTTAATTTAAAATAATTT	5	35	1
GAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTA	3	84	1
TTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCTTACTTTA	0	25	1
GAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGT	2	65	1
TATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTACAAGATTAA	5	187	1
GGGTCGGATGTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTT	1	190	1
TGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATA	2	87	0
TGCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAATACG	5	249	0
TTTCATGGCATTTGTTATAAAGCATTGCTTATAATCTTCG	5	84	0
ACATCTATAATTTATAATGTTAGCATAATTTGTCCATTTA	1	34	1
AAATTATAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTT	3	14	1
AAAACTTTACTTACTACACAAGCCAAATAATAAGGTTAGA	0	109	0
AATTTGTCCATTTATCAAAAGAGATAAAAATAGCCGGGGG	1	60	1
AACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT	4	15	1
TAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTC	2	14	1
ATACGCTTAATATCTTAACAAGATTTTTTAATCTTGTAAA	5	214	0
          *** *    *    ** ***
MAP Score: 33.6794

Motif 2
 AGCTTTGCCTCCGTTTTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATA	0	9	1
ATATAATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTCAAGATCAAATTA	0	47	1
  ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTAC	0	139	0
GCTAACATTATAAATTATAGATGTTTTCTGAATAAAAACAAGGACC	1	12	0
TGTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAA	1	123	1
AAAAATTAAATTAGTAAAAACCTAACATTGCATAAATAAAAAGGAT	1	221	0
ACATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAGTAATTAAACTTATTCTA	2	14	0
TACATAAAAATAAATTATATATTCCCTTTACATAAGAAATATAGCA	2	43	0
AAACCCCTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACAT	2	94	0
TAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTA	3	25	1
ATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATA	3	65	1
AAATATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAAT	3	106	1
 TTTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTAGGAGGGTTTT	4	9	1
TCATTGAAATTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATCGGATCAAT	5	35	0
TATAAAGCATTGCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTAA	5	63	0
TCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAACAGCAATTCA	5	140	1
GCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAATACGCTTAATA	5	242	0
          *   * * *       ***   * **
MAP Score: 13.1261

Motif 3
TTTATCACTTATTTATAAAAAATATATAATACCTTACT	0	24	1
AAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTTACTACAC	0	130	0
CCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAATTTATAATG	1	15	1
CTTTTGATAAATGGACAAATTATGCTAACATTATAAAT	1	43	0
AAATAAATTAATAAAAAATTCACTTAAAACTAATTTGA	1	128	0
AAAAGGATTAAAAAATAAAACCTCAAAAACATCCGACC	1	191	0
GCTATATTTCTTATGTAAAGGGAATATATAATTTATTT	2	44	1
TTACATTATAATACATAAAAATAAATTATATATTCCCT	2	62	0
ATGTATTATAATGTAAAAAGTTAATCAAAAAAAACAAT	2	84	1
GTTAATCAAAAAAAACAATATTCATAATGAGGGGTTTC	2	103	1
AACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTATCATTCAATA	3	32	0
TTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGAAAACTAAC	3	67	0
AATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTT	3	85	1
TATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATACAGATTA	3	111	0
AACCCTCCTAAAATAAAAAATAAATTAACCCTTAAGTT	4	15	0
AGCAATGCTTTATAACAAATGCCATGAAATTAAAGGGA	5	95	1
AAAATTTTGTATTTATAAAAAACATTAAAGATTGTTTT	5	133	0
AAATATCAGTATAGAATAAATGATAGTATATTGAATTG	5	179	0
TATTTACAAGATTAAAAAATCTTGTTAAGATATTAAGC	5	212	1
GTGCAAATTAATTAATTAAAATAATTAATTTGAATAAT	5	252	0
          **  * ****    * **
MAP Score: 3.43316

Motif 4
 AGCTTTGCCTCCGTTTTATCACTTATTTATAAAAAATATATA	0	9	1
ATTATAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTTACTACAC	0	130	0
CCGGGGGCTATTTTTATTGACAAATAGTGCTGTTTTCAAATTA	1	93	1
TAGTGCTGTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAATTTTTTATTAAT	1	117	1
GTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTTGCATGTATTG	1	143	1
TTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTTTTTACTAAT	1	215	1
TTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGA	2	24	1
AAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAA	2	60	1
TTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATA	2	87	0
TATAGCTTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTTTTA	3	18	1
ATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAA	3	41	1
CAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAAGA	3	75	0
TCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATA	3	118	0
        TTTTAAACTTAAGGGTTAATTTATTTTTTATTTTA	4	2	1
TTATTTTAAATTAAATTTAGAAATAAATCGGATCAATTTGGAT	5	29	0
GCTTATAATCTTCGTTTTCATTGAAATTATTTTAAATTAAATT	5	55	0
AAAACAATCTTTAATGTTTTTTATAAATACAAAATTTTATAAA	5	133	1
TTCAATATACTATCATTTATTCTATACTGATATTTACAAGATT	5	182	1
TTATTCAAATTAATTATTTTAATTAATTAATTTGCACTTAATA	5	253	1
          * * * **     *** *    *
MAP Score: 2.35255