AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237698
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0189	22	ribosomal protein L35 (rpmI)
#1	BB0190	89	translation initiation factor 3 (infC)
#2	BB0402	52	prolyl-tRNA synthetase (proS)
#3	BB0403	165	B. burgdorferi predicted coding region BB0403
#4	BB0508	77	GTP-binding protein
#5	BB0511	91	B. burgdorferi predicted coding region BB0511
#6	BB0720	165	threonyl-tRNA synthetase (thrZ)

Motif 1
 ATATAATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGAA	2	9	1
TTTTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTT	6	31	1
GAGTGTGAATTTTAATTTTTTAATAAAAAGCG	6	124	1
TTTAGGAGTATATATTTTTTAG          	1	77	1
ATTCCTAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTATA	1	11	1
AAACTTAATATTTAAATTTTTGGGATAAATTT	3	10	0
TATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTTT	5	50	1
AATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACA	3	24	1
TGAGAATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAA	5	18	1
AAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATT	6	54	1
ACATTAATAATTAATTTTATTATACATTCACT	1	31	0
 GATATGGCTTGAGTTTTTTAAACTTATCGCT	5	70	0
ATTTAGTAATTATAAATATTTGAGGTGCGTAT	6	75	1
TTGACTATAATATATTTTATTTAACAAAAAAG	5	32	0
 TTCTTCCCCTTTAATTTAATAT         	0	1	0
TTTTCAGGTTTTTGTTTTCTTATCTCTATTTT	6	17	1
AGATTTAGTAGATAATTTATTGTTATTAAACT	3	131	1
          * ** *******
MAP Score: 20.8267

Motif 2
TAAAAACTTAATATTTAAATTTTTGGGATA	3	15	0
TGACTATAATATATTTTATTTAACAAAAAA	5	33	0
ATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATTA	6	57	1
          ATATTAAATTAAAGGGGAAG	0	0	1
ATTAACATTAATAATTAATTTTATTATACA	1	37	0
AATCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTACT	3	106	0
GATTTAGTAGATAATTTATTGTTATTAAAC	3	132	1
          AAATTTATTTTCAGGTTTTT	6	0	1
        ATATAATTATTTAGTTTTTTAA	2	2	1
TGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCT	3	85	1
TTTTTTTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTA	6	45	1
TTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTCAT	6	122	0
ATTTAGGAGTATATATTTTTTAG       	1	76	1
TTTAGTAATTATAAATATTTGAGGTGCGTA	6	76	1
ATTAATGTTAATTATTAATTGATTTAGGAG	1	55	1
TTTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTT	6	32	1
          **********
MAP Score: 19.542

Motif 3
TAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTATAATAAAATTAATTA	1	16	1
GTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAAATT	5	27	1
ACCTCTTTATTTATTCCGATATTTCCATTATAATAGCAAA	4	38	0
TATAATAAAATTAATTATTAATGTTAATTATTAATTGATT	1	39	1
AGATAATTTATTGTTATTAAACTTATACAAAGCTT     	3	140	1
AGCATTTCACTTCTTTAAAAAACTAAATAATTATAT    	2	6	0
TTTCAGGTTTTTGTTTTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAA	6	18	1
TTTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATTATA	6	49	1
CCTTTCGCTTTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTCATC	6	121	0
TGAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCTAAATT	3	80	1
GGCTAAATTAATTATAAATAAGATTTAGTAGATAATTTAT	3	111	1
       AAATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTTTT	3	3	1
ATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCC	5	56	1
 CTAAAAAATATATACTCCTAAATCAATTAATAATTAACA	1	60	0
TTGATATACTATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAATATTT	3	29	0
          ** **    **  *  * **
MAP Score: 17.1962

Motif 4
         TATTCCTAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTA	1	1	1
CTTTTTAGTGAATGTATAATAAAATTAATTATTAATGTTA	1	25	1
AAAATTAATTATTAATGTTAATTATTAATTGATTTAGGAG	1	45	1
TATTAATTGATTTAGGAGTATATATTTTTTAG        	1	67	1
         ATATAATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGAA	2	1	1
AATTATCCTCAATAAAGCATTTCACTTCTTTAAAAAACTA	2	21	0
TTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAA	3	14	1
CAAATTCAAAACTTTGATATACTATTTGTTTATAGATTAA	3	42	0
TTGAATTTGAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGG	3	73	1
TTATCTACTAAATCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTACT	3	106	0
  TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTA	4	8	1
      AGCAAATACACCTCTTTATTTATTCCGATATTTC	4	53	0
CCTTGATGAGAATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATA	5	12	1
TATCGCTAAAAATTTGACTATAATATATTTTATTTAACAA	5	37	0
  AAATTTATTTTCAGGTTTTTGTTTTCTTATCTCTATTT	6	8	1
TTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTTTTGTATATTT	6	33	1
TTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAG	6	59	1
AATTATAAATATTTGAGGTGCGTATTTTTACGTAAAAGTG	6	82	1
AAAAATTAAAATTCACACTCATCACTTTTACGTAAAAATA	6	104	0
AACAATACCTTTTGCCTTTCGCTTTTTATTAAAAAATTAA	6	135	0
          ***     *    **** **
MAP Score: 15.4284

Motif 5
  TTCTTCCCCTTTAATTTAATAT      	0	4	0
     TATTCCTAGAATTTACTTTTTAGTG	1	5	1
TAATTAACATTAATAATTAATTTTATTATA	1	39	0
CTAAATCAATTAATAATTAACATTAATAAT	1	52	0
       ATATAATTATTTAGTTTTTTAAA	2	3	1
AAATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGT	3	10	1
ATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAAC	3	25	1
TTTGATATACTATTTGTTTATAGATTAAAA	3	40	0
GCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCTA	3	86	1
TCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTACTTA	3	104	0
AGTTTAATAACAATAAATTATCTACTAAAT	3	133	0
  AAGCTTTGTATAAGTTTAATAACAATAA	3	147	0
ATAGCAAATATTAGTATTTATGCCAATTAC	4	16	0
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATAT	5	23	1
TTTGACTATAATATATTTTATTTAACAAAA	5	35	0
ATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTT	5	51	1
TTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTT	6	33	1
AATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATT	6	56	1
ATACGCACCTCAAATATTTATAATTACTAA	6	77	0
GTGTGAATTTTAATTTTTTAATAAAAAGCG	6	126	1
          **********
MAP Score: 9.98447

Motif 6
ATTGATTTAGGAGTATATATTTTTTAG          	1	72	1
       ATATAATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGA	2	3	1
      AAATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTT	3	4	1
TAAACAAATAGTATATCAAAGTTTTGAATTTGAAATG	3	50	1
GCTAAATTAATTATAAATAAGATTTAGTAGATAATTT	3	112	1
ACCTCTTTATTTATTCCGATATTTCCATTATAATAGC	4	41	0
ATAAAATATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTT	5	44	1
      AAATTTATTTTCAGGTTTTTGTTTTCTTATC	6	4	1
TTTTGTTTTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTT	6	26	1
TTTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATT	6	49	1
TTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAGGTGCGTATT	6	71	1
TGATGAGTGTGAATTTTAATTTTTTAATAAAAAGCGA	6	120	1
          ****    *  **** *
MAP Score: 9.83582

Motif 7
TTTTAGTGAATGTATAATAAAATTAATTATTAATG	1	27	1
TTATTAATGTTAATTATTAATTGATTTAGGAGTAT	1	53	1
GCATTTCACTTCTTTAAAAAACTAAATAATTATAT	2	10	0
TTAAAAACTTAATATTTAAATTTTTGGGATAAATT	3	11	0
TATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAATATTTAAAT	3	25	0
ATAAACAAATAGTATATCAAAGTTTTGAATTTGAA	3	49	1
AAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCTAA	3	82	1
CTAAATCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTACTTA	3	104	0
AGATAATTTATTGTTATTAAACTTATACAAAGCTT	3	140	1
GTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTATAA	4	16	1
CACCTCTTTATTTATTCCGATATTTCCATTATAAT	4	44	0
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTAT	5	23	1
TAAAAATTTGACTATAATATATTTTATTTAACAAA	5	36	0
ATATGGCTTGAGTTTTTTAAACTTATCGCTAAAAA	5	65	0
TTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTTTTGTATAT	6	36	1
AAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATTATA	6	54	1
TTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAGGTGCGTA	6	71	1
GTGATGAGTGTGAATTTTAATTTTTTAATAAAAAG	6	119	1
          *  ***  *** ***
MAP Score: 5.47634

Motif 8
TTTTATTATACATTCACTAAAAAGTAAATTCTAGGA	1	13	0
TGAATGTATAATAAAATTAATTATTAATGTTAATTA	1	33	1
TATACTCCTAAATCAATTAATAATTAACATTAATAA	1	53	0
CACTTCTTTAAAAAACTAAATAATTATAT       	2	3	0
AATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTTTTTAAT	3	11	1
TTAAGTTTTTAATCTATAAACAAATAGTATATCAAA	3	34	1
TTAATTTAGCCTTACTTAAAATAATATCAAAACAGC	3	86	0
AAGTAAGGCTAAATTAATTATAAATAAGATTTAGTA	3	105	1
GTTTAATAACAATAAATTATCTACTAAATCTTATTT	3	126	0
 TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTA	4	9	1
CGATATTTCCATTATAATAGCAAATATTAGTATTTA	4	26	0
TTATAATGGAAATATCGGAATAAATAAAGAGGTGTA	4	45	1
AATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACACCGATTCT	5	20	0
ACTTATCGCTAAAAATTTGACTATAATATATTTTAT	5	44	0
ATAAGAAAACAAAAACCTGAAAATAAATTT      	6	4	0
ATTTTCTAAAAAAATAGAGATAAGAAAACAAAAACC	6	23	0
ACTAAATTAAAATATACAAAAAAATTTTCTAAAAAA	6	46	0
TGTATATTTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAGG	6	64	1
TTTCGCTTTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTCA	6	123	0
          ***    *** ** **
MAP Score: 3.64793

Motif 9
GAATTTACTTTTTAGTGAATGTATAATAAAATTA	1	18	1
ATTAACATTAATAATTAATTTTATTATACATTCA	1	33	0
ATTAATGTTAATTATTAATTGATTTAGGAGTATA	1	55	1
 ATATAATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGAAAT	2	9	1
TATTTAAATTTTTGGGATAAATTT          	3	0	0
GATTAAAAACTTAATATTTAAATTTTTGGGATAA	3	14	0
ATACTATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAATATT	3	30	0
TATATCAAAGTTTTGAATTTGAAATGCTGTTTTG	3	61	1
TGAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGC	3	80	1
CTAAATCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTACTT	3	105	0
TAGTAGATAATTTATTGTTATTAAACTTATACAA	3	136	1
AAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATATC	4	27	1
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTA	5	23	1
ATCGCTAAAAATTTGACTATAATATATTTTATTT	5	42	0
TATTTTCAGGTTTTTGTTTTCTTATCTCTATTTT	6	15	1
ACAAAAAAATTTTCTAAAAAAATAGAGATAAGAA	6	33	0
TTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAA	6	50	1
TATATTTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAGG	6	66	1
ATGAGTGTGAATTTTAATTTTTTAATAAAAAGCG	6	122	1
          *** *  *** ***
MAP Score: 3.35255